文章目录
- 一、MS中画出分子结构
- 二、根据OPLSAA力场文件设置原子力场
- 1. OPLSAA力场
- 2. 根据OPLSAA力场中的原子质量进行检查
- 3. 在MS中设置为对应的原子编号
- 三、转换为Lammps可以读取的Data文件
- 四、采用Moltemplate自带工具生成Lt文件
- 1. 生成LT文件
- 2. LT文件结构
- 五、引入OPLSAA力场并运行Moltemplate
- 1. 运行Moltemplate
- 2. 生成对应的力场文件
一、MS中画出分子结构
在MS中画出自己需要的分子结构。当然也可以从其他渠道获得PDB文件，读取到MS中。
二、根据OPLSAA力场文件设置原子力场
1. OPLSAA力场
我们可以看到OPLSAA力场文件中，每一种原子对应以数字为编号的TYPE。我们根据自己的原子结构找到对应的TYPE编号。
OPLSAA文件下载
链接：请点击
提取码：1x9o
2. 根据OPLSAA力场中的原子质量进行检查
3. 在MS中设置为对应的原子编号
三、转换为Lammps可以读取的Data文件
这里采用Lammps目录下的小程序： . / l a m m p s / t o o l s / m s i 2 l m p . e x e \rm ./lammps/tools/msi2lmp.exe ./lammps/tools/msi2lmp.exe
根据手册执行命令，这里不再赘述 （注意，测试的data文件为
t
e
s
t
.
d
a
t
a
\rm test.data
test.data）
四、采用Moltemplate自带工具生成Lt文件
1. 生成LT文件
Moltemplate官网链接
手册中
P
64
P64
P64 页给出了详细介绍
所以这里我们直接运行就行：（再次注意这里的只需要我们刚才生成的
t
e
s
t
.
d
a
t
a
\rm test.data
test.data 文件）
2. LT文件结构
运行后生成 对应的
L
T
\rm LT
LT 文件：
M
o
l
.
l
t
\rm Mol.lt
Mol.lt
五、引入OPLSAA力场并运行Moltemplate
1. 运行Moltemplate
Moltemplate.sh system.lt
2. 生成对应的力场文件
