在线绘制Nature Communication同款双色、四色火山图,突出感兴趣的基因

news2025/3/16 4:33:24

导读:火山图通常使用三种颜色分别表示显著上调,显著下调和不显著。通过为特定的数据点添加另一种颜色,可以创建双色或四色火山图,从而更直观地突出感兴趣的数据点。

《Nature Communication》文章“Molecular and functional landscape of malignant serous effusions for precision oncology”fig 4C的双色火山图中,点的颜色不再表示上调或者下调,而用深红色表示GO条目“DNA conformation change” (GO:0071103) 中的基因,灰色表示其他基因。

1打开作图URL

微生信-在线绘制两种颜色或者四种颜色的火山图

2,示例数据

点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。

示例数据包括两部分

第一部分是所有点的数据(左侧):

第1列是点对应的名字,例如基因(必需唯一)

第2列是log2foldchange

第3列是p值或者FDR值

第二部分是待标注的点的名字(右侧):

名字来自第一部分的第一列,即需要特别关注的数据点的名字(中文提示不用拷贝)

3,输入检查

示例数据:点击输入框下面的“示例”按钮,将载入示例数据。

真实数据:数据放在excel中,调整好后,Ctrl+A选中数据,Ctrl+C拷贝,Ctrl+V粘贴数据到输入框中。

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过,请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤,直到检查通过(如下图所示),然后可以继续选择参数。

注:输入检查是新加功能,它会根据不同模块的输入要求,逐行逐列检查输入数据,并给出提示,确保数据符合模块输入要求。

4,选择参数

图片大小:设置了图片的宽度,图片的高度

是否标注感兴趣基因的名字:标注名字或者不标注名字,建议点少的话标注,点多的话不标注

字体大小:设置了轴说明文字字体大小,及轴刻度文字字体大小,图例标题字体大小,图例文字字体大小,以及点上标注名字的字体大小

颜色:设置了4种颜色。感兴趣点的颜色,上调点的颜色,下调点的颜色和不显著点的颜色。若上调、下调、不显著设置为同一种颜色,则最终绘制双色火山图。若设置4种颜色均不同,则最终绘制四色火山图。

颜色代表的类别名:分别对应4种颜色。感兴趣点的名字,上调点的名字,下调点的名字和不显著点的名字。若绘制双色火山图,则仅前两个名字起作用;若绘制四色火山图,4个框的名字都需要填写。

点大小:设置了感兴趣点的大小,和其他点的大小,以及点的透明度。

X/Y轴范围:

Y轴范围根据数据中p值来确定,若存在0,或者几个很高的孤立的点,可以通过设置p的最小值,将点拉下来,即小于该值的p值被强行拉成该值。例如有一个点X的p值是1e-80(点在Y轴80的地方),而其他所有点都是1e-20以上(点在Y轴20以下),那么可以设置该值为1e-21,把点X强行拉到1e-21附近。这样图片上不会有一个很孤立的点,保持图片美观度。

X轴范围:若都留空则后台根据数据范围自动设置X轴范围;若都有数值,则根据提供的数值设置X轴范围。

阈值:p阈值代表水平线。Fc阈值代表两条垂直线,默认是fc,所以必须>=1

轴说明:X轴说明文字,其中log2()是后台自动添加;Y轴说明文字,其中-log10()是后台自动添加,可以使用acrobat illustrator进行调整

字体:设置了期刊杂志中最常用的两种字体:Times New Roman和Arial。如需使用其他字体,可以下载pdf或者svg图片,然后使用acrobat illustrator进行编辑

5,提交出图

检查通过,并且参数选好后,点击“提交”按钮,约5s后,会在页面上右侧显示双色或四色火山图。我们提供了pdf、svg两种矢量图,png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图,进行组图,调整文字位置,添加说明等操作,以满足个性化需求。

下图为双色火山图(不标名字)。

注意:选择标注名字时,如果点很密,则后台仅会标注比较离散的点,不会全部标注。

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