首先，MySAM和InnoDB都是mysql里面的两个存储引擎，mysql5.5版本之前的存储引擎默认是MySAM，mysql5.5版本以后的存储引擎默认是InnoDB,它们底层数据结构都是基于B+树的。

Mylsam存储引擎：

Mylsam索引是非聚簇索引，Mylsam存储引擎是通过二进制的方式存储到磁盘，主要有两个文件，一个是.MYD文件，一个是.MYI文件，它索引和数据是分离的，查询数据的时候，先从索引文件中找到数据的磁盘位置，再找到索引对应的数据内容。

InnoDB存储引擎：

InnoDB存储引擎是聚簇索引，索引和数据一起存储，在InnoDB存储引擎中，数据同样存储在磁盘，它在磁盘上只有ibd文件，里面包含索引和数据，它的整体结构如下图所示，在B+树的叶子节点里面存储了索引对应的数据，在通过索引进行检索的时候，命中叶子节点，就可以直接从叶子节点中取出行数据。

总结：经分析InnoDB和MyISAM有以下五点区别

1、innoDB支持事务、聚簇索引，Mylsam不支持事务、非聚簇索引；

2、innoDB有undo log（多版本并发控制，一致性读）和read log（持久性，保证提交的数据不丢失），Mylsam没有；

3、innoDB支持外键，Mylsam不支持外键。

4、InnoDB通过当前读和锁实现隔离性；支持行锁、间隙锁、临键锁，MySAM不支持锁机制

5、InnoDB安全性更高，适合大量读写的场景，MySAM安全性较差，系统崩溃导致数据难以恢复，适合只读的场景