Centos7_miniconda_devtools安装_R语言入门之R包的安装

news2024/11/15 17:20:06

因为有同时反馈安装R包很慢或卡住。同事提供了一个安装R包的命令给我测试，在安装过程中复现报错信息，把下载慢或卡信的链接中的域名在防火墙中调整出口。

devtools::install_github("GreenleafLab/ArchR", ref="master", repos = BiocManager::repositories())

下载安装miniconda

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给下载下来的安装文件添加执行权限
sudo bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

一路Enter----yes—yes直到安装完成
进入conda环境

source ~/.bashrc
conda

国内换源

#全部清华园，备用


conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/MindSpore
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/Paddle
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/auto
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biobakery
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/c4aarch64
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/caffe2
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/deepmodeling
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/dglteam
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/fastai
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/fermi
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/idaholab
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/intel
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/matsci
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/mordred-descriptor
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/numba
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/ohmeta
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/omnia
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/peterjc123
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/plotly
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/psi4
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch-lts
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch-test
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch3d
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pyviz
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/qiime2
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/rapidsai
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/rdkit
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/simpleitk
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/stackless
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/ursky

 安装下R语言运行环境，安装R4.0.0(开始时安装R4.3.1提示不支持某个插件，具体不记得了)

conda search R

 创建R4.0环境

conda create -n r4.0

进入R4.0环境 

conda activate r4.0

安装R4.0

conda install R=4.0 -y

 

进入R程序 

 

安装devtools

install.packages("devtools")

 安装R包报错：

1) grab failed: window not viewable.

Error in structure(.External(.C_dotTclObjv, objv), class = "tclObj") : 
[tcl] grab failed: window not viewable.

一般发生在远程linux系统中安装R包，是因为R调用窗口失败，解决方法是

chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

输入16回车，再运行一次安装命令。

install.packages("devtools")

 可能还会有下面出错信息

1: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  安装程序包‘systemfonts’时退出狀態的值不是0
2: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  安装程序包‘textshaping’时退出狀態的值不是0
3: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  安装程序包‘ragg’时退出狀態的值不是0
4: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  安装程序包‘pkgdown’时退出狀態的值不是0
5: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  安装程序包‘devtools’时退出狀態的值不是0

解决办法： 

 1.install.packages('fontconfig')根据报错提示安装

    yum install fontconfig-devel
   
 2.install.packages('textshaping')根据报错提示安装

   yum install -y  harfbuzz-devel fribidi-devel
   
 3.install.packages('ragg')根据报错提示安装

yum install -y freetype-devel libpng-devel libtiff-devel libjpeg-devel

 4.处理完1.2.3再安装下面包已经不再提示错误了。
 install.packages('pkgdown')

处理完再试试安装devtools.

在R中使用devtools安装R包

devtools::install_github("GreenleafLab/ArchR", ref="master", repos = BiocManager::repositories())

 例如生信分析常用到的Bioconductor，可使用BiocManager::install()来进行安装，例如安装DESeq2包

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
       install.packages("BiocManager")
   
   BiocManager::install("DESeq2")

又报出错。

ERROR: dependencies ‘SummarizedExperiment’, ‘rhdf5’, ‘motifmatchr’, ‘chromVAR’, ‘uwot’, ‘Rsamtools’, ‘Biostrings’, ‘ComplexHeatmap’, ‘GenomicRanges’ are not available for package ‘ArchR’
* removing ‘/root/miniconda3/envs/r4.0/lib/R/library/ArchR’

使用pacman包来批量安装依赖包

install.packages("pacman")

使用p_install函数，并通过packages参数传入要安装的包名列表：

pacman::p_install(packages = c("SummarizedExperiment", "rhdf5", "motifmatchr", "chromVAR", "uwot", "Rsamtools", "Biostrings", "ComplexHeatmap", "GenomicRanges"))

出现ERROR: dependency ‘locfit’ is not available for package ‘DESeq2’ 的报错。此时往往是由于默认安装的locfit版本的问题导致的，所以通过指定低一点的版本（例如1.5-9.2）即可安装。

install.packages('https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/locfit/locfit_1.5-9.2.tar.gz',repos = NULL)

出错揭示：

checking for gcc... no
checking for cc... no
checking for cl.exe... no
checking for clang... no
configure: error: in `/tmp/RtmpuOjLUv/R.INSTALLe06dd4f1f4256/XML':
configure: error: no acceptable C compiler found in $PATH
See `config.log' for more details
ERROR: configuration failed for package ‘XML’
* removing ‘/root/miniconda3/envs/r4.0/lib/R/library/XML’
* installing *source* package ‘BiocParallel’ ...
** using staged installation
checking for gcc... no
checking for cc... no
checking for cl.exe... no
configure: error: in `/tmp/RtmpsFlbCG/R.INSTALLe075b1e0ffb7b/BiocParallel':
configure: error: no acceptable C compiler found in $PATH
See `config.log' for more details

由于本机缺少gcc编译环境，通过yum安装gcc编译环境：

yum install -y gcc

 

参考文章：Miniconda3环境配置，换国内源_miniconda换源-CSDN博客

参考文章：没有人比我更懂R包安装 - 知乎 

参考文章：DEseq2和edgeR的安装问题记录_deseq2安装报错-CSDN博客

本文来自互联网用户投稿，该文观点仅代表作者本人，不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如若转载，请注明出处：http://www.coloradmin.cn/o/1616645.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符，请联系多彩编程网进行投诉反馈，一经查实，立即删除！

相关文章

助力突发异常事件预警保障公共安全，基于YOLOv7【tiny/l/x】模型开发构建公共生活场景下危险人员持刀行凶异常突发事件检测预警识别系统

助力突发异常事件预警保障公共安全，基于YOLOv7【tiny/l/x】模型开发构建公共生活场景下危险人员持刀行凶异常突发事件检测预警识别系统

基于AI目标检测模型的暴力持刀行凶预警系统是当下保障人民生命安全的新途径，近年来，公众场合下的暴力袭击事件频发，不仅给受害者及其家庭带来了深重的伤害，也对社会的稳定和安全造成了极大的威胁。在这种背景下，如何有…
阅读更多...
为什么iPhone支持整页中文OCR应用很少？有什么好的解决方法？

为什么iPhone支持整页中文OCR应用很少？有什么好的解决方法？

iPhone上面没有支持中文整页OCR识别的app，这是一个值得探讨的问题。OCR，即光学字符识别，是一种将纸质文档或图片中的文字转化为可编辑文本的技术。随着科技的发展，OCR技术已经广泛应用于各个领域，包括文档处理、图像识…
阅读更多...
基于Go语言的云盘项目

基于Go语言的云盘项目

项目地址
阅读更多...
AutoCAD 2025(CAD设计软件) V2025.0.0 珊瑚海精简优化版

AutoCAD 2025(CAD设计软件) V2025.0.0 珊瑚海精简优化版

网盘下载 AutoCAD2025珊瑚海精简版是一款计算机辅助设计软件的AutoCAD精简版，提供了丰富的设计工具和功能，使用户能够轻松创建复杂的图纸、模型和布局。该软件还具备强大的三维建模和渲染功能，用户可以用来创建和编辑三维模型，应用…
阅读更多...
鸿蒙原生应用元服务-访问控制（权限）开发场景与权限声明

鸿蒙原生应用元服务-访问控制（权限）开发场景与权限声明

一、场景介绍 应用的APL（Ability Privilege Level）等级分为normal、system_basic和system_core三个等级，默认情况下，应用的APL等级都为normal等级。权限类型分为system_grant和user_grant两种类型。 二、配置文件权限声明 应用需要…
阅读更多...
利用regress绘制拟合图，利用Slope的趋势分析（5）

利用regress绘制拟合图，利用Slope的趋势分析（5）

code如下： % SCD,积雪日数 % SCS,积雪初日 % SCM,积雪终日% SCS SCD SCM clc; clear; % 读取 Excel 表 excel_file E:\work\2024年\April20\积雪作图\tif文件\excel表\SCS.xlsx; % Excel 文件路径 data readtable(excel_file);datavalue data{:,2:end}; year (…
阅读更多...
就业班 第三阶段（负载均衡） 2401--4.18 day2 nginx2 LVS-DR模式

就业班 第三阶段（负载均衡） 2401--4.18 day2 nginx2 LVS-DR模式

3、LVS/DR 模式 实验说明： 1.网络使用NAT模式 2.DR模式要求Director DIP 和 所有RealServer RIP必须在同一个网段及广播域 3.所有节点网关均指定真实网关 主机名ip系统用途client172.16.147.1mac客户端lvs-server172.16.147.154centos7.5分发器real-server1172.16.…
阅读更多...
一句话或一张图讲清楚系列之——ISERDESE2的原理

一句话或一张图讲清楚系列之——ISERDESE2的原理

主要参考： https://blog.csdn.net/weixin_50810761/article/details/137383681 xilinx原语详解及仿真——ISERDESE2 作者：电路_fpga https://blog.csdn.net/weixin_45372778/article/details/122036112 Xilinx ISERDESE2应用笔记及仿真实操 作者&#x…
阅读更多...
华为机考入门python3--（17）牛客17- 坐标移动

华为机考入门python3--（17）牛客17- 坐标移动

分类：字符串 知识点： 正则匹配 re.match(pattern, move) 格式字符串，可以在字符串中直接引用变量 f"{x},{y}" 题目来自【牛客】 import re def is_valid_coordinate(move): # 使用正则表达式验证移动是否合法 # ^: …
阅读更多...
JavaEE初阶——多线程(七)——定时器

JavaEE初阶——多线程(七)——定时器

T04BF 👋专栏: 算法|JAVA|MySQL|C语言 🫵 小比特 大梦想 此篇文章与大家分享多线程的第七篇文章——关于定时器 如果有不足的或者错误的请您指出! 目录 4.定时器4.1标准库提供的定时器4.2自己实现一个定时器4.2.1任务类4.2.2Timer类4.2.3 有一个线程来负…
阅读更多...
计算机网络3——数据链路层5高速以太网

计算机网络3——数据链路层5高速以太网

文章目录 一、100BASE-T 以太网二、吉比特以太网三、10吉比特以太网(10GbE)和更快的以太网四、使用以太网进行宽带接入 随着电子技术的发展，以太网的速率也不断提升。从传统的10Mbits以太网一直发展到现在常用的速率为1Gbits的吉比特以太网，甚至更快的以…
阅读更多...
深度剖析图像处理—边缘检测

深度剖析图像处理—边缘检测

什么是边缘检测 边缘检测(Edge Detection)就是提取图像中的边缘点(Edge Point)。边缘点是与周围像素相比灰度值有阶跃变化或屋顶状变化的像素。边缘常存在于目标与背景之间、目标与目标之间、目标与其影子之间。 ​ 在图像处理和图像分析中，经常要用到边缘(Edge)、边…
阅读更多...
【数学归纳法 反证法】菲蜀定理

【数学归纳法 反证法】菲蜀定理

裴蜀定理（或贝祖定理，Bzout’s identity）得名于法国数学家艾蒂安裴蜀，说明了对任何整数a、b和它们的最大公约 数d，关于未知数x和y的线性不定方程（称为裴蜀等式）：若a,b是整数,且&…
阅读更多...
绿联 安装transmission

绿联 安装transmission

绿联 安装transmission及中文UI 1、镜像 linuxserver/transmission:latest 2、安装 2.1、创建容器 按需配置权重。 2.2、基础设置 2.3、网络 桥接即可。 注：如果使用IPV6，请选择"host"模式。 注：如果使用IPV6，请选…
阅读更多...
Ts支持哪些类型和类型运算(下)

Ts支持哪些类型和类型运算(下)

目录 1、条件判断 （extends ？） 2、推导 infer 3、联合 | 4、交叉 & 5、映射类型 1、条件判断 （extends ？） ts里的条件判断，语法为 T extends XXX ? true : false ，叫做…
阅读更多...
vulfocus靶场tomcat-cve_2017_12615 文件上传

vulfocus靶场tomcat-cve_2017_12615 文件上传

7.0.0-7.0.81 影响版本 Windows上的Apache Tomcat如果开启PUT方法(默认关闭)，则存在此漏洞，攻击者可以利用该漏洞上传JSP文件，从而导致远程代码执行。 Tomcat 是一个小型的轻量级应用服务器，在中小型系统和并发访问用户不是很多…
阅读更多...
软考 系统架构设计师系列知识点之大数据设计理论与实践（17）

软考 系统架构设计师系列知识点之大数据设计理论与实践（17）

接前一篇文章：软考 系统架构设计师系列知识点之大数据设计理论与实践（16） 所属章节： 第19章. 大数据架构设计理论与实践 第5节 Lambda架构与Kappa架构的对比和设计选择 19.5.1 Lambda架构与Kappa架构的特性对比 1. 复杂度与开发、…
阅读更多...
智慧浪潮下的产业园区：洞察智慧化转型如何打造高效、绿色、安全的新园区

智慧浪潮下的产业园区：洞察智慧化转型如何打造高效、绿色、安全的新园区

目录 一、引言 二、智慧化转型的内涵与价值 三、打造高效园区的智慧化策略 1、建设智能化基础设施 2、推广智能化应用 3、构建智慧化服务平台 四、实现绿色园区的智慧化途径 1、推动绿色能源应用 2、实施绿色建筑设计 3、加强环境监测与治理 五、保障园区安全的智慧…
阅读更多...
Group Query Attention (GQA) 机制详解以及手动实现计算

Group Query Attention (GQA) 机制详解以及手动实现计算

Group Query Attention (GQA) 机制详解 1. GQA的定义 Grouped-Query Attention (GQA) 是对 Multi-Head Attention (MHA) 和 Multi-Query Attention (MQA) 的扩展。通过提供计算效率和模型表达能力之间的灵活权衡，实现了查询头的分组。GQA将查询头分成了G个组&#…
阅读更多...
一文学会Amazon transit GateWay

一文学会Amazon transit GateWay

这是一个中转网关，使用时候需要在需要打通的VPC内创建一个挂载点，TGW会管理一张路由表来决定流量的转发到对应的挂载点上。本质上是EC2的请求路由到TGW，然后在查询TGW的路由表来再来决定下一跳，所以需要同时修改VPC 内子网的路由表…
阅读更多...
推荐文章
最新文章

Copyright @ 2022~2023