关键词：肿瘤测序；基因测序；变异检测；
文献简介
- 标题（英文）：Palbociclib-based high-throughput combination drug screening identifies synergistic therapeutic options in HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma
- 标题（中文）：基于Palbociclib的高通量联合药物筛选确定了HPV阴性头颈部鳞状细胞癌的协同治疗选择
- 发表期刊：BMC Medicine
- 作者单位：上海交通大学医学院附属第九人民医院等
- 发表年份：2022
- 文章地址：https://doi.org/10.1186/s12916-022-02373-6
图1 文献简介
人瘤病毒阴性（HPV-）头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）是HNSCC的一个主要亚型，与HPV阳性疾病相比，其临床结局较差，对放化疗以及针对EGFR和PD-1的治疗的反应率较低。在超过一半的HNSCCs HPV-中观察到CCND1和CDKN2A畸变介导的细胞周期信号传导的失调;这一发现强烈建议在这种疾病中研究CDK4 / 6抑制剂。
以组合矩阵的形式筛选了162种FDA批准的药物和在研药物，并在更广泛的HPVneg HNSCC细胞系中验证了最佳组合。还进行了转录组分析，以探索药物协同作用的分子机制。最后，在一组基因多样化的 HPVneg HNSCC 细胞系和患者衍生异种移植模型中，评估并比较了基于 palbociclib 的最有效药物组合与 palbociclib 加西妥昔单抗或顺铂。
测序流程
样本基因组分析过程中，研究者使用Sentieon软件TNseq模块进行somatic SNV和InDels检测分析。
图2 sentieon的作用
图3 高通量联合用药筛选鉴定了HNSCC中基于帕博西尼的药物-药物相互作用
Sentieon软件团队拥有丰富的软件开发及算法优化工程经验，致力于解决生物数据分析中的速度与准确度瓶颈，为来自于分子诊断、药物研发、临床医疗、人群队列、动植物等多个领域的合作伙伴提供高效精准的软件解决方案，共同推动基因技术的发展。 截至2023年3月份，Sentieon已经在全球范围内为1300+用户提供服务，被世界一级影响因子刊物如NEJM、Cell、Nature等广泛引用，引用次数超过700篇。此外，Sentieon连续数年摘得了Precision FDA、Dream Challenges等多个权威评比的桂冠，在业内获得广泛认可。
文献讨论
图4 文献讨论
该研究为CDK4/6抑制剂在分子水平上定义的患者中的合理联合用药策略提供了新的证据,有望在临床实践中实现针对特定分子类型患者的细胞周期通路靶向治疗。
总结
综上所述，研究者提供了一个基于帕博昔单抗的全面的药物相互作用数据集，并确定了alpelisib（一种PI3Kα抑制剂）在HPVneg HNSCC中是最有效的增效剂，尤其是在PIK3CA改变的病例中疗效更高。此外，通过使用一组不同基因的细胞系和 PDX 模型，该研究发现 palbociclib 加 alpelisib 的疗效优于 palbociclib 加西妥昔单抗或顺铂，后者目前正在 HNSCC 的临床试验中进行研究。因此，对基于palbociclib的药物组合的研究有助于深入了解与CDK4/6抑制相关的系统性联合效应，并支持进一步探索在生物标志物指导下使用palbociclib加alpelisib组合治疗HPV阴性HNSCC的临床试验。
