简介

InSilicoTEM是一个用来模拟生成冷冻电镜显微图像的软件，原论文是"Image formation modeling in cryo-electron microscopy"。
该软件基DIPImage和MATLAB开发。

（注：在GitHub上的代码，只适用于DIPImage2.9以及更早的版本。）

使用

对于主程序 simTEM，需要提供以下输入参数：

1. 试样的相互作用电位体积
2. physical和processing参数列表，通过params2结构体传入

InSilicoTEM.m 里面展示了如何设置所有的参数以及调用函数模拟TEM图像的步骤。主要考虑了specimen,microscope和detector的特性。
运行程序InSilicoTEM.m，然后依次调用parsePar(传递参数），loadSamples(加载或生成单颗粒的相互作用电势)，generateFullVolume（生成完整的specimen volume）和simTEM(模拟电子样品的相互作用，通过光学和探测器的影响传播）。

参数主要分为7个方面：

1. Processing参数（params.proc)
2. Specimen参数（params.spec）
3. electron-specimen交互参数（params.inter）
4. microscope aberrations and source incoherency (params.mic)
5. acquisition settings (params.acquis)
6. detector参数 (params.cam)
7. display参数（params.disp）
   

注：一些MTFs，Potential maps, Particle maps 和 PDBs 示例可以在子文件夹里找到。
计算由于溶剂的介电和离子性质的潜在贡献，请安装pdb2pqr和APBS。