原文链接:BIOMOD2 物种分布模拟教程https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzNTczMDMxMg==&mid=2247609373&idx=5&sn=492e7597314a5f9e358c35e4780b275f&chksm=fa826dfacdf5e4ecf8ac06bdeba5469b31650bdbefbc8fb88b79c0f332714c453a4cc058d29f&token=1551213498&lang=zh_CN#rd
前沿
BIOMOD2是一个R软件包,用于构建和评估物种分布模型(SDMs)。它集成了多种统计和机器学习方法,如GLM、GAM、SVM等,允许用户预测和分析物种在不同环境条件下的地理分布。
第一:理论
生态模型的基本概念和物种分布模型(SDMs)的重要性。
biomod2:biomod2的历史、发展和主要功能。
R语言重点工具入门:数据输入与输出、科学计算、地理数据分析、数据可视化等功能。
第二:数据获取与预处理
(1)物种分布数据;
(2)环境变量(站点数据、遥感数据)。
基于R语言的数据预处理:
(1)数据提取:根据需求批量提取相关数据;
(2)数据清洗:数据清洗的原则与方法;
(3)特征变量选择:通过相关性分析、主成分分析(PCA)等方法选择具有代表性的特征变量,提高模型效率。
第三:模型的建立与评估
(1)机器学习原理;(2)常见机器学习算法与流程
基于单一机器学习算法的物种分布特征模拟
biomod2程序包与使用:原理、构成
构建第一个物种分布模型,包括选择模型类型和调整参数。
模型评估方法:通过ROC曲线、AUC值等方法评估模型的有效性和准确性。
第四:模型优化与多模型集成
典型算法参数优化:对随机森林、最大熵等算法进行参数优化,提高模型性能。
集成方法:结合多个模型提高预测结果的稳定性和准确性。
物种分布特征预测: 基于单一模型与集成模型预测物种未来分布特征。
第五:结果分析和案例研究
物种分布特征、环境变量与物种分布关系、未来分布特征预测。
科学制图:栅格图、柱状图、降维结果图等。