FADE软件参考文献
参考文献：片段化酶诱导的双链伪影的表征和缓解 - PMC (nih.gov)
文献提供的酶切产生的错误识别和去除软件FADE：软件git地址
文献补充材料图：由酶切产生的人工错误序列的碱基质量值偏高，相对其他softclip的质量值。
FADE软件下载
下载linux版FADE
wget https://github.com/blachlylab/fade/releases/download/v0.6.0/fade.many-linux-x86_64.tar.gz
软件使用
./fade annotate ${yourbam} > anno.bam # 先增加bam注释
./fade stats anno.bam > stats.out # 统计是否是artifact softclip(包含比对信息）
./fade stats-clip anno.bam > stats-clip.out # 统计是否是artifact softclip（质量值和是否是artifact)
stats-clip.out结果文件示例：
| qname | sc_q_scores | sc_seq | sc_avg_bq | avg_bq | art_status |
|---|---|---|---|---|---|
| A1:2:3:4 | F,FF,:F:F,FFFFFFF | TCGGGCCGGTCGTCTTT | 31.4444 | 31.8671 | false |
| A1:2:3:5 | F,FF,:F:F,FFFF::F:FF:F | TCGGGTTCGTGACCTCAGCGGC | 31.4444 | 31.8671 | ture |
各列说明：
| 表头名 | 说明 |
|---|---|
| qname | read名称 |
| sc_q_scores | softclip序列质量值 |
| sc_seq | softclip序列 |
| sc_avg_bq | softclip序列质量值均值 |
| avg_bq | 序列的质量值均值 |
| art_status | softclip是否是artifact [value: true/false] |
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