in <module> from PyQt5.QtGui import QPixmap, QFont, QIcon ImportError: libGL.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

这个错误信息表示XXXX 在启动时遇到问题，缺少 libGL.so.1 文件。libGL.so.1 是与 OpenGL 图形库相关的共享库，通常用于渲染图形界面。这个问题可能是因为缺少 OpenGL 库或图形驱动支持。

解决方案：

1. 安装 OpenGL 库

你需要安装 OpenGL 库，具体来说，缺少的是 libGL.so.1。在 Ubuntu 或 Debian 系统上，可以使用以下命令安装所需的 OpenGL 库：

sudo apt-get update
sudo apt-get install libgl1-mesa-glx

或者，你也可以尝试安装 libglvnd（通用 OpenGL 驱动）：

sudo apt-get install libglvnd0

2. 安装 Mesa（OpenGL 实现）

在一些系统上，libGL.so.1 可能是 Mesa OpenGL 实现的一部分。你可以安装 Mesa 库来解决这个问题：

sudo apt-get install mesa-utils

3. 检查库文件是否已安装

安装完库后，你可以通过以下命令来确认 libGL.so.1 是否已经安装：

locate libGL.so.1

如果文件存在，输出会显示该库的路径。如果没有显示任何内容，表示该库尚未安装，继续安装相关的 OpenGL 库。

4. 安装与显卡驱动相关的库

如果你的系统使用 NVIDIA 或 AMD 显卡，确保你已安装相应的显卡驱动。对于 NVIDIA 用户，可以使用以下命令安装 NVIDIA 驱动：

sudo apt-get install nvidia-driver

安装显卡驱动后，系统应能正确加载 OpenGL 库。

5. 使用 Conda 安装 OpenGL

如果你在 Conda 环境 中运行 PhyloSuite，你也可以通过 Conda 安装 libGL：

conda install -c conda-forge libgl

6. 检查 PyQt5 依赖

由于错误涉及到 PyQt5，确保你的 PyQt5 安装正确，并且没有缺少依赖。你可以通过以下命令更新 PyQt5：

pip install --upgrade pyqt5

小结：

1. 安装 OpenGL 库：sudo apt-get install libgl1-mesa-glx 或 sudo apt-get install libglvnd0。
2. 安装 Mesa 工具：sudo apt-get install mesa-utils。
3. 检查是否存在 libGL.so.1 文件：locate libGL.so.1。
4. 如果你使用 Conda，尝试 conda install -c conda-forge libgl 来安装 OpenGL 库。
5. 更新或重新安装 PyQt5：pip install --upgrade pyqt5。

通过这些步骤，应该能够解决 libGL.so.1 缺失的问题。从而顺利运行！