调研数据显示，企业认为多部门协调难度大、各类数据采集难度大、定制化程度高是MES系统实施过程中最为突出的三个难点，比例分别达到52%、48%、46%。其他如对MES认识不足、难以准确把握需求、企业相关人才比较匮乏、与其他系统边界难以划分等也是实施过程中的难点;选型困难、实施团队水平有限、资金投入有限、可借鉴案例少的影响程度有所下降。
与2021年数据相比，多部门协调难度大、各类数据采集难度大的“难”更加突出。多部门协调方面，由于MS项目的实施涉及部门众多，例如生产部、质量部、物流部、计划部、研发部等，随着关联部门、项目干系人增加，项目执行的难度也会随之增加，这同样也是其他系统实施的难点之一。因此，类似智能制造小组或数字化转型委员会等组织在越来越多企业中成立，并发挥重要作用，例如统筹顶层规划、牵头解决多部门协调问题等数据采集难方面，实现生产过程可视化的基础是完成关键数据的采集，但大部分企业都会遇到数据种类多、数据量大、设备类型多、通讯协议繁杂、接口不开放等棘手问题。