在denovo基因组测序中,通常会先预估基因组大小,杂合度等信息,根据基因组大小和复杂度来判断测序数据的深度,组装基因组的难易程度等。
预测基因组大小的方法主要有两种,基于Kmer频率的survey分析和基于流式细胞术(Flow Cytometry)的实验方法。
流式细胞术是一种经济高效、相对准确且快速的植物基因组大小估计的实验技术。与 DNA 定量结合的荧光染料对完整细胞核进行染色来估计 DNA 量。在木本植物中高浓度的酚类化合物,可能会导致化学计量误差。
基因组大小也可以通过 Illumina 测序数据的 k-mer 分析进行估计。许多用于生成 k-mer 频率的工具(例如,KAT 、Jellyfish)和基于 k-mer 的基因组大小估计(BBNorm 、Genomescope、FindGSE) 已开发。文章来源
1.测定原理:
2.流程:
3.方法步骤:(DOI:10.3969/j.issn.1000-2561.2021.05.005)
注意:最后将流式推测的结果和k-mer评估的结果进行对比。