centos72009源码编译R语言

./dev/make-distribution.sh --name custom-spark --pip --r --tgz -Pconnect -Psparkr -Phive -Phive-thriftserver -Pmesos -Pyarn -Dhadoop.version=3.4.0 -Pkubernetes

spark3.5.3 源码版本

./dev/make-distribution.sh --name custom-spark --pip --r --tgz -Pconnect -Psparkr -Phive -Phive-thriftserver -Pmesos -Pyarn -Pkubernetes clean -DskipTests

./dev/make-distribution.sh --name custom-spark --pip --r --tgz -Psparkr -Phive -Phive-thriftserver -Pmesos -Pyarn -Pkubernetes

wget https://cloud.r-project.org/src/base/R-4/R-4.4.1.tar.gz
sudo yum install gcc gcc-c++ make libcurl-devel libxml2-devel sqlite-devel -y
sudo yum install readline-devel libpng-devel libjpeg-devel libtiff-devel -y

说明：
在使用 ./configure 配置 R 的编译选项时，你可以根据需求添加多个参数。以下是一些常用的配置参数及其说明，适用于你提到的命令：

1. 常用配置参数
--prefix=/usr/local/R

指定 R 安装的基础目录。在这个路径下将会创建 bin、lib 等子目录。

--enable-R-shlib=yes

启用共享库，这对于某些 R 包（特别是需要与其他语言接口的包）是必要的。

--with-tcltk

启用对 Tcl/Tk 的支持。这是为了能够使用 R 图形用户界面功能（如 tcltk 包）。

2. 其他可用的配置选项
--with-blas

指定 BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) 的路径，以优化矩阵运算性能。例如：--with-blas=/usr/lib64/libblas.so。

--with-lapack

指定 LAPACK (Linear Algebra Package) 的路径，用于高级线性代数运算。例如：--with-lapack=/usr/lib64/liblapack.so。

--with-readline

启用 Readline 支持，允许在 R 命令行中使用更丰富的编辑功能。

--with-x

启用 X11 图形支持，允许使用 X11 窗口系统进行图形显示。

--with-jpeglib

启用 JPEG 图像支持。

--with-png

启用 PNG 图像支持。

--with-tiff

启用 TIFF 图像支持。

--with-dbi

启用 DBI 数据库接口。

--enable-memory-profiling

启用内存分析功能。

3. 示例命令

./configure --enable-R-shlib=yes \
--with-tcltk \
--prefix=/usr/local/R \
--with-blas=/usr/lib64/libblas.so \
--with-lapack=/usr/lib64/liblapack.so \
--with-readline \
--with-x \
--with-jpeglib \
--with-png \
--with-tiff \
--with-dbi \
--enable-memory-profiling

问题1:configure: error: No Fortran compiler found
解决办法：sudo yum install gcc-gfortran -y

问题2：configure: error: BLAS was specified but not available
1. 安装 BLAS 库
对于 CentOS 系统，可以通过以下命令安装 OpenBLAS 或 ATLAS：

安装 OpenBLAS

yum update -y

sudo yum install openblas-devel -y
或者安装 ATLAS

sudo yum install atlas-devel -y
2. 指定 BLAS 路径
如果你安装了 BLAS，但仍然遇到问题，可能需要在配置时明确指定 BLAS 的路径。例如，如果安装了 OpenBLAS，你可以使用如下命令：
./configure --enable-R-shlib=yes \
--with-tcltk \
--prefix=/usr/local/R \
--with-blas=/usr/lib64/libblas.so \
--with-lapack=/usr/lib64/liblapack.so \
--with-readline \
--with-x \
--with-jpeglib \
--with-png \
--with-tiff \
--with-dbi \
--enable-memory-profiling -with-blas=/usr/lib64/libopenblas.so --with-lapack=/usr/lib64/liblapack.so

3. 重新运行配置命令
安装完相应的 BLAS 库后，再次尝试运行 R 的配置命令

上面如果出现No package openblas-devel available
需要执行
sudo yum install epel-release -y
sudo yum install openblas-devel -y

再次执行./configure编译指令

问题3：configure: error: --with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available
sudo yum install libX11-devel libXt-devel -y
sudo yum install libXmu-devel libXrender-devel libXext-devel -y

问题4：checking whether bzip2 support suffices... configure: error: bzip2 library and headers are required
sudo yum install bzip2-devel -y

问题5：configure: error: PCRE2 library and headers are required, or use --with-pcre1 and PCRE >= 8.32 with UTF-8 support
sudo yum install pcre2-devel -y

安装make && make install

export MANAGE_LOCAL_HBASE=true
export MANAGE_LOCAL_SOLR=true
export ZK_HOME=/home/zookeeper
export HADOOP_HOME=/home/hadoop-3.4.0
export HADOOP_CONF_DIR=$HADOOP_HOME/etc/hadoop
export ATLAS_HOME=/home/apache-atlas-2.3.0
export MYSQL_HOME=/home/mysql
export JAVA_HOME=/usr/java/jdk-17
export M2_HOME=/home/maven
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib:$JAVA_HOME/lib/tools.jar:$JAVA_HOME/lib/dt.jar
export SPARK_HOME=/home/spark-3.3.3-bin-hadoop3
#export KAFKA_HOME=/home/kafka
#export HBASE_HOME=/home/hbase-2.5.5-hadoop3
#export SOLR_HOME=/home/solr/server/solr
export SPARK_CONF_DIR=$SPARK_HOME/conf
export HIVE_HOME=/home/apache-hive-3.1.3-bin
export FLINK_HOME=/home/flink
export KYUUBI_HOME=/home/kyuubi-1.8.0
export R_HOME=/usr/local/R
export PATH=$PATH:$R_HOME/bin:$R_HOME/lib64/R/bin:$JAVA_HOME/bin:$JAVA_HOME/jre/bin:$M2_HOME/bin:$ATLAS_HOME/bin:$MYSQL_HOME/bin:$SPARK_HOME/sbin:$SPARK_HOME/bin:$HIVE_HOME/bin:$HADOOP_HOME/bin:$HADOOP_HOME/sbin:$FLINK_HOME/bin:$KYUUBI_HOME/bin:$ZK_HOME/bin

Downloading https://nodejs.org/dist/v12.22.1/node-v12.22.1-linux-x64.tar.gz to /home/maven/local/repo/com/github/eirslett/node/12.22.1/node-12.22.1-linux-x64.tar.gz

源码编译的生成目录
/home/hadoop-3.4.0/hadoop-dist/target

-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
安装python3
wget https://www.python.org/ftp/python/3.12.6/Python-3.12.6.tgz

yum -y install libffi-devel zlib zlib-dev zlib-devel bzip2-devel openssl-devel ncurses-devel sqlite-devel mysql-devel readline-devel tk-devel libffi libffi-devel gcc gcc-c++ make

make clean
./configure --prefix=/usr/local/python3 --enable-optimizations --with-openssl=/usr/local/openssl --with-ensurepip=install --enable-shared --with-system-libmpdec --with-lto --enable-ipv6

make -j $(nproc) # 使用并行编译，便于加快速度
sudo make altinstall # 使用 altinstall 避免覆盖系统自带的 python

sudo ln -s /usr/local/python3/bin/python3.12 /usr/bin/python3

sudo ln -s /usr/local/openssl/bin/openssl /usr/bin/openssl
openssl version

遇到问题：./Modules/_decimal/_decimal.c:36:23: fatal error: mpdecimal.h: No such file or directory
#include "mpdecimal.h"

解决方法：
wget https://www.bytereef.org/software/mpdecimal/releases/mpdecimal-2.5.1.tar.gz
tar -xzf mpdecimal-2.5.1.tar.gz
cd mpdecimal-2.5.1
# 编译和安装
./configure
make
sudo make install

sudo yum groupinstall "Development Tools"
sudo yum install openssl-devel bzip2-devel readline-devel \
sqlite-devel libffi-devel xz-devel

make clean
./configure --prefix=/usr/local/python3 --with-openssl=/usr/local/openssl
make -j $(nproc)
sudo make altinstall

install.packages("knitr")
install.packages("sass")
install.packages("rmarkdown")
install.packages("pandoc")
library(knitr)
library(rmarkdown)
library(pandoc)
install.packages("Cairo")

yum install -y gcc
yum install -y glibc-headers
yum install -y libreadline6-dev gfortran
yum install -y readline-devel
yum install -y wget libXt-devel
yum install -y fonts-chinese tcl tcl-devel tclx tk tk-devel
yum install -y mesa-libGLU mesa-libGLU-devel
yum install -y install bzip2-devel
yum install -y install xz-devel.x86_64
yum install -y install pcre-devel
yum install -y install libcurl
yum install -y install libcurl-devel
yum install -y texinfo.x86_64
yum install -y texlive-pdftex-doc.noarch
yum install -y texlive
sudo yum install cairo cairo-devel -y

update.packages(ask = FALSE)
install.packages("dplyr", dependencies = TRUE)
install.packages("tidyr", dependencies = TRUE)
install.packages("data.table", dependencies = TRUE)
install.packages("ggplot2", dependencies = TRUE)
install.packages("plotly", dependencies = TRUE)
install.packages("lmtest", dependencies = TRUE)
install.packages("caret", dependencies = TRUE)
install.packages("lubridate", dependencies = TRUE)
install.packages("forecast", dependencies = TRUE)
install.packages("httr", dependencies = TRUE)
install.packages("jsonlite", dependencies = TRUE)
install.packages("readr", dependencies = TRUE)
install.packages("openxlsx", dependencies = TRUE)
install.packages("stringr", dependencies = TRUE)
install.packages("magrittr", dependencies = TRUE)
install.packages(c("dplyr", "ggplot2", "tidyr", "caret"))
install.packages("Cairo", dependencies = TRUE)
install.packages("pandoc", dependencies = TRUE)

wget https://www.cairographics.org/releases/cairo-1.16.0.tar.xz

# 解压源码
tar -xvf cairo-1.16.0.tar.xz
cd cairo-1.16.0/

# 配置构建系统
./configure

# 编译
make

# 安装
sudo make install

sudo yum groupinstall "X Window System"
sudo yum install xorg-x11-server-Xorg xorg-x11-xauth xorg-x11-apps

在 R 中使用 library(Cairo) 时，如果遇到问题，通常可以通过以下步骤进行排查和解决：

1. 确认 Cairo 包是否已安装
首先，确保 Cairo 包已经成功安装。可以使用以下命令检查：

R
installed.packages()
如果没有找到 Cairo，请重新安装它：

R
install.packages("Cairo", dependencies = TRUE)
2. 检查错误信息
运行 library(Cairo) 后，如果出现错误信息，请仔细查看这些错误提示。这些信息将有助于诊断问题的具体原因。

3. 安装依赖项
确保所有必要的依赖项都已安装，特别是图形相关的库。可以通过以下命令安装可能缺失的库：

bash
sudo yum install cairo cairo-devel libjpeg-turbo-devel libpng-devel pango pango-devel libicu libicu-devel
4. 检查 R 的版本
确保你的 R 版本是最新的，某些包可能与较旧的 R 版本不兼容。可以使用以下命令更新 R：

bash
sudo yum update R
5. 更新其他 R 包
确保你的其他 R 包都是最新的，这有助于避免版本冲突：

R
update.packages()
6. 验证 pkg-config
确保 pkg-config 正常工作，并能够找到 Cairo。你可以运行以下命令：

bash
pkg-config --cflags --libs cairo
如果有错误，请确保 Cairo 库正确安装，并且 PKG_CONFIG_PATH 环境变量设置正确。

7. 重启 R 会话
在完成上述步骤后，重启 R 会话，然后再次尝试加载 Cairo 包：

R
library(Cairo)
8. 从源代码安装（可选）
如果问题仍然存在，可以考虑从源代码编译 Cairo 和其他依赖。具体步骤参考之前的信息。

如果您仍然遇到问题，请提供具体的错误消息，以便进一步帮助您！

2024/9/28 23:38:53

library(Cairo)
没有任何输出是对的吗

2024/9/28 23:38:58

在 R 中，运行 library(Cairo) 如果没有任何输出，通常表示成功加载了该包。这是正常的行为，R 在加载包时并不一定会提供反馈，除非遇到错误。

检查包是否成功加载
你可以通过以下命令确认 Cairo 是否已成功加载：

R
search()
在返回的列表中，如果看到 package:Cairo，则说明包已经成功加载。

进行简单测试
为了确保 Cairo 正常工作，可以运行一个简单的绘图示例：

R
Cairo::CairoPNG("test.png")
plot(1:10, 1:10, main = "Test Plot")
dev.off()
这段代码将创建一个名为 test.png 的文件，其中包含一个简单的散点图。如果文件生成且图像正常，则说明 Cairo 包工作正常。

如果您有其他问题或需要进一步的帮助，请告诉我！

2024/9/28 23:39:50

> Cairo::CairoPNG("test.png")
> plot(1:10, 1:10, main = "Test Plot")
> dev.off()
null device

2024/9/28 23:39:53

在 R 中，dev.off() 返回 null device 是正常的，这表示图形设备已经成功关闭。整个过程看起来是正常的。

检查输出文件
请检查当前工作目录中是否生成了 test.png 文件。你可以使用以下命令确认当前工作目录：

R
getwd()
然后在该目录下查找 test.png 文件。如果文件存在且图像显示正常，则说明 Cairo 包正常工作。

如果没有找到文件
如果没有找到 test.png 文件，请确保你具有写入当前工作目录的权限，或者尝试指定一个完整的路径来保存文件，比如：

R
Cairo::CairoPNG("/path/to/your/directory/test.png")
请将 /path/to/your/directory/ 替换为你希望保存文件的实际路径。

错误信息 svg: Cairo-based devices are not available for this platform 通常表示在当前平台上无法使用基于 Cairo 的 SVG 设备。这可能与系统环境或 Cairo 库的安装有关。以下是一些解决步骤：

1. 确认 Cairo 包是否正确安装
确保 Cairo 包及其依赖项已正确安装。可以通过以下命令重新安装：

R
install.packages("Cairo", dependencies = TRUE)
2. 检查系统依赖项
确保你的系统中安装了正确的 Cairo 库及其开发文件。具体步骤因操作系统而异。

对于 Ubuntu/Debian 系统：
bash
sudo apt-get install libcairo2-dev libxt-dev
对于 Fedora/RHEL 系统：
bash
sudo yum install cairo-devel libX11-devel
3. 确保 R 和包的版本兼容
确保你使用的 R 版本与 Cairo 包兼容。如果有较旧版本，考虑更新 R 和所有相关包：

R
update.packages()
4. 使用其他图形设备
如果继续遇到问题，可以尝试使用其他图形设备，例如 PNG 或 PDF：

R
# 使用 PNG 设备
Cairo::CairoPNG("test.png")
plot(1:10, 1:10, main = "Test Plot")
dev.off()

# 使用 PDF 设备
Cairo::CairoPDF("test.pdf")
plot(1:10, 1:10, main = "Test Plot")
dev.off()
5. 从源代码安装
如果问题仍然存在，可以尝试从源代码安装 Cairo 和其依赖库。根据你的操作系统，具体步骤会有所不同。

6. 重新启动 R 会话
完成上述步骤后，建议重启 R 会话，然后再次尝试加载 Cairo 包并生成图形。

错误信息 unable to open connection to X11 display '' 通常发生在尝试在没有 X11 图形环境的系统上运行图形设备时。以下是一些可能的解决方法：

1. 使用无头模式
如果你在一个没有图形用户界面的环境（例如服务器）上运行 R，可以使用无头模式来生成图形。例如，使用 PNG 或 PDF 设备，而不是依赖 X11：

R
# 使用 PNG 设备
png("output.png")
plot(1:10, main = "Test Plot")
dev.off()

# 或者使用 PDF 设备
pdf("output.pdf")
plot(1:10, main = "Test Plot")
dev.off()
2. 设置 DISPLAY 环境变量
如果你确实需要在带有图形界面的环境中运行 R，但仍然遇到此错误，可以尝试设置 DISPLAY 环境变量。通常在终端中执行以下命令：

bash
export DISPLAY=:0
然后重新启动 R 会话。

3. 检查 X11 是否安装和正在运行
确保你的系统上安装了 X11，并且 X 服务器正在运行。可以通过以下命令确认：

bash
sudo apt-get install xorg
然后启动 X 服务器。

4. 使用 RStudio
如果你使用的是 RStudio，它会管理图形设备。因此，直接在 RStudio 中运行你的代码，通常不会遇到此类问题。

5. 使用 VNC 或 SSH 转发
如果你希望使用图形界面，且在远程服务器上工作，可以通过 VNC 连接或使用 SSH 转发来实现：

SSH 转发：
bash
ssh -X user@hostname
这样就可以在 SSH 会话中打开 X11 应用程序。

6. 检查权限
确保当前用户对 X11 服务器有访问权限，可以使用以下命令允许所有用户连接：

bash
xhost +
7. 使用 Docker 容器
如果你在 Docker 容器中工作，确保容器能够访问主机的 X11 服务器，这可能涉及到运行容器时添加一些参数。

在 CentOS 7 上遇到 unable to open connection to X11 display '' 错误，通常是因为没有 X11 图形环境或配置不当。下面是一些解决步骤：

1. 使用无头模式
如果你只需要生成图形文件（如 PNG 或 PDF），可以使用无头模式，不依赖于 X11：

R
# 使用 PNG 设备
png("output.png")
plot(1:10, main = "Test Plot")
dev.off()

# 或者使用 PDF 设备
pdf("output.pdf")
plot(1:10, main = "Test Plot")
dev.off()
2. 确保 X11 已安装
如果需要在图形界面下运行 R，请确保已经安装了 X11 和相关库：

bash
sudo yum groupinstall "X Window System"
sudo yum install xorg-x11-server-Xorg xorg-x11-xauth xorg-x11-apps
3. 设置 DISPLAY 环境变量
在终端中运行以下命令设置 DISPLAY 环境变量：

bash
export DISPLAY=:0
4. 检查 X11 服务器运行状态
确保你的 X11 服务器正在运行。可以使用以下命令查看：

bash
ps -e | grep X
如果没有看到相关进程，你可能需要启动 X11：

bash
startx
5. 使用 SSH 转发（如果是远程连接）
如果你通过 SSH 连接到 CentOS 服务器，可以使用 X11 转发：

bash
ssh -X user@your_server_ip
确保在 SSH 配置文件（通常位于 /etc/ssh/sshd_config）中启用 X11Forwarding：

bash
X11Forwarding yes
然后重启 SSH 服务：

bash
sudo systemctl restart sshd
6. 检查权限
如果你仍然遇到问题，请确保你对 X11 服务器有访问权限。在终端中运行：

bash
xhost +
这将允许所有用户连接到 X11 服务器。

7. 使用 VNC
如果你需要一个图形界面，可以考虑安装和使用 VNC 服务器。这样即使在没有直接访问 X11 的情况下，也能通过 VNC 客户端进行远程图形操作。

8. 使用 Docker（如果适用）
如果你在 Docker 容器中工作，确保容器能够访问主机的 X11 服务器，这可能涉及到在运行容器时添加一些参数。

总结
如果以上方法都不能解决问题，请提供更多上下文信息，例如你是如何运行 R 的，以及你的环境配置，以便进一步帮助你排查问题。

yum install -y libxkbcommon-x11

rstudio-2024.09.0-375-x86_64.rpm

https://objects.githubusercontent.com/github-production-release-asset-2e65be/571770/cdb6377c-c961-4c95-ba06-f33fc418a03f?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=releaseassetproduction%2F20240930%2Fus-east-1%2Fs3%2Faws4_request&X-Amz-Date=20240930T042903Z&X-Amz-Expires=300&X-Amz-Signature=433195e37387fb260da0cc7a41a083c78ee0e327960b9140e59889e0cbad09e7&X-Amz-SignedHeaders=host&response-content-disposition=attachment%3B%20filename%3Dpandoc-3.4-linux-amd64.tar.gz&response-content-type=application%2Foctet-stream

设置R_HOME的环境变量