网络药理学：15、草稿暂存区（autodock vina）

news2024/11/15 8:15:25

TCMSP

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韦恩图在线网站

https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

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String数据库参数详解：https://www.bilibili.com/video/BV1q64y1k7Zf?p=16&vd_source=aed4c634975918b14b7354ec93ce5389

David数据库可以用基因ID或者基因名。

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KEGG数据库使用：https://www.bilibili.com/video/BV1q64y1k7Zf?p=18&vd_source=aed4c634975918b14b7354ec93ce5389

R语言和RStudio（R语言的开发环境）安装和下载

建议参考如下文章：
https://www.bilibili.com/read/cv26777416/

Cytoscape下载

见如下博客：
http://t.csdnimg.cn/vIYfj

注意:Cytoscape不建议下载3.10.x版本的，建议下载3.8.2版本的。因为前者的插件不再集成在软件内部了，需要自己额外去网站上下载到本地并导入，比较麻烦。

分子对接能量

文献里是小于-4代表有结合能力，小于-5结合性较强，-6还行，当然越低越好。

分子对接前选择合适的蛋白受体（基因名已知，选取合适的蛋白结构下载PDB格式文件）

X-Ray
不能太高也不能太低，太高的话分辨率比较低，看不清晰。太低的话很容易有残基缺损。一般≤2.5
POSITIONS是总长，一般选择长一点的。300左右的算较短，450算是合适。
尽量挑选structure区有小分子结晶的。

选择合适的蛋白受体

https://cloud.tencent.com/developer/article/1793665

b站：分子对接 - 怎么从PDB数据库选蛋白结构 https://www.bilibili.com/video/BV1E64y1Z77W

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pH接近7

不推荐：
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还行：
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分子对接autodock补充事项

可以设置工作目录
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autodock vina

autodock vina的步骤和autodock速通版的步骤都一样的。一直到16：49秒之后才是autodock vina。

这个视频，从
在这里插入图片描述

这个视频
结合来看

加载蛋白：选择File/Read Molecule后选择文件加载
加氢：选择Edit/Hydrogens/Add进行加氢，弹出两个页面都直接选YES。
计算总电荷：选择Edit/Chargs/Compute Gasteiger
指定原子类型：选择Edit–Atoms–Assign AD4 type
转为pdbqt文件：选择File/save/write PDBQT后直接点击OK
小分子配体准备（如果事先准备了小分子的pdbqt文件，可以跳过）
重新打开autodock tools软件，或者点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空页面。
加载配体：选择Ligand/Input/Open（可能跳出弹窗，直接选择yes即可）
选择并判断配体的Root：选择Ligand> Torsion Tree > Choose Root”和“Ligand > Torsion Tree > Detect Root。
加载更多Root：选择Ligand > Torsion Tree > Show Root Expansion
查看可旋转的键：选择Ligand > Torsion Tree > Choose Torsion
保存成PDBQT：选择Ligand—Output > Save as PDBQT
随后点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空软件页面

加载大分子蛋白：Grid > Macromoleculr > Open 再次打开大分子蛋白的pdbqt格式文件（冒出三个弹窗，全部选YES）

加载小分子配体：选择Grid > Set Map Types > Choose Ligand…或Grid > Set Map Types > Open Ligand…打开小分子配体的pdbqt格式文件

设置并保存对接口袋：选择Grid > Grid Box…设置好口袋大小后点击Grid Options弹窗的File > Close saving current退出。

Docking > Output > Vina，得到config.txt（直接save即可）

Run > Run autodock vina ，加载刚刚的config.txt

得到的是小分子配体_out.pdbqt文件

结果分析
点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空页面。

Analyze > Dockings > Open AutoDock vina result

转为pdb文件：选择File/save/write PDB后直接点击OK
或者转为pdbqt文件：转为pdbqt文件：选择File/save/write PDBQT后直接点击OK