0x01 如何安装R包

一、通过R 内置函数安装（常用）

1.安装CRAN的R包

install.packages()是一个用于安装 R 包的重要函数。

语法：install.packages(pkgs, repos = getOption("repos"),...)

其中：
pkgs：要安装的包的名称，可以是单个包名的字符向量，也可以是多个包名组成的字符向量。例如，install.packages("ggplot2")安装名为ggplot2的包；install.packages(c("dplyr","tidyr"))同时安装dplyr和tidyr两个包。

repos：指定安装包的存储库地址。默认情况下，使用getOption("repos")获取的地址，通常是 CRAN（Comprehensive R Archive Network）。你也可以指定其他存储库地址，比如特定的镜像站点或本地存储库。

2.安装Bioconductor的R包

BiocManager::install()是用于安装 Bioconductor 包的函数。

这个函数允许用户方便地从 Bioconductor 存储库安装各种生物信息学相关的 R 包。例如，要安装DESeq2包用于差异表达分析，可以使用BiocManager::install("DESeq2")；也可以进行多个包的安装，例如，BiocManager::install(c("edgeR","limma"))将同时安装edgeR和limma两个包。
它会自动下载并安装指定的包以及其所需的依赖项，确保安装过程顺利进行。

3.安装GitHub的R包

3.1 使用devtools包安装
3.1.1 安装devtools包：
如果还没有安装devtools包，可以使用以下代码进行安装：

   install.packages("devtools")

3.1.2 使用devtools安装 GitHub 包：
假设要安装 GitHub 上名为 “author/repo” 的包，可以使用以下代码：

   devtools::install_github("author/repo")

其中 “author” 是 GitHub 用户名，“repo” 是仓库名称。例如，要安装tidyverse团队的ggplot2开发版本，可以使用devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")。
3.2 使用remotes包安装
3.2.1 安装remotes包：
如果还没有安装remotes包，可以使用以下代码进行安装：

   install.packages("remotes")

3.2.2 使用remotes安装 GitHub 包：
类似于devtools，可以使用以下代码安装 GitHub 上的包：

   remotes::install_github("author/repo")

二、通过图形界面安装

R

在R中，可以通过菜单“程序包”>“安装程序包”，然后选择相应的CRAN镜像源，选择要安装的R包，点击确定进行安装。
在“程序包”菜单中，也可以更改设定CRAN镜像源以及选择软件库。

RStudio

在 RStudio 中，可以通过菜单 “Tools”（工具）>“Install Packages”（安装包）打开安装包对话框。在对话框中输入要安装的包的名称，选择合适的安装源（如 CRAN），然后点击 “Install”（安装）按钮即可。

三、通过本地文件安装

如果在没有网络连接或者网络连接不稳定异常的情况下，可以选择安装本地已有的R包，或者安装其它的R包，如果未更新或者只提供了源码，也可以利用类似的方法。
我们可以打开官网清华镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/，点击左侧的Packages，再从右边选择Table of available packages, sorted by name（按名称排序）。

然后根据开头字母来寻找我们需要下载的R包。

点击我们需要下载的R包，在新的页面根据需求下载我们所需要的R包以及查看帮助文档。

除此之外，我们也可以通过GitHub等其它的方式进行下载R包，这里不做过多演示。

下载了R包的压缩文件（通常是.tar.gz，.zip格式），可以使用install.packages()函数并指定本地文件的路径来安装。例如：

install.packages("path/to/package_file.tar.gz", repos = NULL)

其中，path/to/package_file.tar.gz是本地包文件的路径。将repos = NULL设置为不使用在线存储库，只从本地文件安装。

也可以通过图形化安装的方式进行手动安装：
1.在R中，通过菜单“程序包”>“从本地文件安装程序包”>选择要安装的R包>打开，进行安装。

2.在RStudio中，通过菜单“Tools”>“Install Packages…”>“Install from”的下拉菜单选择“Package Archive File (.zip;.tar.gz)”>“Browse”选择要安装的R包>“Install”进行安装即可。

0x02 如何加载R包

通常使用：library(package_name)来加载R包，另外还有几种其他的方式加载，具体方式查看帮助文档。

0x03 如何查看已安装的R包

方法一

.packages(all.available = TRUE)返回一个字符向量，包含所有已安装的包的名称。
示例代码：

installed_packages <-.packages(all.available = TRUE)
print(installed_packages)

方法二

installed.packages()这个函数返回一个数据框，包含已安装包的详细信息，如包名、版本、依赖关系等。
示例代码：

installed_info <- installed.packages()
print(installed_info)

search()函数则主要用于显示当前加载的包的搜索路径。

0x04 如何查看帮助文档

在R语言中通常用help()函数和?操作符用于获取关于 R 函数、数据集或其他对象的帮助信息。

一、使用方法

1.help(function_name)：
例如，help(sum)将显示关于sum函数的帮助文档。
可以用这种方式获取任何已安装包中的函数的帮助信息，只要提供正确的函数名称。
2.?function_name：
与help(function_name)作用相同。例如，?mean将显示关于mean函数的帮助文档。

二、帮助文档内容

帮助文档通常包含以下信息：
1.函数描述：简要介绍函数的用途。
2.用法：展示函数的语法和参数说明。
3.参数：详细解释每个参数的含义、取值范围和默认值。
4.返回值：说明函数返回的结果类型和含义。
5.示例：提供一些使用该函数的示例代码，帮助用户更好地理解如何使用函数。
6.相关函数：列出与该函数相关的其他函数，以便用户进一步探索和扩展使用。

三、获取特定包中函数的帮助

如果要获取特定包中的函数的帮助，可以使用以下格式：

help(package = "package_name", topic = "function_name")

例如，要获取ggplot2包中geom_point函数的帮助，可以使用：

help(package = "ggplot2", topic = "geom_point")

或者使用以下快捷方式：

?ggplot2::geom_point

四、其他用途

除了获取函数的帮助，help()函数还可以用于获取关于数据集的信息：

help("dataset_name")

例如，help("mtcars")将显示关于mtcars数据集的帮助文档，包括数据集的来源、变量说明等信息。
总之，help()函数和?操作符是学习和使用 R 语言的重要工具，它们可以帮助用户快速了解函数的用法和参数，提高编程效率。

五、help()和？的区别

在 R 语言中，help()函数和?操作符都用于获取帮助信息，但它们在使用上有一些细微的区别。

相同点

功能目的相同：
两者都是为了获取关于 R 函数、数据集或其他对象的帮助文档。无论是使用help()还是?，都可以快速了解特定对象的用法、参数说明、示例等信息，帮助用户更好地理解和使用 R 语言的各种功能。

不同点

1.语法形式：
help()是一个函数，需要将对象名称作为参数传入，例如help(sum)。
?是一个操作符，直接跟在对象名称后面，例如?mean。

2.使用场景灵活性：
help()函数可以在更复杂的表达式中使用，例如可以将对象名称存储在变量中，然后通过变量作为参数传递给help()函数。例如：

   func_name <- "sum"
   help(func_name)

?操作符在这种情况下使用起来相对不太方便，因为它不能直接与变量一起使用。

3.可读性：
?操作符在代码中看起来更加简洁直观，特别是当你只是快速查看某个特定对象的帮助时。例如，在阅读代码时，?ggplot2::geom_point比help(package = "ggplot2", topic = "geom_point")更容易理解其目的是获取关于ggplot2包中geom_point函数的帮助。

4.与其他函数结合使用：
help()函数可以与其他函数结合使用，例如在循环中批量获取多个对象的帮助信息。而?操作符在这种情况下不太容易实现类似的功能。

总之，help()函数和?操作符在 R 语言中都非常有用，选择使用哪种方式主要取决于个人的编程习惯和具体的使用场景。如果追求简洁直观，?操作符是一个不错的选择；如果需要在更复杂的表达式中获取帮助信息，或者需要与其他函数结合使用，help()函数可能更合适。