之前讲过临床模型预测的专栏,但那只是基础版本,下面我们以自噬相关基因为例子,模仿一篇五分文章,将图和代码复现出来,学会本专栏课程,可以具备发一篇五分左右文章的水平:
本专栏目录如下:
Figure 1:差异表达基因及预后基因筛选(图片仅供参考)
Figure 2. 生存分析,箱线图表达改变分析(图片仅供参考)
Figure 3. 基因富集分析(图片仅供参考)
Figure 4.构建临床预测模型(图片仅供参考)
Figure 5.训练集训练模型(图片仅供参考)
Figure 6.测试集测试模型(图片仅供参考)
Figure 7.外部数据集验证模型(图片仅供参考)
Figure 8.生存曲线鲁棒性分析(图片仅供参考)
FIgure 9.列线图构建,ROC分析,DCA分析(图片仅供参考)
Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润(图片仅供参考)
Figure 8讲一下生存曲线鲁棒性分析,就是计算的riskscore在不同的临床亚组(比如:Stage I、Stage II,Male,Female),分为高低风险组,然后比较高低风险组的生存曲线。
准备的数据有测试集,训练集和临床数据: