MaxQuant 是一款定量蛋白质组学软件包,支持多种标记定量和无标定量的质谱数据。
1. 安装
MaxQuant
下载方式:
- 通过官网 下载,包括
andromeda
(搜索引擎)+viewer
(检查原始数据、鉴定和定量结果)。 - 通过conda下载,详见下面代码。(linux安装时推荐使用该方法)
conda create -n maxquant
conda activate maxquant
conda install -c bioconda maxquant
maxquant --help # 查看命令行参数
此外,官网还提供了Perseus
软件,用于对MaxQuant
输出进行统计分析。
2. 用法
1)命令行方式(linux)
# 生成配置文件mqpar.xml
maxquant --create mqpar.xml
2. GUI方式(windows)
双击MaxQuant.exe
,打开以下界面。
参数配置模块,具体如下。①原始数据:原始数据和实验设计的配置。②组特定参数:组参数的配置。③全局参数:全局参数配置。④性能:显示正在运行的具体步骤和动态。⑤可视化/viewer:数据可视化模块。⑥组态/Andromeda:配置修饰、酶,数据库ID规则等。
参考
MaxQuant goes Linux
2018年,作者发布了MaxQuant的linux版本(1.6.1.0)。该版本主要依赖mono
。
MaxQuant Doc
【6】蛋白质组学鉴定定量软件之MaxQuant