组织空转数据（人类+小鼠）

news2024/12/17 8:34:08

空间转录组（Spatial Transcriptomics）是一种新兴的高通量基因组学技术，它允许我们在组织切片中同时获取基因表达信息和细胞的空间位置信息。其可以帮助我们更好地理解细胞在组织中的空间分布和相互作用，揭示组织发育、器官功能和疾病进程中的细胞异质性和空间异质性。此外，空间转录组还可以为精准医学、个体化治疗和药物研发提供重要的信息，帮助我们理解药物在组织内的作用机制以及治疗效果的影响因素。

可以看见：空转涉及的关键词是——》组织、细胞&空间异质性

可以说基本上和我做的没有太大关系，其实看了很多高分文章中的空转，分析涉及都是组织层面，cancer等居多，华而不实，真要做机制其实水平不会扩大到组织层面，所以本科的时候觉得单细胞多组学和空转有多炫有多fancy，现在真要做生物了其实作为生信研究人员还是要踏实下来，有个更好的生信落地背景

其实就是分析的内容太过于宏观了，而高分CNS文章一般都是稳扎稳打做基础机制细节的为多，宏观的内容分析一般都是堆数据的

参考：

https://mp.weixin.qq.com/s/2K2IpNhu0VbkfuAx7_lgzw

参考：

https://mp.weixin.qq.com/s/nS31d4A1kRUxgVs0ZKUIcg

https://mp.weixin.qq.com/s/Ac4ABAiUMnhhKwrFgbNvWQ

human：

组织分类研究方向DOIJournalIF分区年份
心发育DOI： 10.1038/s41587-023-01918-1Nat Biotechnol33.112023
肝
肝癌中肝星状细胞DOI： 10.1016/j.canlet.2024.217243Cancer Lett9.112024
肝癌相关成纤维细胞DOI： 10.7150/thno.99046Theranostics12.412024
肝再生DOI: 10.1016/j.stem.2024.01.013Cell Stem Cell19.812024
肺特发性肺纤维DOI： 10.1126/sciadv.adl5473Sci Adv11.712024
肾
肾上腺稳态DOI： 10.1002/ctm2.1798Clin Transl Med7.912024
DOI： 10.1016/j.cmet.2024.02.015Cell Metab27.712024
肾脏再生DOI： 10.1038/s41467-024-51186-zNat Commun14.712024
DOI： 10.1038/s41586-023-05769-3Nature50.512023
胃胃癌相关B细胞DOI： 10.1186/s12967-024-05606-9J Transl Med6.122024
脑
代谢异质性DOI： 10.1016/j.xcrm.2023.101057Cell Rep Med11.712023
阿尔兹海默病DOI： 10.1038/s41467-024-49133-zNat Commun14.712024
胸腺 DOI： 10.1038/s41467-024-51767-yNat Commun14.712024
胰腺发育DOI： 10.1016/j.cmet.2022.11.009Cell Metab27.712023
皮肤炎症性皮肤病DOI： 10.1038/s41467-022-35319-wNat Commun16.612022
膀胱间质性膀胱炎DOI： 10.1038/s41392-022-00962-8Signal Transduct Target Ther39.312022
代谢糖尿病足溃疡DOI： 10.1038/s41467-021-27801-8Nat Commun16.612022
肿瘤

胃癌DOI： 10.1053/j.gastro.2024.08.007Gastroenterology25.712024
胃癌DOI： 10.1016/j.ccell.2023.10.004Cancer Cell48.812023
宫颈癌DOI： 10.1002/advs.202203040Adv Sci15.112022
胶质母细胞瘤DOI： 10.1172/JCI147087J Clin Invest13.312023
肺腺癌DOI： 10.1038/s12276-022-00896-9Exp Mol Med12.722022
黑色素瘤DOI： 10.1016/j.xcrm.2024.101606Cell Rep Med11.712024
三阴性乳腺癌DOI： 10.1158/0008-5472.CAN-22-2682Cancer Res12.512023
胰腺癌DOI： 10.1186/s13073-024-01287-7Genome Med10.412024
直肠癌DOI： 10.1016/j.xcrm.2023.101231Cell Rep Med11.712023
乳腺癌DOI： 10.1186/s13045-022-01236-0J Hematol Oncol28.512022
小细胞肺癌DOI： 10.1002/advs.202402716Adv Sci14.312024
B细胞淋巴瘤DOI： 10.1038/s41467-024-46220-zNat Commun14.712024
结肠癌DOI： 10.1016/j.xcrm.2024.101589Cell Rep Med11.712024
骨肉瘤DOI： 10.1186/s13045-024-01598-7J Hematol Oncol29.512024
口腔鳞状细胞癌DOI： 10.1002/advs.202306515Adv Sci14.312024
前列腺癌DOI： 10.1038/s41467-023-36325-2Nat Commun14.712023
EGFR突变肺癌DOI： 10.1038/s41419-024-06940-yCell Death Dis8.112024
肝癌中成纤维细胞DOI： 10.1186/s13073-024-01367-8Genome Med10.412024
脊索瘤DOI：10.1093/neuonc/noad03Neuro Oncol16.412024
膀胱癌中肿瘤异质性DOI： 10.1002/ctm2.1338Clin Transl Med7.912023
结直肠癌中HLA-G+癌细胞和SPP1+ 巨噬细胞的细胞…DOI： 10.1016/j.celrep.2022.111929Cell Rep7.512023
其它结节病肉芽肿DOI： 10.1016/j.immuni.2023.01.014Immunity25.512023
脊髓DOI： 10.7554/eLife.92046Elife6.412024
胚胎发育DOI： 10.1038/s41587-023-01918-1Nat Biotechnol17.312023
肾上腺DOI： 10.1016/j.molmet.2024.101954Mol Metab7.022024
牙龈DOI： 10.1007/s11427-023-2467-1Sci China Life Sci8.022024
骨骼肌DOI： 10.1016/j.celrep.2022.111861Cell Rep8.812022
纹状体神经元DOI： 10.1038/s41467-024-50414-wNat Commun14.712024
前列腺增生DOI： 10.1186/s12967-024-05212-9J Transl Med6.122024
子宫内膜DOI： 10.1038/s41588-024-01873-wNat Genet31.712024
骨肉瘤淋巴结DOI： 10.1186/s12916-024-03319-wBMC Med7.012024

mouse：

组织分类研究方向DOIJournalIFJCR分区年份
肝
宿主-病原体相互作用DOI：10.1038/s41467-024-51418-2Nat Commun14.712024
肝脏巨噬细胞DOI： 10.1016/j.cell.2021.12.018Cell64.512022
肝癌相关IL34+成纤维细胞DOI： 10.1038/s41698-023-00483-9NPJ Precis Oncol6.812023
肝脏分区DOI： 10.1038/s41467-021-27354-wNat Commun17.612021
衰老DOI： 10.1038/s43587-023-00513-yNat Aging17.012023
缺血再灌注DOI： 10.1038/s42003-023-04564-0Commun Biol5.212023
肺
巨噬细胞与内皮细胞DOI： 10.1016/j.jhazmat.2023.132733J Hazard Mater12.212024
肺纤维化DOI： 10.1038/s41588-024-01819-2Nat Genet31.712024
肾
急性肾损伤DOI： 10.1681/ASN.2021081150J Am Soc Nephrol13.612022
肾损伤中的上皮细胞串扰DOI： 10.1172/jci.insight.147703JCI Insight9.512021
肾脏再生DOI： 10.1038/s41467-024-51186-zNat Commun14.712024
肠肠道损伤DOI： 10.1038/s41467-022-28497-0Nat Commun16.612022
脑
星形
胶质细胞		DOI：10.1038/s41467-024-45821-yNat Commun14.712024
阿尔兹海默病DOI： 10.1016/j.gendis.2024.101337Genes Dis6.922024
衰老DOI： 10.1111/acel.14109Aging Cell8.012024
海马体DOI： 10.1038/s41467-023-41715-7Nat Commun14.712023
帕金森病DOI： 10.3390/ijms24031810Int J Mol Sci4.922023
DOI： 10.1016/j.cels.2021.09.004Cell Syst9.212022
DOI： 10.1038/s41593-022-01011-xNat Neurosci24.912022
前额叶皮层DOI： 10.1038/s41593-023-01455-9Nat Neurosci21.212023
衰老DOI： 10.1016/j.cell.2022.12.010Cell45.512023
DOI： 10.1038/s41586-023-06818-7Nature50.512023
胰腺胰腺炎DOI： 10.1007/s00109-024-02460-6J Mol Med 4.832024
生殖
海绵体DOI： 10.1016/j.celrep.2024.114760Cell Rep7.512024
精子成熟DOI： 10.1016/j.celrep.2021.109915Cell Rep10.012021
杂髓核祖细胞DOI： 10.1002/advs.202303752Adv Sci14.312024
器官发生DOI： 10.1038/s41467-023-40155-7Nat Commun14.712023
骨折关节DOI： 10.1172/jci.insight.176802JCI Insight6.312024
骨髓DOI： 10.1038/s41413-023-00298-1Bone Res14.312023
脊髓发育DOI：10.1242/dev.173807Development5.622019
间充质干细胞DOI：10.1002/advs.202310282Adv Sci14.312024
中枢神经系统DOI： 10.1038/s41586-023-06569-5Nature50.512023
组织克隆异质性DOI： 10.1038/s41586-021-04217-4Nature69.512022
胚胎发育DOI：10.1126/science.abb9536Science63.812021
神经系统DOI：10.1016/j.cell.2018.06.021Cell36.212018
肌营养不良DOI： 10.1038/s41467-023-40555-9Nat Commun14.712023
运动皮层DOI： 10.1038/s41586-021-03705-xNature50.512021
视网膜DOI： 10.1038/s41467-023-40674-3Nat Commun14.712023
肿瘤
肝癌中巨噬细胞DOI： 10.1016/j.cell.2020.08.040Cell41.512020
肿瘤微环境DOI： 10.1038/s41588-022-01141-9Nat Genet30.712022
异质性DOI： 10.1186/s12943-024-02062-3Mol Cancer27.712024
骨肉瘤淋巴结DOI： 10.1186/s12916-024-03319-wBMC Med7.012024
乳腺癌相关纤维组织DOI： 10.1038/s41467-018-07582-3Nat Commun11.812018

顶多做脑、脑肿瘤相关，看是否能与相应分析结合起来，以及看相关的gene

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