一、基于DeepSlice的切片配准

• 中文翻译：DeepSlice: 快速全自动配准小鼠脑成像到体积图谱
• 论文地址：DeepSlice: rapid fully automatic registration of mouse brain imaging to a volumetric atlas
• github源码：https://github.com/PolarBean/DeepSlice
• web界面：https://www.deepslice.com.au/

1.1、研究现状

当前现状

• 精准配准的难易程度：依赖于专业知识，需要具备神经解剖学知识；
• 现有工具的使用条件：大数据的图像处理、高水平的编程能力、高耗时的脑区处理。
• 卷积神经网络CNN：在影像数据的自动分析（包括细胞组织学和姿态估计）中显示出了巨大的前景，但目前还没有用于将切片组织配准到体积图谱的等效工具。

基于上述问题，论文提出了将冠状小鼠的脑切片自动向CCF对齐的深度神经网络（DeepSlice）。

1.2、网络模型（DeepSlice）

• DeepSlice是一个构建在 Xception 基础上的CNN模型，通过移除 Xception 最后一层的Softmax，并替换为2个Dense层 + 1个全连接层。

Xception简介

• 是一种深度卷积神经网络，由Google于2017年提出。Xception是由 “Extreme Inception” 衍生而来，表示对 Inception 架构进行极端的改进。
• Xception在Inception架构的基础上进行改进，引入深度可分离卷积来增强网络性能，将卷积操作拆分为深度卷积和逐点卷积两个步骤的结构，并在一定程度上减少了参数数量
• Xception基于Keras深度学习框架，大约有2100万个可训练参数，在ImageNet数据集上具有高性能。
• 输入图像均采用灰度化处理，并自动降采样到固定尺度：299 x 299像素。

• DeepSlice调用（在ImageNet数据集上的预训练模型）Xception进行微调。
  • DeepSlice模型参数：使用MSE均方误差损失函数和Adam优化器进行模型优化。初始学习率=0.001，batch_size=8。
  • DeepSlice模型微调：初始冻结Xception的所有层，训练随机初始化的Dense层，然后迭代解冻，直到整个模型解冻。
  • 在 RTX 2080 Ti 工作站上大约需要训练3~4天才能达到收敛。

全连接层由9个具有线性激活函数的输出神经元组成。通过分析冠状小鼠脑图像，并预测与图像的三个角坐标对应的输出向量(Oxyz, Uxyz, Vxyz) = [ox, oy, oz, ux, uy, uz, vx, vy, vz]

数据集下载链接：使用来自艾伦脑科学研究所（Allen Institute for Brain Science）提供的冠状小鼠脑切片，该数据集已经与CCF对齐。

• 阶段一（效果较差）：IHC + FISH + Nissl + ISH + BDA + S2P
  • 来自艾伦数据库的 131k 张切片
• 阶段二（增强训练）：S2P + Synthetic Nissl + Synthetic S2P
  • 来自艾伦连接图谱的 443k 张切片

• IHC: 免疫组织化学：用于检测组织中蛋白质表达的技术。通过使用抗体来标记特定的蛋白质，从而在组织切片中可视化这些蛋白质的分布。
• FISH: 荧光原位杂交：用于检测DNA序列的技术。通过使用荧光标记的探针来结合目标DNA，从而在细胞或组织中可视化特定基因的位置。
• Nissl: 尼氏染色：用于染色神经组织的技术，通常用于显示神经元和神经胶质细胞的分布和形态。
• ISH: 原位杂交：检测RNA序列的技术。类似于FISH，但通常用于检测特定基因的mRNA。
• BDA: 生物素-蛋白质-抗生素复合物追踪：用于神经追踪的技术，通过注射生物素标记的物质来标记和追踪神经通路。
• S2P: 拉曼光谱图像：用于获得样本中化学成分信息的技术，通过使用拉曼光谱技术来获得高分辨率的化学图像。
• Synthetic Nissl（合成尼氏染色）： 通过模型或计算方法合成的类似于尼氏染色的图像，而不是通过实际的尼氏染色技术获得的图像。
• Synthetic S2P（合成拉曼光谱图像）：通过模型或计算方法合成的拉曼光谱图像，而不是通过实际的拉曼光谱技术获得的图像。

1.3、优化策略

1.3.1、开发了一个基准数据集（GT）

主要原因：用于训练的数据缺乏 “地面真相” 的注册数据集。
（1）Allen组织学数据集很大，由不同染色技术获取。
（2）在阶段一图像中，除了S2P数据集具有高度精确配准，其余均容易出现撕裂、气泡和变形。

优化策略：
开发了一个基准数据集，由来自不同实验室的、使用常见染色技术处理的、7个小鼠大脑的305个切片组成。

• 使用 QuickNII 工具分别对7个脑进行手动注册：3名新手（本科生）、2名中级研究人员（研究生）、2名神经解剖学专家（具有十年经验）。
  • allen2quicknii.py 脚本：用于通过 Allen Institute 的 API 下载神经影像数据集，并将其转换为 QuickNII 工具所需的 XML 文件格式。
• 模型训练：随机指定3个大脑作为验证，4个大脑作为测试。

1.3.2、构建了阶段二的训练数据集（增强训练）

主要原因：在阶段一训练时，由于部分数据集的不对齐，导致模型的准确性较差。

优化策略：
（1）构建第二个训练数据集：S2P、合成Nissl、合成S2P。 Qslicer工具：用于合成数据集（Qslicer.zip=1.1GB）
（2）经验证，S2P配准精确高，因此分别在两个训练阶段都加入了S2P。

1.3.3、角度集成 + 切割索引（论文核心）

• 角度集成（Angle Integration，AI）：由于连续切割的大脑切片时具有相同的切割角度的，因此需要将数据集中所有切片的（背腹侧和中外侧）的切割角度进行归一化，使其生成的角度等于预测的平均值。
• 切割索引（cutting index metadata，CI）：表示切片的切割顺序，在一个图像文件的元数据中，以文件名显示：slice1、slice2…。通过加权CI调整切片间的间距，提高了预测精度。

• 角度集成AI：所有组织切片都来源于冠状小鼠，但若在冠状面的连续切割中出现角度不一致，如AI左侧图中的线条表达的是矢状面的切割角度。
• 切割索引CI：如CI左侧图中的线条表达的是矢状面的切割角度（均匀），但每个切割索引的位置不均为。如：060+055+050的间距是5，070+060的间距也是5，但是在图像中的位置都是5。

图形化理解：背腹侧 + 中外侧

1.4、配准结果展示

整体的配准效果还是很不错的，但是在细节上的精度不佳。

1.4.1、必读信息

由于博主精通Elastic图像配准，可能是有一些先入为主的观念，故一直都不能理解：为什么DeepSlice模型只预测了图像的9个角坐标就可以实现图像配准？？？

经过对论文和源码的反复阅读，深入研究，终于领悟其中的要点。
总结如下：

• （总结1）论文中的全部数据集均与CCF对齐（训练+测试）：这意味着输入图像与Atlas模板都是标准化图像，区别只在于输入图像与Atlas模板存在角度不对齐问题。 该操作是DeepSlice模型的必要条件
• （总结2）使用DeepSlice模型训练9个角坐标（用于矫正输入图像与Atlas模板的角度偏差），然后使用角坐标对Atlas进行 " 角度集成 " （目前只支持背腹侧与中外侧的角度矫正） 。即：将Atlas模板在9个角坐标的基础上进行反角度变换，使其与输入图像对齐。
• （总结3）" 加权 - 切割索引 " ：根据输入图像的文件名称（切片编号），在Atlas模板中索引相匹配的帧图像。 该操作同样验证了总结1
  • 加权表示只是作为辅助选项，训练模型具有自主能力。
  • （实际操作的结果显示）：将文件名 slice197 修改为 slice007，输出仍是与slice197对应的Atlas模板。

1.4.2、适用范围

• 训练数据全部来自艾伦脑科学研究所提供的均已经与CCF对齐的数据集，用于与Atlas对齐。
  • 故对于非标准化图像的效果待评估（理论上不支持）
• DeepSlice调用Xception在ImageNet数据集上的预训练模型进行微调。故输入图像均采用灰度化处理，并自动降采样到固定尺度 299 x 299 像素。
  • 因此使用高分辨率图像并不会带来优势，反而会增加处理时间。
• 只适用于冠状面切片，未来将发布一个矢状面和横段面的切片组织学。
• 依赖于视觉线索来确定位置。亮度+对比度敏感，且对遮挡组织、畸形组织的表现不佳。
• 核心优势在于角度集成、加权 - 切割索引：对于单帧图像的配准较差。为了获取最佳效果，每批最少使用10-20个切片。

1.4.2、论文结论 + 个人看法

论文结论	个人看法
可靠地（只适用于冠状切片）	整体的配准效果不错，但在细节上的精度不佳。
论文摘要：速度提高了1000倍以上（人工标记需要几个小时，而DeepSlice只需要秒级）	只和人工标记比较，有些噱头。
与切片配准算法相比，能够泛化不同的成像模式和染色类型	阶段一 + 阶段二（虽然输入图像的类型较多，但除了S2P具有高精度，其余都很差）
不需要图像预处理或编码能力	深度学习的天生优势

二、环境配置

2.1、无需安装的Web应用

若想使用 DeepSlice 但不想安装，请查看 DeepSlice Flask，这是一个功能齐全的 Web 应用程序，它允许您上传数据集并下载对齐的结果。Web 界面由Michael Pegios开发。

2.2、项目安装

2.2.1、创建虚拟环境

【Python虚拟环境】创建 + 激活 + 查看 + 退出 + 复制 + 删除

2.2.2、配置相关环境

【深度学习环境配置】Anaconda +Pycharm + CUDA +cuDNN + Pytorch + Opencv（资源已上传）

# Install the required packages
pip install numpy
pip install Python==3.7
pip install scikit-learn
pip install scikit-image
pip install tensorflow==1.15.0
pip install h5py==2.10.0
pip install typing
pip install pandas==1.3.5
pip install requests
pip install protobuf==3.20
pip install lxml

详细请看官网介绍：https://github.com/PolarBean/DeepSlice

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通用知识

（1）CCF 和 Atlas

CCF 和 Allen 都是与神经科学和脑研究相关的工具，由艾伦脑科学研究所（Allen Institute for Brain Science）开发。

• 艾伦通用坐标框架（Allen Common Coordinate Framework，CCF）：是一个标准化的三维空间坐标框架，用于定位、比较和分析小鼠不同脑区的解剖结构。

• 艾伦脑图谱（Allen Brain Atlas）：是一个基于 CCF 的高分辨率三维脑图谱，用于理解脑区的解剖学信息、基因表达信息、功能区域的标定、神经元连接图等。

  • CCF提供一个共同的坐标系统，使研究人员能够一致地定位脑区，以便进行数据比较和整合。
  • Allen提供丰富的脑科学数据和工具，帮助研究人员深入探索小鼠脑的结构、功能以及基因表达等方面。

（2）冠状面 + 矢状面 + 横断面