内容如下:
1.外泌体和肝癌TCGA数据下载
2.数据格式整理
3.差异表达基因筛选
4.预后相关外泌体基因确定
5.拷贝数变异及突变图谱
6.外泌体基因功能注释
7.LASSO回归筛选外泌体预后模型
8.预后模型验证
9.预后模型鲁棒性分析
10.独立预后因素分析及与临床的相关性分析
11.列线图,ROC曲线,校准曲线,DCA曲线
12.外部数据集验证
13.外泌体模型与免疫的关系
14.外泌体模型与单细胞测序
########################### 5.拷贝数变异及突变图谱 ############################
下面绘制预后基因的突变图谱,代码如下:
setwd("E:\\blog外泌体相关预测模型\\Figure 1")
dir()
library(maftools)
library(TCGAbiolinks)
query <- GDCquery(
project = "TCGA-LIHC",
data.category = "Simple Nucleotide Variation",
access = "open",
legacy = FALSE,
data.type = "Masked Somatic Mutation",
workflow.type = &#