今天复现论文时,看到了一种叫做bigwig格式的数据,创建和访问该格式文件需要用到pybigwig包,在此过程中遇到了一些问题,记录一下。
介绍
pybigwig的使用依赖于两个C库,所谓C库就是C语言编写的python库。
正如在pypi官方的python软件包仓库中介绍:
安装步骤
所以我们在激活所需安装的虚拟环境后,再安装这两个C库:
1.安装 libcurl 和 curl-config:
- 使用以下命令安装
libcurl
和curl-config
:conda install -c conda-forge libcurl
- 这将从
conda-forge
通道安装libcurl
和curl-config
。
2.安装 zlib:
- 使用以下命令安装
zlib
:conda install -c conda-forge zlib
- 这将从
conda-forge
通道安装zlib
。
3.安装pyBigWig包
使用 conda
或 pip
来安装 pyBigWig
包。pyBigWig
并没有官方的 conda
包,所以通常通过 pip
安装:
pip install pyBigWig
这里请注意,这里的安装请在linux环境下进行安装!
然后我这里安装的时候是在windows下进行安装的,所以出现了以下报错:
所以我改到了linux系统下使用同样的方式进行导入:
成功了!
这是因为pybigwig只有linux系统下的版本pyBigWig ·PyPI