生信初学者教程(二十二):Boruta+RF筛选候选标记物

news2024/11/18 1:04:09

文章目录

    • 介绍
    • 加载R包
    • 导入数据
    • 准备数据
    • 机器学习特征筛选
      • 数据分割
      • 基础模型
      • Boruta特征筛选
      • 调参
      • 最终分类模型
      • 测试集验证
    • 标记基因
    • 输出结果
    • 总结

介绍

在这里插入图片描述

采用了Boruta结合 RF(Random Forest) 的方法,对差异基因(参考 @sec-different-limma) 进行了特征筛选。通过这种方法,能够从大量的候选基因中识别出与特定生物过程或疾病状态最为相关的关键基因。筛选出的这些重要基因不仅具有统计学上的显著性,而且在实际应用中具有较高的预测能力。这些经过Boruta+RF筛选的重要基因将被用于后续的生物信息学分析、疾病机制探究以及潜在治疗靶点的识别等研究中,以期进一步推动相关领域的科学进展。

版权归生信学习者所有,禁止商业和盗版使用,侵权必究

加载R包

使用rm(list = ls())来清空环境中的所有变量。


library(tidyverse)
lib

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.coloradmin.cn/o/2184145.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈,一经查实,立即删除!

相关文章

你以为瀑布流布局很复杂?Vue-Waterfall让你秒变前端高手

你以为瀑布流布局很复杂?Vue-Waterfall让你秒变前端高手 Vue-Waterfall 是一个轻量级的 Vue.js 组件,专为实现灵活的瀑布流布局设计。如果你需要在页面上呈现动态、响应式的布局,那这个组件绝对能帮到你!本文将带你快速了解这个组…

推荐 uniapp 相对好用的海报生成插件

插件地址:自定义canvas样式海报 - DCloud 插件市场 兼容性也是不错的:

微软准备了 Windows 11 24H2 ISO “OOBE/BypassNRO“命令依然可用

Windows 11 24H2 可能在未来几周内开始推出。 微软已经要求 OEM 遵循新的指南准备好 Windows 11 24H2 就绪的驱动程序,并且现在已经开始准备媒体文件 (.ISO)。 OEM ISO 的链接已在微软服务器上发布。 一个标有"X23-81971_26100.1742.240906-0331.ge_release_sv…

[Python学习日记-35] Python 中的内置函数(上)

[Python学习日记-35] Python 中的内置函数(上) 简介 内置函数详解(A-E) 简介 在 Python 中有很多内置函数,例如 len(),这些函数是 Python 解释器自带的,可以直接使用。本篇将介绍 A-H 的内置函…

基于Springboot+Vue的《计算机基础》网上考试系统(含源码数据库)

1.开发环境 开发系统:Windows10/11 架构模式:MVC/前后端分离 JDK版本: Java JDK1.8 开发工具:IDEA 数据库版本: mysql5.7或8.0 数据库可视化工具: navicat 服务器: SpringBoot自带 apache tomcat 主要技术: Java,Springboot,mybatis,mysql,vue 2.视频演示地址 3.功能 系统中…

YOLOv11:重新定义实时目标检测的未来

YOLO 版本发布历史回顾 YOLO (You Only Look Once), a popular object detection and image segmentation model, was developed by Joseph Redmon and Ali Farhadi at the University of Washington. Launched in 2015, YOLO quickly gained popularity for its high speed a…

vulnhub-mrRobot靶机的测试报告

目录 一、测试环境 1、系统环境 2、使用工具/软件 二、测试目的 三、操作过程 1、信息搜集 2、渗透网页 3、Getshell 4、提权 四、结论 一、测试环境 1、系统环境 渗透机:kali2021.1(192.168.202.134) 靶 机:linux 3.13.0-55-generic #94-…

复习HTML(基础)

目录 HTML含义 HTML作用 HTML的常用元素 元素的特点 元素的分类 1 是否嵌套关系 2 是否独占一行 块元素:独占一行 行内元素:共享一行 行内元素与块级元素的转换 3是否有结束标签 常用标签 1 标题标签:有六级 我们用h1 ~h6 表…

国产化系统/鸿蒙开发足浴店收银源码-收缩左侧———未来之窗行业应用跨平台架构

一、左侧展开后 二、代码 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN"> <html> <head><title></title><meta http-equiv"Content-Type" content"text/html; charsetUTF-8"><style t…

PHP安装后Apache无法运行的问题

问题 按照网上教程php安装点击跳转教程&#xff0c;然后修改Apache的httpd.conf文件&#xff0c;本来可以运行的Apache&#xff0c;无法运行了 然后在"C:\httpd-2.4.62-240904-win64-VS17\Apache24\logs\error.log"&#xff08;就是我下载Apache的目录下的logs中&am…

查看 git log的过程中看到 :说明日志输出可能超出屏幕大小,系统进入了分页模式

在命令行提示符中&#xff0c;通常 : 表示系统等待进一步的输入。如果你在查看 git log 的过程中看到 :&#xff0c;说明日志输出可能超出屏幕大小&#xff0c;系统进入了分页模式&#xff0c;默认使用 less 命令查看内容。 此时你可以&#xff1a; 按 q 退出日志查看。按 En…

通信工程学习:什么是NFS网络文件系统

NFS&#xff1a;网络文件系统 NFS&#xff08;Network File System&#xff09;&#xff0c;即网络文件系统&#xff0c;是一种用于在计算机网络上共享文件的协议。它允许一个计算机系统通过网络将其文件和存储设备共享给其他计算机系统&#xff0c;使得这些系统可以像访问本地…

deepin 无线网络搜不到信号

搜索不到wifi信号和无法连接wifi&#xff0d;论坛&#xff0d;深度科技 (deepin.org)https://bbs.deepin.org/zh/post/218198

【含文档】基于Springboot+Vue的果蔬种植销售一体化服务平台(含源码+数据库+lw)

1.开发环境 开发系统:Windows10/11 架构模式:MVC/前后端分离 JDK版本: Java JDK1.8 开发工具:IDEA 数据库版本: mysql5.7或8.0 数据库可视化工具: navicat 服务器: SpringBoot自带 apache tomcat 主要技术: Java,Springboot,mybatis,mysql,vue 2.视频演示地址 3.功能 系统定…

前端工程化17-邂逅原生的ajax、跨域、JSONP

5、邂逅原生的ajax 5.1、什么是ajax AJAX 全称为Asynchronous Javascript And XML&#xff0c;就是异步的 JS 和 XML。通过AJAX可以在浏览器中向服务器发送异步请求&#xff0c;最大的优势&#xff1a;页面无刷新获取数据。AJAX 不是新的编程语言&#xff0c;而是一种将现有的…

将脚本编译为pyd文件

Python虽然作为一种解释性语言&#xff0c;通常是使用解释器处理脚本的方式完成工作&#xff0c;但是也具有和很多其他诸如C、C#语言等类似的方式&#xff0c;可以将.py文件编译为*.pyd文件&#xff0c;即Python动态链接库文件。 关于动态链接库的优缺点这里就不展开细说了&…

Android Studio Dolphin 中Gradle下载慢的解决方法

我用的版本Android Studio Dolphin | 2021.3.1 Patch 1 1.Gradle自身的版本下载慢 解决办法&#xff1a;修改gradle\wrapper\gradle-wrapper.properties中的distributionUrl 将https\://services.gradle.org/distributions为https\://mirrors.cloud.tencent.com/gradle dis…

【测试类文档整理】软件项目测试方案(word)

1. 引言 1.1. 编写目的 1.2. 项目背景 1.3. 读者对象 1.4. 参考资料 1.5. 术语与缩略语 2. 测试策略 2.1. 测试完成标准 2.2. 测试类型 2.2.1. 功能测试 2.2.2. 性能测试 2.2.3. 安全性与访问控制测试 2.3. 测试工具 3. 测试技术 4. 测试资源 4.1. 人员安排 4.…

查缺补漏----程序查询方式和中断方式计算题

1.程序查询方式 总结下来就是&#xff1a; 必须在外设传输完端口大小的数据时访问端口&#xff0c;以防止数据未被及时读出而丢失。 占CPU总时间&#xff1a;就是某段时间内设备用了多少时钟周期/PCU有多少个时钟周期 CPU的时钟周期数&#xff1a;就看主频&#xff0c;主频表示…

记录Mybatis分页查询排序问题: Encountered unexpected token: “and“ “AND“

通过Page.addOrder设置了字段排序 执行的时候在 com.baomidou.mybatisplus.extension.plugins.inner.PaginationInnerInterceptor#autoCountSql 方法中执行 CCJSqlParserUtil.parse Select select (Select) CCJSqlParserUtil.parse(sql);报错&#xff1a; failed to concat o…