导入pyBigWig包

news2024/11/25 14:35:44

今天复现论文时,看到了一种叫做bigwig格式的数据,创建和访问该格式文件需要用到pybigwig包,在此过程中遇到了一些问题,记录一下。

介绍

pybigwig的使用依赖于两个C库,所谓C库就是C语言编写的python库。

正如在pypi官方的python软件包仓库中介绍:

安装步骤

所以我们在激活所需安装的虚拟环境后,再安装这两个C库:

1.安装 libcurl 和 curl-config

  • 使用以下命令安装libcurlcurl-config
    conda install -c conda-forge libcurl
  • 这将从conda-forge通道安装libcurlcurl-config

2.安装 zlib

  • 使用以下命令安装zlib
    conda install -c conda-forge zlib
  • 这将从conda-forge通道安装zlib

3.安装pyBigWig包

使用 condapip 来安装 pyBigWig 包。pyBigWig 并没有官方的 conda 包,所以通常通过 pip 安装:

pip install pyBigWig

这里请注意,这里的安装请在linux环境下进行安装!

然后我这里安装的时候是在windows下进行安装的,所以出现了以下报错:

所以我改到了linux系统下使用同样的方式进行导入:

成功了!

这是因为pybigwig只有linux系统下的版本pyBigWig ·PyPI

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