2024年2月，凌恩生物助力客户发表文章47篇（6篇预发表），累计影响因子317.3分，其中包括Advanced Materials、Microbiome、Journal of Hazardous Materials、Small、Molecular Psychiatry、Science of the Total Environment、Scientific Data、Horticulture Research等期刊文章。此次收录的文章涵盖多个研究方向，其中3篇为多组学研究。文章涉及微生物方向22篇，基因组方向12篇，转录组方向12篇，蛋白组方向1篇，代谢组方向1篇，数据库构建方面1篇。

接下来小编挑选了一些高分文章，让我们一起回顾一下吧~

01、使用 ROS 平衡工程异质结实现耐药细菌感染的清除和皮肤伤口快速再生

题目：Achieving Clearance of Drug-Resistant Bacterial Infection and Rapid Cutaneous Wound Regeneration Using an ROS-Balancing-Engineered Heterojunction

发表期刊：Advanced Materials

影响因子：29.4

作者单位：四川大学

涉及的凌恩生物服务产品：原核特异链转录组

主要研究内容：     

       这篇论文研究了名为“sono-piezodynamic therapy”的疗法在细菌感染和伤口愈合方面的应用。由于该疗法产生的活性氧分子会引发炎症，阻碍组织再生。为此，研究人员开发了智能纳米催化膜，由聚乳酸-羟基乙酸共聚物和黑磷/V2C MXene生物异质结组成。该膜能在治疗过程中调节活性氧水平，有效治疗皮肤感染伤口。在超声波作用下，膜能消除耐药菌，破坏其代谢和电子传递链。停止超声波后，膜能消除活性氧，减轻炎症。该膜平衡了活性氧的产生和消失，兼具抗菌和抗炎功能。体内实验表明，纳米催化膜可将慢性伤口环境转化为再生环境，消灭细菌、抑制炎症并促进血管生成。研究展示了新型策略在治疗药物耐药性细菌感染伤口的潜力。

02、从叶际到昆虫角质层：蚕从桑叶中收集抗真菌细菌来对抗真菌寄生虫的攻击

题目：From phyllosphere to insect cuticles: silkworms gather antifungal bacteria from mulberry leaves to battle fungal parasite attacks

发表期刊：Microbiome

影响因子：15.5

作者单位：中国科学院

涉及的凌恩生物服务产品：二代扩增子

主要研究内容：

       本研究探索了植物叶际微生物与昆虫角质层之间的细菌交换及其对昆虫抗真菌感染的影响。研究发现，蚕虫蜕皮后食用桑叶时表皮细菌数量剧增，其中一种名为Mammaliicoccus sciuri的的细菌能显著抑制两种真菌寄生虫的孢子萌发。这种细菌源自桑叶，通过产生Msp1水解酶破坏真菌细胞壁。MSP1缺失导致抗菌活性降低。此外，经Mammaliicoccus sciuri处理的蚕虫对真菌感染有抵抗力，且不影响其发育，反而能保护饲养基质免受Aspergillus污染。这表明植物叶际微生物与昆虫角质层之间细菌的交叉转移有助于有助于保护昆虫免受真菌寄生虫的攻击。

03、脱氧雪腐镰刀菌烯醇对奶牛瘤胃功能、生产和健康的影响：代谢组学和微生物群分析的见解

题目：Impact of deoxynivalenol on rumen function production and health of dairy cows: Insights from metabolomics and microbiota analysis

发表期刊：Journal of Hazardous Materials

影响因子：13.6

作者单位：吉林农业大学

涉及的凌恩生物服务产品：体内瘤胃液二代扩增子+体外16S rRNA全长扩增子

主要研究内容：

       饲料和食品中的脱氧雪腐镰刀菌烯醇污染在生长、储存和加工过程中普遍存在，对奶牛构成重大风险，尤其是当暴露在高淀粉饮食中时。本文研究了脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）对奶牛生产性能、瘤胃功能和健康的影响机制。研究发现，高淀粉和低淀粉日粮中，DON均会显著降低丙酸盐、异丁酸盐、戊酸盐、总挥发性脂肪酸（TVFA）和微生物粗蛋白（MCP）的浓度，体内外NH3-N浓度显著增加。DON还影响体内微生物群落丰度，特别是Oscillospiraceae、Lachnospiraceae等菌属。此外，DON下调了多种氨基酸（如卵磷脂、花生四烯酸、缬氨酸等）代谢，引发氧化应激、炎症和免疫失调，损害奶牛健康，总之，DON污染的高淀粉和低淀粉日粮都可能对瘤胃功能产生有害影响，且高淀粉饲料中DON的负面影响更大。因此，DON对奶牛生产性能和整体健康构成潜在威胁。

04、不动杆菌YH0317固定化硼掺杂生物炭同时实现水稻土中甲基苯磺隆的去除和CO₂排放的降低

题目：Simultaneous achievement of removing bensulfuron-methyl and reducing CO2 emission in paddy soil by Acinetobacter YH0317 immobilized boron-doping biochar

发表期刊：Journal of Hazardous Materials

影响因子：13.6

作者单位：中国科学院

涉及的凌恩生物服务产品：宏基因组

主要研究内容：

        这篇论文探讨了如何在水稻田中同时实现除草剂去除和二氧化碳排放减少的问题。作者使用了一种名为Acinetobacter YH0317的的苯磺隆降解菌，成功固定在两种不同类型的生物炭上进行处理。实验结果表明，这种微生物固定在生物炭上的效果比单独使用微生物或生物炭更好，可以显著提高除草剂的去除率，并且能够改善土壤理化性质和增加微生物多样性。此外，该方法还能够降低二氧化碳等温室气体的排放量，其中碳固定基因（fhs）可能发挥了重要作用。这项研究为解决水稻田中的污染和气候变化问题提供了一个实用的技术支持。

05、猪肉批发市场微生物污染及抗生素耐药性特征分析：次氯酸钠消毒效果评价

题目：Insights into microbial contamination and antibiotic resistome traits in pork wholesale market: An evaluation of the disinfection effect of sodium hypochlorite

发表期刊：Journal of Hazardous Materials

影响因子：13.6

作者单位：浙江省农业科学院

涉及的凌恩生物服务产品：宏基因组

主要研究内容：

       本研究旨在评估次氯酸钠消毒剂在猪肉批发市场的应用效果，并探讨微生物污染和抗生素耐药性之间的关系。研究人员采用了微生物培养和基因测序等方法进行分析，发现次氯酸钠消毒剂的应用可能会导致耐药菌株的产生，并加速抗生素耐药性的演变。研究鉴定到多种ARGs，如氨基糖苷类、喹诺酮类、多粘菌素等。研究发现，不动杆菌和沙门氏菌是消毒剂抗性基因的主要宿主。PWM中鉴定的ARGs的耐药性机制主要是抗生素失活（38.7%）、抗生素外排（27.2%）和抗生素靶点保护（14.4%）。消毒后，编码外排泵的基因在PWM抗性组中的比例增加。微生物培养表明，微生物污染和抗生素耐药性的特征与宏基因组测序观察到的一致。该研究为理解微生物污染和抗生素耐药性的相互作用提供了新的见解。

06、厚朴酚驱动的微生物群调节引起色氨酸代谢变化，导致猪粪臭素形成减少

题目：Magnolol-driven microbiota modulation elicits changes in tryptophan metabolism resulting in reduced skatole formation in pigs

发表期刊：Journal of Hazardous Materials

影响因子：13.6

作者单位：广东省农业科学院

涉及的凌恩生物服务产品：三代扩增子

主要研究内容：

        这篇论文主要探讨了使用药物成分厚朴酚来调节肠道微生物群落对猪体内的色胺代谢的影响，以减少粪便中的恶臭物质“Skatole”的产生。厚朴酚是一种促进健康的多酚，有可能显著减少肠道中粪酚的产生。为了研究厚朴酚对“Skatole”形成的影响及其潜在机制，在猪身上进行了体内和体外实验。通过在实验中给猪补充厚朴酚，可以显著降低盲肠、结肠和粪便中“Skatole”的排放量，并且发现了厚朴酚可显著降低结肠内Lachnospira、Faecalibacterium和Paramuribaculum等菌群丰度。此外，厚朴酚还可以作为抑制“Skatole”产生的酶的靶点，为减轻该污染物的排放提供了新的思路和策略。

07、利用花生壳生物炭和堆肥鸡粪修复新烟碱污染的土壤：地球化学组分的转化机制

题目：Remediation of neonicotinoid-contaminated soils using peanut shell biochar and composted chicken manure: Transformation mechanisms of geochemical fractions

发表期刊：Journal of Hazardous Materials

影响因子：13.6

作者单位：扬州大学

涉及的凌恩生物服务产品：二代扩增子

主要研究内容：

       土壤修复技术是缓解新烟碱类药物应用对土壤造成的不利环境影响的有前途的方法。本研究通过三步连续提取法和非稳态模型，系统研究了花生壳生物炭（PSB）和鸡粪堆肥（CCM）对土壤中新烟碱类污染土壤的修复机制。PSB和CCM的加入刺激了新烟碱类化合物在土壤中从不稳定组分转化为中等吸附和稳定吸附组分。与未处理土壤相比，PSB改良土壤中的不稳定组分从初始浓度的47.6%±11.8%降至12.1±9.3%，PSB和CCM改良土壤中为7.1±4.9%，而中等吸附组分和稳定吸附组分的比例分别相应增加了1.8-2.4倍和2.3-4.8倍。结合组分中的一小部分（<4.8%）表明在培养48天后结合残基相当有限。PSB刺激了含-NO2的新烟碱类降解物，使相应新烟碱类的可降解部分提高了8.2±6.3%。新烟碱类化合物在土壤中的降解率占主导地位，占58.3±16.7%。此外，花生壳生物炭还促进了相关降解菌的生长，加速了农药降解。这些发现为治理新烟碱类农药污染的土壤提供了新策略。

08、珍稀濒危热带双壳纲番红砗磲染色体水平基因组组装与注释

题目：Chromosome-level genome assembly and annotation of rare and endangered tropical bivalve, Tridacna crocea

发表期刊：Scientific Data

影响因子：9.8

作者单位：中国科学院

涉及的凌恩生物服务产品：动物基因组

主要研究内容：

       本研究旨在为稀有濒危热带双壳类动物巨蚌（Tridacna crocea）建立高质量的染色体水平基因组组装和注释。通过结合PacBio长读序列和Hi-C测序数据，得到了1.30 Gb大小的高质量基因组序列，并对其进行了注释。该基因组中重复序列占总长度的71.60%，共注释到25,440个编码蛋白质的基因和1,963个非编码RNA，包括62个microRNA、58个小核RNA、83个rRNA和1,760个tRNA。基于基因组数据进行的系统发育分析表明，巨蚌与牡蛎在约505.7百万年前分化演化。该基因组组装提供了重要的遗传资源，有助于深入理解巨蚌的遗传多样性及其种群结构。

09、MODMS：一个促进紫花苜蓿生物学研究的多组学数据库

题目：MODMS: a multi-omics database for facilitating biological studies on alfalfa ( Medicago sativa L.)

发表期刊：Horticulture Research

影响因子：8.7

作者单位：兰州大学

涉及的凌恩生物服务产品：数据库构建

主要研究内容：

       本文介绍了一个名为MODMS的多组学数据库，该数据库旨在整合关于苜蓿（Medicago sativa L.）的多种参考基因组、注释、比较基因组学、转录组学、高质量基因组变异、蛋白质组学和代谢组学数据，以促进苜蓿遗传研究和提高苜蓿农艺性状的发展。该数据库提供了多个方便工具和广泛的多组学数据资源，为研究人员提供便利，并有助于扩展苜蓿研究。