Atom index n in position_restraints out of bounds

A common problem is placing position restraint files for multiple molecules out of order.(一个常见的问题是无序放置多个分子的位置约束文件。)Recall that a position restraint itp (page 449) file containing a [ position_restraints ] block can only
belong to the [ moleculetype ] block that contains it. For example:(回想一下，包含[ position_restraints ]块的位置约束itp（第449页）文件只能属于包含它的[ moleculetype ]块。例如：)
Further, the atom index of each [ position_restraint ] must be relative to the [ moleculetype ], not relative to the system (because the parsing has not reached [molecules] yet, there is no such concept as “system”). So you cannot use the output of a tool like genrestr (page 168) blindly (as genrestr -h warns).
此外，每个[ position_restraint ]的原子索引必须相对于[ moleculetype ]，而不是相对于系统（因为解析还没有到达[ molecules ]，所以没有“系统”这样的概念）。因此，您不能盲目地使用像genrestr（第168页）这样的工具的输出（正如genrestr-h警告的那样）。

Command line:
  gmx genrestr -h

SYNOPSIS

gmx genrestr [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.itp>]]
             [-of [<.ndx>]] [-fc <vector>] [-freeze <real>] [-[no]disre]
             [-disre_dist <real>] [-disre_frac <real>] [-disre_up2 <real>]
             [-cutoff <real>] [-[no]constr]

DESCRIPTION

gmx genrestr produces an #include file for a topology containing a list of
atom numbers and three force constants for the x-, y-, and z-direction based
on the contents of the -f file. 
# gmx genrestr为拓扑生成一个#include文件，该文件包含原子数列表以及基于-f文件内容的x、y和z方向的三个力常数。
A single isotropic force constant may be given on the command line instead of three components.
# 可以在命令行上给出单个各向同性力常数，而不是三个分量。 

WARNING: Position restraints are interactions within molecules, therefore they
must be included within the correct [ moleculetype ] block in the topology.
# 警告：位置约束是分子内的相互作用，因此它们必须包含在拓扑结构中正确的[分子类型]块内。!!!!!!
The atom indices within the [ position_restraints ] block must be within the
range of the atom indices for that molecule type. 
# [position_restracts]块内的原子索引必须在该分子类型的原子索引范围内。!!!!!!
Since the atom numbers in every moleculetype in the topology start at 1 and 
the numbers in the input file for gmx genrestr number consecutively from 1, 
gmx genrestr will only produce a useful file for the first molecule. 
# 由于拓扑结构中每个分子类型中的原子数从1开始，并且gmx genrestr输入文件中的数字从1开始连续，
# 因此gmx genrestr将只为第一个分子生成有用的文件。??????

You may wish to edit the resulting index file to remove the lines for later atoms, 
or construct a suitable index group to provide as input to gmx genrestr.
# 您不妨编辑生成的索引文件以删除后面原子的行，或者构造一个合适的索引组作为gmx genrestr的输入。

The -of option produces an index file that can be used for freezing atoms. In
this case, the input file must be a .pdb file.
# -of选项生成一个可用于冻结原子的索引文件。在这种情况下，输入文件必须是.pdb文件。
With the -disre option, half a matrix of distance restraints is generated
instead of position restraints. 
# 使用-disre选项，生成半个距离约束矩阵，而不是位置约束。
With this matrix, that one typically would apply to Calpha atoms in a protein, 
one can maintain the overall conformation of a protein without tieing it to a specific position
 (as with position restraints).
# 有了这种矩阵，通常会应用于蛋白质中的Calpha原子，人们可以保持蛋白质的整体构象，而无需将其固定在特定位置（如位置限制）
OPTIONS

Options to specify input files:

 -f      [<.gro/.g96/...>]  (conf.gro)
           Structure file: gro g96 pdb brk ent esp tpr
 -n      [<.ndx>]           (index.ndx)      (Opt.)
           Index file

Options to specify output files:

 -o      [<.itp>]           (posre.itp)
           Include file for topology
 -of     [<.ndx>]           (freeze.ndx)     (Opt.)
           Index file

Other options:

 -fc     <vector>           (1000 1000 1000)
           Force constants (kJ/mol nm^2)
 -freeze <real>             (0)
           If the -of option or this one is given an index file will be
           written containing atom numbers of all atoms that have a B-factor
           less than the level given here
           # 如果给定了-of选项或此选项，则将编写一个索引文件，其中包含所有原子的原子数，这些原子的B因子小于此处给定的级别
 -[no]disre                 (no)
           Generate a distance restraint matrix for all the atoms in index
           # 为索引中的所有原子生成距离约束矩阵
 -disre_dist <real>         (0.1)
           Distance range around the actual distance for generating distance restraints
           # 生成距离约束的实际距离周围的距离范围
 -disre_frac <real>         (0)
           Fraction of distance to be used as interval rather than a fixed
           distance. 
           # 用作间隔而非固定距离的距离的分数
           If the fraction of the distance that you specify here is
           less than the distance given in the previous option, that one is used instead.
           # 如果您在此处指定的距离的分数小于上一个选项中给定的距离，则使用该距离
 -disre_up2 <real>          (1)
           Distance between upper bound for distance restraints, and the
           distance at which the force becomes constant (see manual)
           # 距离约束的上限和力变为恒定的距离之间的距离（见手册）
 -cutoff <real>             (-1)
           Only generate distance restraints for atoms pairs within cutoff(nm)
           # 仅为截止范围内的原子对生成距离约束
 -[no]constr                (no)
           Generate a constraint matrix rather than distance restraints.
           # 生成约束矩阵，而不是距离约束
           Constraints of type 2 will be generated that do generate exclusions.
           # 将生成类型2的约束，这些约束确实会生成排除

GROMACS reminds you: "Fresh Air, Green Hair" (Frank Black)

1. 关于.mdp文件中的DPOSRES的问题
   
2. grompp出错
   

[ defaults ]放到top的最开头

3. posre.itp的用法

1 没有特殊情况都不需要用。需要用的情况比如做生物分子在水中的正式动力学模拟之前，先带着生物分子的位置限制势跑一段时间让水弛豫，避免分布尚不合理的水弄坏生物分子结构。再比如研究个纳米管与小分子相互作用，想让纳米管结构保持固定不动，也可以用位置限制。

2 没有特殊情况一律用NPT。必须用NVT的情况都有确切理由，对于诸如有真空层的情况如果一开控压就把真空区弄没了，显然此时不能用NPT。你的体系显然也必须NVT，要不然控压到最后盒子就紧贴着你的体系了。

4. 求助gromacs添加位置限制时报错

位置限制设置不合理。[position_restraint]字段是对于它前面紧挨着的[moleculetype]而言的，原子序号必须是这类分子里面的原子序号。总共SES才22个原子，显然位置限制你不能设100多号去

4. gromacs关于分子位置限制的问题
这个是gromacs 里面的positional restraints, 1-17 是原子编号， 1是势能函数编号 V = 1/2 * k*(r-R)**2，R为参考坐标 ， 1000，单位是 kJ/mol nm2， 是力的常数 k。通常这个itp文件在用pdb2gmx生成top与gro文件的时候，就会产生， 默认名posre.itp 。 一般不对H原子施加位置限制。

5. 构建Gromacs的top文件出错

怀疑你自己编辑过spce.itp或力场目录下的文件内容，否则不至于提示字段顺序问题

如何应用力场安装包的？
这个54a7，我下载下来，解压就好了，没有安装. 因为在top文件中会指定力场文件的位置

6. 求助在进行约束动力学计算时，报下面错误，请问该如何解决？

在运行命令：gmx grompp -f pr.tpr -c em.mdp -o pr.tpr -p protein.top 时，出现cannot find position restraint file restraint.gro（option -r）的报错该如何解决？

grompp写得完全不对
一个例子:
gmx grompp -f pr.mdp -c em.gro -p topol.top -r em.gro -o pr.tpr

7. 求助 NVT位置限制性模拟时需要restrain文件

问题解决了，我在最新的教程下看到确实是加入了-r em-sol.gro选项。应该是版本迭代的原因吧。
我是把mdp文件第二行的define注掉就好了???

8. gromacs报错解决方案

报错： Atom index n in position_restraints out of bounds

9. GROMACS分子模拟基础实验教程(2)-生成蛋白结构拓扑
   转换PDB拓扑
   说明：这个步骤需要注意检查.pdb文件中MISSING注释下面列出的项, 这些项代表了在晶体结构文件中缺失的那些原子或残基。在模拟中, 末端区域的缺失可能并不会引起问题, 但缺失原子的不完整内部序列或任何氨基酸残基都将导致pdb2gmx程序运行失败。必须使用其他软件对这些缺失的原子/残基进行建模并补充完整。
   注意pdb2gmx不是全能的, 它无法为任意分子生成拓扑文件, 而只能用于力场中已经定义的残基
   pdb2gmx的主要目的是生成三类文件：
   The topology for the molecule.(分子拓扑文件 .top)
   A position restraint file.(位置限制文件 .itp)
   A post-processed structure file.(后处理结构文件 .gro)
   xxxx_processed.gro是一个GROMACS格式的结构文件，包含力场中定义的所有原子(即蛋白质中的氨基酸添加了H原子)
   topol.top文件是系统拓扑
   posre.itp文件包含了用来限制重原子（heavy atoms）位置的信息

10. GROMACS分子模拟基础实验教程(3)-检查和理解拓扑文件

本章没有实际需要用gromacs做的操作，却非常重要，主要是理解gromacs使用gmx pdb2gmx生成的拓扑文件topol.top的内容，这对后续的模拟至关重要。后续结合自己的研究对象进行模拟时，如果拓扑文件存在异常，则可能出现相关严重的运行报错，因此理解拓扑文件才能解决后续报错问题。

定位到文件最后一行：vi topol.top后，键盘输入大写字母G，光标即可调到最后一行的位置
定位到指定行：vi topol.top后，输入冒号+行号，如 :20 回车后即可调到文件的第20行

以分号开头的是文件注释

???

接下来默认定义的是溶剂分子类型（一般就是水）, 在本例中为SPC/E模型的水分子（其他水分子模型还有SPC, TIP3P和TIP4P等）。水也可以被位置约束，使用1000 kJ/mol/nm^2的力常数(kpr?)

; Include topology for ions
上面这个是离子相关的拓扑配置。
最后是体系级别的定义。
[ system ]指令给出了体系的名称, 在模拟中此名称将被写入到输出文件中. 例子中的LYSOZYME指的是我们本次模拟的物质对象–溶菌酶
[molecules]模块列出了体系中的所有分子，有几个关键注意点需要注意：
1、列出分子的顺序必须与坐标(本例中为.gro)文件中的分子顺序保持一致
2、对每一个研究体系，[molecules]列出的名称必须与[ moleculetype]中的名称一致, 而不是残基名称或其他名称

11. 金属-水溶液体系，使用isotropic或semiisotropic控压，要么有真空，要么溶液就飞了

一、建立了α-Fe晶胞
二、扩展盒子为长方体，将α-Fe置于盒子中间（铁参数来自于10.1038/s41524-020-00478-1，文献中特别说明，使用α-Fe进行模拟时，atomic positions should be fixed）
三、使用insert命令，向空白部分加入50个表面活性剂分子（使用ATB服务器得到的itp）
四、使用solvate命令加满水，加入50个CL离子
五、能量最小化
define = -DFLEXIBLE
integrator = steep
nsteps = 10000
emtol = 100.0
emstep = 0.01
;
nstxout = 100
nstlog = 50
nstenergy = 50
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb = 1.0
vdwtype = Cut-off
rvdw = 1
DispCorr = EnerPres
;
constraints = none
freezegrps = FE ；文献中提到的atomic positions should be fixed，我就在这里冻结了所有的铁原子。。在itp里面的参数，都是大写的FE。 如果这一步不冻结铁原子，那么em以后，铁块就有点变形。
freezedim = Y Y Y
em可以正常进行，em结束后打开得到的gro文件看起来也正常，vmd没有提示不合理的接触，溶液区没有乱跑，铁块完整不变形。

NPT内容如下：
define =
integrator = md
dt = 0.002 ; ps
nsteps = 50000000
comm-grps = system
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog =
nstenergy = 50000
nstxout-compressed = 50000
compressed-x-grps = system
;
annealing = single single
annealing_npoints = 2 2
annealing_time = 0 100 0 100
annealing_temp = 0 298.15 0 298.15
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb = 1
vdwtype = cut-off
rvdw = 1
DispCorr = EnerPres
;
Tcoupl = V-rescale
tau_t = 0.2 0.2
tc_grps = SOL non-water
ref_t = 298.15 298.15
;
Pcoupl = Berendsen
pcoupltype = isotropic ; 用 isotropic或者semiisotropic，结果不一样，我可以理解。但是isotropic进行npt模拟，出现真空区，我就不理解了。
tau_p = 0.5
ref_p = 1.0 1.0
compressibility = 4.5e-5 4.5e-5
;
gen_vel = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps = FE
freezedim = Y Y Y
constraints = hbonds

== 用semiisotropic，Fe用位置限制固定而不要用freeze，否则结合控压的时候容易出问题。平行于界面方向的可压缩系数设为0==

已经解决。
使用gmx genrestr -f FE.pdb -o posre_FE.itp得到了铁块限制的itp文件，FE.pdb原子编号为1-8000，gro里面，FE的编号也是从1-8000，得到posre_FE.itp编号也是1-8000
然后在top里面使用了该限制itp，内容为：
#include “forcefield.itp”
#include “FE.itp”
; Include Position restraint file
#ifdef POSRES //问题出在这里，改成#ifdef POSRES_FE就不报错了，但知其然，不知其所以然，仍需要指导
#include “posre_FE.itp”
#endif
在npt.mdp里面，第一行写上
define = -DPOSRES
结果报错
ERROR 1 [file posre_FE.itp, line 6]:
Atom index (2) in position_restraints out of bounds (1-1).
This probably means that you have inserted topology section
“position_restraints”
in a part belonging to a different molecule than you intended to.
In that case move the “position_restraints” section to the right molecule.
npt以后，铁块还是有很轻微的变形

有个笨办法供参考，搭建体系时候先分三个小的体系（即水、铁、水）做npt，xy向压缩度设为0。npt平衡之后再拼接起来，搭建好最终体系。

水在铁表面会富集，分开NPT然后拼起来的话溶液密度整体还是会偏小

12. 求助 gromacs grompp步骤出错

盒子太小，提示已经说明了原因
这年头用300个水来模拟水的性质也太次了，最起码500个
用packmol构建的水盒子的初始结构明显不如用gmx solvate

13. GROMACS命令报错

14. 解析gromacs的restraint、constraint和freeze

限制(restraint)
包括位置限制(也就是常说的正式MD前首先要进行的限制性动力学)，角度限制，二面角限制，方向限制，距离限制。限制的特点是可以让被限制的东西在一定范围内运动，而非彻底固定住，实际上就是施加一个谐振势来限制其移动。
位置限制就不必说了，posre.itp里面[ position_restraints ]定义的就是，默认相对于最初位置进行限制。
角度限制包括两类，一类是两对儿原子间角度的限制，用[ angle_restraints ]来指定，例如：
[ angle_restraints ]
; i j k l type theta0 fc multiplicity
651 1211 1683 1211 1 67.0 1500 1
说明限制651-1211与1683-1211原子对儿之间的夹角在67度附近，力常数为1500。type无用。
角度限制另一类包括一对儿原子与z轴夹角角度的限制，用[ angle_restraints_z ]来指定，例如：
[ angle_restraints_z ]
; #1 #2 type theta0 fc multiplicity
22 45 1 90 500 2
说明限制22与45号原子的连线与z轴垂直，力常数是500，多重性是2，使得90度夹角时候限制势能最低，0和180度时最高。type无用。
二面角限制使用[ dihedral_restraints ]段落来定义，实际上improper项就是用二面角限制方式限制的。例如
[ dihedral_restraints ]
; i j k l type label phi dphi kfac power
5 7 9 15 1 1 180 0 1 2
被限制的是5,7,9,15原子组成的二面角，type总是1，label没用，phi是参考角，dphi是超过参考角多少度开始使用限制势，power没用。kfac乘上mdp中的dihre_fc将作为限制势力常数。
最后在mdp中加入例如：
dihre = simple
dihre_fc = 100
dihre_tau = 0.0
nstdihreout = 50
距离限制在[ distance_restraints ]里面定义，比如
[ distance_restraints ]
; i j type index type low up1 up2 fac
10 16 1 0 1 0.0 0.3 0.4 1.0
type总是1，index是计算的顺序，如果几个项index都一样，比如10-28和10-46，就同时计算。
势能图见gmx3.3手册p60，low,up1,up2分别指图上的r0,r1,r2，可见原子间距离在low至up1区间内是不受限制的，这种方式可以达成NMR限制。
fac是指这个因子乘上mdp中disre_fc作为限制势力常数。也可以定义两个原子在[ bonds ]里用bond type 6，就是个和普通键一样的谐振子势，但是这两个原子间被认为没有键连。
应当注意以上限制方式中[]段落应当紧接着写在被限制分子的.itp后面（或者说对应的[ moleculetype ]后面），这样程序才知道其中的原子编号指的是哪种分子中的原子。

---

约束(constraint)
用shake或lincs方法固定住原子之间的相对位置，固定的几何关系是绝对不变的。分为两种类型，type 1和type 2的效果其实一样，但是type 1被认为将这两个原子键连了，而type 2没有键连。一般被键连的原子间都不计算相互作用(在[ moleculetype ]里定义nrexcl来控制相隔几个键内的原子间不计算相互作用，也就是相当于被列进[ exclusions ])，比如type 1时一般就不计算这两个原子间的非键作用了，而type 2时仍然计算。

用哪种约束算法用.mdp里的constraint_algorithm设定，默认lincs。.mdp里的比如constraints = all-bonds也是应用这种约束方法，也就是约束住所有[ bonds ]项，原本[ bonds ]的设定就被覆盖了，即不体现成键效果（来回振动），只体现约束效果（距离固定不变）。

自定义约束项可以在拓扑文件中这么写:
[ constraints ]
1 8 2 0.153 //原子1 原子2 type 约束的距离(0.153nm)。
之后1 2原子距离会固定保持在0.153nm，即便1 2原子在[ bonds ]中定义是成键的也是如此。
注意，.mdp里如果写constraint=none，只是说批量约束hbonds、all-bonds等没有了，在拓扑文件中自定义的constraint约束项仍然生效。

顺便一提，在默认情况下，gromacs的水的结构是被settle算法约束住的，也就是所说的rigid水，settle就是专用于水的约束算法，在spce.itp里面[settles]即是定义，不计算分子内氢、氧彼此之间的相互作用。而如果.mdp里面设define=-DFLEXIBLE，也就是激活了#ifdef FLEXIBLE后面那段，则不用settle算法约束结构，而是照常按照谐振势的键长键角项控制水的结构。

-DFLEXIBLE开不开对溶质没什么影响，对计算速度也没什么影响(有一丁点减慢可忽略)。除了能量最小化外，都不要用-DFLEXIBLE，因为拟合水、力场参数的时候都一般是认为水是刚性(rigid water)情况下进行的(比如SPC水和使用SPC水的GROMOS力场)，即约束住键长键角，开了FLEXIBLE实际上参数还得再作调整。

而在gmx4中，在能量最小化时自动是限制方法(restraint)，就没必要设-DFLEXIBLE了，从此可忘掉它。.mdp中constraints以及constraint_algorithm设定皆与水的约束无关，除非define=-DFLEXIBLE，否则水都是用settle算法约束住。

冻住(freeze)
彻底冻在最初坐标，一点也不动。但仍然计算与其它原子间的相互作用，所以并不会省时间，除非是写进[ exclusions ]。
使用时在.mdp里面定义比如：
freezegrps = protein 设蛋白冻住
freezedim = Y Y Y 设冻住的方向，分别对应X Y Z轴。
同时使用freezegrps, constraints, pressure coupling可能会有问题，不要组合使用。
==注意绝对坐标与相对坐标的限制方式的不同，比如想保持一个结构的刚性，用位置限制或freeze是原地不动，而通过约束方法对分子内的结构进行约束，结构仍然可以有整体平动和转动。应根据实际情况选择。 ==

15. 求助：关于限制部分分子间距离的设置

各位老师好，我之前看到了一篇文章是限制蛋白质中某两个特定原子的相对距离进行MD模拟，想重现这种方法，因此想请教各位老师gromacs有没有办法限制我选择的原子的距离进行模拟呢？（constraint限制，距离改变时受到额外的力惩罚）

相对距离的话，不知道能不能当作键来处理，比如在[bond]项里面写一个较大的距离，然后用简谐力来控制距离的变化。你可以拿一个小体系试试这个方法，看体系会不会崩。

你搞混了constraint和restraint，看此文解析gromacs的restraint、constraint和freeze http://sobereva.com/10
你要求的是restraint。constraint是直接通过约束算法保持原子间距离精确不变
添加[distance_restraint]字段，或者用functype=6或10的bond项可以实现。

对于用[distance_restraint]，力常数通过mdp里的disre-fc设置，而[ distance_restraint ]里面每两个原子之间还可以设fac（multiplication factor），它被乘到disre-fc上作为这一对原子的实际用的力常数
functype=6、10显然是在[moleculetype]或[intermolecular_interactions]中的[bonds]里写

对于[distance_restraint]使用的为函数1形式（需要定义的参数为b0以及Kb）,但是手册给的例子虽然用的函数1 形式，但是要设置 low up1 up2这三个数值，我怎么觉得这个是函数10平底势需要设置的值呢。
到底在[distance_restraint]中应设置的是平衡键长还是平地势需要的low up1 up这三个数值呢

如果不需要平底势，用functype=6的[bonds]项就完了

在[intermolecular_interaction]中的functype=6的[bonds]项，键的力常数使用陈老师的forcefit算。是不是这样与amber的MCPB达到的效果完全一致了。

16. 如何使用gromacs中的constraint

使用gromacs进行分子动力学模拟的过程中想使得分子保持刚性。gromacs中的restraint、constraint和freeze几个命令可以对分子的结构进行限制，freeze由于冻结分子肯定不行，restraint是使用函数将分子键长或者键角等维持在一定范围内运动，也不为刚性，那么是使用constraint来达到目的吗？若想达到目的，是不是在[ constraints ]中限制所有的bonds就行了，还是需要将angles等也限制住？如果在这里限制了键长等是不是top文件中就不用再定义bonds等的参数了呢？如果做过的话能给出具体的形式吗？

17. 关于gromacs中constraints选择的问题

新手上路，了解到社长极力不推荐all-bonds，但还是斗胆问一下all-bonds、h-bonds、none这三种constraints区别是什么，在何种情况下该选择哪种。有时候用h-bonds跑md模拟系统会崩溃但是改成all-bonds就跑通了，不知道是因为什么原因。同时想确认一下Gromacs是否可以表示羟基（-OH）中H被离子所取代。

博文http://sobereva.com/10中“.mdp里的比如constraints = all-bonds也是应用这种约束方法，也就是约束住所有[ bonds ]项，原本[ bonds ]的设定就被覆盖了，即不体现成键效果（来回振动），只体现约束效果（距离固定不变）。” 这句话的意思我不是很明白，可以理解为top文件中的[bonds]、[ pairs ]、[ angles ]等都为限制吗用的谐振势表示，但是一旦定义constraints = all-bonds 就将[ bonds ]中所有键不允许震动设为固定，选择constraints = h-bonds就将[ bonds ]中与H相连的键变为不允许震动设为固定吗。

all-bonds根本不牵扯pairs和angles

top文件中的[bonds]是用谐振势表示的限制，一旦定义constraints = all-bonds [ bonds ]中所有键固定将不允许震动，选择constraints = h-bonds就将[ bonds ]中与H相连的键固定不允许震动

18. How to use positional restarints for atoms in GROMACS?
19. GROMACS How do I apply position restraints on erythritol molecules?
20. Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r)?
21. How does the position restrains work in GROMACS?
22. gromacs ERROR 1 [file posre_A.itp, line 5]:
23. Gromacs拓扑文件笔记
24. How to fix error of GROMACS topol.top file?
25. ERROR 1 [file strong_posre_Protein_chain_A.itp, line 4414]: INQUIRY
26. Common errors when using GROMACS
27. ERROR 1 [file strong_posre.itp, line 4414] INQUIRY
28. gmx genrestr 位置约束文件
29. gmx配体结构限制命令参数和gmx结果分析求助：有关腔体大小，结构稳定性，配体键能
30. Gromacs模拟中位置限制性模拟的问题
31. gromacs索引文件原子索引与top文件索引对不上
32. make_ndx 怎么用
33. GROMACS中的组概念
34. 用gromacs搭建蛋白分子层，并制作相应的top和索引文件
35. GROMOS拓扑（、坐标、轨迹、能量）相关文件解读&手册第5章阅读笔记II
36. gromacs Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r).
37. gromacs Invalid Freezing input: 3 groups and 3 freeze values
38. 求助，gromacs冻结分子时遇到问题
    都没说清楚“孔”到底是什么、到底要研究什么、期望得到什么现象、遇到的问题是什么、初始结构是什么、模拟的设置是什么（如温度、控压设置等）

我想做的是带缺陷的氧化石墨烯-离子液体复合膜分离二氧化碳的研究，缺陷我研究的就是孔，然后首先我想验证一下这个孔的大小能不能让二氧化碳通过，因此我建立了求助中的体系，二氧化碳在氧化石墨烯上方，通过NVT模拟，验证二氧化碳能不能从孔中穿过，由于上方有气体，有压力，模拟完气体把氧化石墨烯推到了盒子最下方，于是我考虑到用冻结的方式固定氧化石墨烯，用的是freeze，刚开始只固定了Z 轴，由于XY方向有周期性，孔的位置就不在中间了，发生了移动，于是我固定了XYZ三个方向，模拟以后二氧化碳都吸附在了氧化石墨烯上，我不知道这个现象是不是一个错误的现象，我期望的结果是气体在盒子里均匀分布，就跟只冻结Z方向一样，因为他们的差别就只是冻结方向的不同，但是结果却相差很大，我不知道哪种应该是正确的结果，然后造成这个结果的原因有可能是什么，想了解一下这个，谢谢老师给我的解答。

和温度有关。如果温度不够高，二氧化碳自然会（主要由于范德华作用）吸附在氧化石墨烯上，温度够高的话二氧化碳才能自发随意运动。但如果力场参数不合适，可能也会导致温度不低的情况仍然看到这种不期望的现象。
NVT下，把氧化石墨烯做XYZ方向的冻结本身是没问题的。

40. 使用freeze冻结分子后模拟报错
41. 求助关于freeze组之后运行报错的问题
42. gromacs Fatal error: Group Motif, referenced in the .mdp file was not found in the index file
43. How to create an index file in GROMACS for MD simulation?
44. How do I solve this error in Gromacs during protein-ligand complex molecular dynamics?
45. “Fatal error: Group SOLV referenced in the .mdp file was not found in the index file.” Help with SLURM HPC
46. How can i go on and kill this fatal error?
47. 求助，用gromacs做伞状采样
48. 求助：用Sobtop生成拓扑文件后，用Gromacs做分子模拟的问题
49. The group concept
50. gromacs position_restraints
51. GROMACS Tutorial
52. Restraints
53. gromacs position_restraints
54. Flat-bottomed position restraints

力场

1. CHARMM Force Field Files

mdp文件

1. GROMACS中mdp文件注解小结1

教程及笔记

1. GROMACS蛋白配体分子动力学模拟结果分析简要笔记
2. GROMACS教程2：蛋白-配体复合物（Protein-Ligand Complex）
3. 分子动力学模拟GROMACS使用
4. GROMACS各种文件格式介绍