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AlphaFold2 是由 DeepMind 开发,可以根据蛋白质的氨基酸序列预测其三维结构,准确度经常可以与实验相媲美。DeepMind 和 EMBL 的欧洲生物信息学研究所合作,创建AlphaFold DB,免费向科学界提供这些预测结果。最新的数据库版本,包含了超过 200 万种蛋白质的结构预测,涵盖人类和其他 20 多种物种的蛋白质组。AlphaFold2 的核心是基于神经网络的计算模型,结合了蛋白质的物理和生物学知识,利用多序列比对(MSA)所设计出的深度学习算法。
1. Docker 环境
命令如下:
# 启动 nvidia-docker 环境
nvidia-docker run -it --name [docker-name] -v