官网:PLINK 1.9

 plink --bfile plink --flip flip.txt --make-bed --out test

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当不同数据合并时，如果一个数据使用正链，另外一个数据使用反链，就会导致合并数据出现问题，报错。

这种时候方案一：舍弃所有不能合并位点；方案二：尝试翻转分型，统一链，然后合并。

如:分型数据一中SNP1：A T ; 分型数据二中SNP1：C G 类型，均可以通过链的翻转实现数据合并

数据合并报错会提示：多等位 3+ alleles

plink --allow-extra-chr --chr-set 95 --bfile temp --bmerge temp2.bed temp2.bim temp2.fam --make-bed --out all

Error: 7327 variants with 3+ alleles present.

* If you believe this is due to strand inconsistency, try --flip with

  all-merge.missnp.

  (Warning: if this seems to work, strand errors involving SNPs with A/T or C/G

  alleles probably remain in your data.  If LD between nearby SNPs is high,

  --flip-scan should detect them.)

* If you are dealing with genuine multiallelic variants, we recommend exporting

  that subset of the data to VCF (via e.g. '--recode vcf'), merging with

  another tool/script, and then importing the result; PLINK is not yet suited

  to handling them.

See https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/data#merge3 for more discussion.

解决办法

1. 基于二进制文件合并，会自动输出不能合并的位点：all-merge.missnp，以输出文件名+“-merge.missnp”，内含不能合并的位点

2.翻转不能合并的位点

准备需要翻转位点明细，含一列：SNPID，可直接翻转上一步输出的文件*merge.missnp

plink --allow-extra-chr --chr-set 95 --file temp --flip all-merge.missnp --recode --out flip

3.继续合并数据

plink --allow-extra-chr --chr-set 95 --bfile flip --bmerge temp2.bed temp2.bim temp2.fam --make-bed --out all