Bio-Info每日一题:Rosalind-06-Counting Point Mutations

news2024/10/6 14:39:22

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Rosalind是一个在线平台,专为学习和实践生物信息学而设计。该平台提供了一系列循序渐进的编程挑战,帮助用户从基础到高级掌握生物信息学知识。无论你是初学者还是专业人士,Rosalind都能为你提供适合的学习资源和实践机会。网址:https://rosalind.info
你是否想像专业人士一样分析DNA序列?这里有一个简单的任务来帮助你入门。
📝 任务说明:
请添加图片描述

汉明距离:
在信息论中,两个等长字符串之间的汉明距离(英语:Hamming distance)是两个字符串对应位置的不同字符的个数。换句话说,它就是将一个字符串变换成另外一个字符串所需要替换的字符个数。
例如:

  1. 10111011001001之间的汉明距离是2。
  2. 21438962233796之间的汉明距离是3。
  3. tonedroses之间的汉明距离是3。
def mutation(seq1,seq2):
    mutation=0
    for base1,base2 in zip(seq1,seq2):
        if base1!=base2:
            mutation+=1
    return mutation
def main():
   seq1='GTGCCTATCGGTCAACCCAGGGGGTATACTCACTATCGTTTTTAGGGCGAACCCCCTATTACGTAAACTTCGACGGTCGAGCTACTACTACTT'
   seq2='GTGCCTATCGGTCAACCCAGGGGGTATACTCACTATCGAATTTAGGGCGAACCCCCTATTACGTAAACTTCGACGGTCGAGCTACTACTACTT'
    print(mutation(seq1,seq2))
if __name__=='__main__':
    main()

纸上得来终觉浅,绝知此事要躬行。
公众号:BIoYfan,之后会坚持同步更新生信方面内容
与君共勉💪

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