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ECD 是 Extracellular Domain 的缩写,指的是跨膜蛋白质的细胞外部分 (膜蛋白的胞外区),通常包含一些功能性的结构域,如配体结合域、受体激活域、二聚化臂等。ECD 的结构和功能对于理解跨膜蛋白质的信号传导机制非常重要。UniProt 上对这部分结构域是有标注的。
UniProt 官网:UniProtKB
例如,磷脂转运 ATP 酶 ABCA1_HUMAN
:
在其序列中,43~639 即是胞外区,如下:
相关的蛋白质结构 PDB 是 5XJY
,即:
观察 PDB 的序列区域,如下:
select #1:43-639,1372-1656
胞外序列:
与 UniProt 官网序列一致,即:
关于 膜蛋白胞外区 (ECD) 是抗原的重要特性,需要重点关注与抗体的结合。