阿里云购买Ubuntu 22.0机器
IP没错,访问外网没问题
图片中的命令放在下面了。
useradd test-user -s /bin/bash
mkdir /home/test-user
chown -R test-user: /home/test-user
passwd test-user
vi /etc/sudoers
wget -c 'https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh'
sudo ln -s /home/test-user/anaconda3/bin/conda /bin/conda
conda config --set auto_activate_base false
conda create -n rdkit-env python=3.11.9
source anaconda3/bin/activate rdkit-env
conda search rdkit
vi ~/.condarc
#######################################################################################
channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
pytorch-lts: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
deepmodeling: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/
#######################################################################################
conda install -c conda-forge rdkit=2020.9.1
conda remove python
conda install python=3.7.6
conda install -c conda-forge rdkit=2020.9.1
python
import rdkit
from rdkit import Chem
print(rdkit.__version__)
创建普通用户用作安装rdkit
修改/etc/sudoers
切换普通用户下载安装Anaconda
开始安装,出现间断之后
第一次回车
第二次yes (阅读安装协议的时候可以使用空格翻页)
第三次回车
第四次yes
创建软连接
创建虚拟环境rdkit-env,指定Python版本为3.11.9
进入虚拟环境
没有找到rdkit包、使用的默认源
更换conda源为清华源,修改~/.condarc
再次查询找到了包,找到我们指定的版本安装即可
安装报错,提示版本兼容
更换Python3.7.6版本尝试
卸载现有Python
安装Python3.7.6
再次进行rdkit安装
安装成功、测试正常。存在个疑点,安装完毕后Python版本变成了3.7.12 疑似是安装rdkit时有强依赖关联升级。