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关于 OpenMM:
OpenMM 是用于分子动力学模拟的开源软件库,可以在不同的平台和硬件上运行,如 CPU、GPU 和 FPGA。OpenMM 提供一个高效的、灵活的和易于使用的接口,让用户可以创建和执行自定义的分子模拟。OpenMM 还支持多种流行的分子力场和积分器,以及多种文件格式和工具。OpenMM 可以与其他分子模拟软件协同工作,如 Amber、CHARMM、GROMACS 和 NAMD,或者作为一个独立的软件使用。
1. 数据库替换
建立 AlphaFold2 数据库软链接:
ln -s [target dir] [current name