上篇笔记简单介绍了Brainstorm，本次使用Brainstorm绘制功能连接图。而对于连接矩阵，软件中有几种方法：相关、相干、双变量格兰杰因果关系、相位锁相值、包络相关、相位转移熵。

首先，对数据进行预处理，保存为.set，在Brainstorm中创建Protocol以及Subject，然后进行源定位估计。这在上篇文中已经完成；

然后， 将源结果拖拽到下方process中，点击左下方RUN：

我们以相关和相干为例，进行功能连接画图：

相关：

在弹出界面，点击设置 -> Connectivity -> Correlation N×N：

设置参数 （具体参数需求根据实验进行修改，可参考官网具体介绍），点击Run：
Use scouts：可设置不同脑分区；
Scount function：要选择before、Mean；
PCA options：点击Edit可修改里面参数，点击OK；

在结果中（Corr：），点击右键 -> Display as graph：

图形上，右键可设置显示参数：如标签显示，节点大小，图片保存等。鼠标可放缩图形，按shift键+鼠标，可移动图性，找到关注脑区

主界面，右侧可设置连接的参数：

在结果中（Corr：），点击右键 -> Display as image ，在图上，右键，可设置显示参数；

相干

点击左下方RUN，在弹出界面，点击设置 -> Connectivity -> Coherence N×N：

参数设置：连接矩阵、时频分解多种方法可供选择；

其中：Options：点击Edit，进行设置，点击OK（不设置会报错）；
Highest frequency of interest：设置的结果 ≤ 采样率/2;

结果图：

注：在官网中，参数都有具体介绍，可进行学习。
https://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Tutorials/Connectivity