生信分析-在线小工具|永久收藏

news2024/11/26 4:20:31

生信分析软件在生物信息学研究中可以帮助研究人员处理、分析和解释生物学数据，从而揭示生物学系统的结构和功能。如数据处理和格式转换、序列比对和测序数据分析、基因组注释和功能预测、基因表达分析、变异检测和遗传分析、数据可视化等软件功能都可以提高研究效率和数据解读的准确性。

目前生信分析软件有很多种，笔者总结了部分生信分析软件的主要功能及作用，帮助大家更好的选用目标分析软件，排名部分先后：

①BioXFinder国内第一个也是一个生物信息数据库，集成了BLAST、生存分析、基因ID转换等生信分析工具。汇集了核酸、蛋白、蛋白结构、代谢通路和信号通路信息，可高效的搜寻到自己想要的信息（中英双文），并且在无代码的情况下完成生信分析。

举例工具Ⅰ：生存分析图

生存分析图功能说明

研究某癌症类型中患者的生存情况

研究biomarker在癌症中的预后效果

研究不同分组之间患者的生存是否存在差异

数据输入说明

支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，以及Excel的xls格式。输入的数据共三列：

第1列（生存时间列）：如总生存期、无病生存期、无进展生存期等等，数　值为生存天数。第2列（终点事件列）：为二分类变量0或1，1对应终点事件结局（如患者死亡，疾病痊愈等）。第3列（分组信息列）：分类型数据，如男/女、抽烟/不抽烟。若想要探究的数据为连续型变量，如年龄、基因表达量、风险评分等等，需自行划分分组，如根据中位数将目标基因表达量拆分为高表达、低表达两组，将风险评分拆为高风险、低风险两组，将年龄拆分为幼年、青年、中年、老年等。

参数说明

根据自身需求选择是否需要在生存分析主图中显示风险表、删失表、置信区间、P值和中位生存时间线；每个表中的参数可根据需求选择相对应的值。

运行结果说明

横轴表示时间轴，纵轴表示生存概率。不同曲线的颜色，对应相应分组的生存曲线。经过 logrank 检验后发现 P 值 = 0.0001 < 0.05，表明不同分组的患者生存状况的差异不能用抽样误差来解释，分组因素才是导致两条曲线生存率出现差异的原因。风险表统计在不同时间段生存数量关系。删失表说明不同组在不同时间段出现死亡的数量。

输出格式说明

支持pdf、svg、jpeg、png、tif、bmp格式图像的输出。

运行任务列表说明

列出了过去7天内的任务日志，可保存7天的任务数据和任务运行结果。运行工具任务时，您可以到其他页面浏览信息，不影响后台执行任务，任务状态到完成后将在导航栏—任务列表处收到通知。

例举工具Ⅱ：基因ID转换

功能说明

帮助用户解决常见研究物种的基因ID在不同数据库之间的ID转换，并且提供基因的常见注释信息，为用户研究基因提供方便。

输入说明

文件格式：一行一个基因ID,支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式、旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。

示例：A1BG NAT1 SERPINA3

参数说明

转换物种类型：拟南芥、疟蚊、牛、秀丽线虫、狗、果蝇、斑马鱼、大肠杆菌K12菌株、大肠杆菌SaKai菌株、鸡、人、小鼠、恒河猴、黄黏球菌、黑猩猩、大鼠、酵母、猪、非洲爪蟾

输入ID类型：选择要转换的ID类型，默认可读取4种类型之一，分别是ENSEMBL(Ensembl gene ID) / SYMBOL(Gene Symbol) / ENTREZID(NCBI Entrez Gene ID) / ALIAS（Commonly used gene symbols）

注：4种ID类型的示例文件，可点击“导入示例文件”选择菜单中相应ID类型查看

是否识别列名：输入文件是否有列名

输出ID类型：可选择输出多种ID类型，可选择输出多种ID类型，下面列出所有可选的列名称。