RDKit|分子可视化,定制你的分子图

news2024/9/22 11:03:56

1 使用 RDKit 绘制 2D 分子结构

在化学信息学中,直观地展示分子的 2D 结构图是非常重要的。RDKit 提供了强大的工具来绘制和定制分子的 2D 结构图,使得科学家和工程师可以轻松地可视化分子的构造。本节将介绍如何使用 RDKit 绘制 2D 分子结构,并展示一些常用的绘图方法和技巧。

1.1 绘制基本的 2D 分子结构

RDKit 中的 Draw 模块提供了 MolToImage 函数,可以将分子对象转换为 2D 图像。

1.1.1 绘制基本 2D 结构图

首先,我们来看一个简单的例子,绘制乙醇(C2H5OH)的 2D 结构图。

示例:绘制乙醇的 2D 结构图

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
​
# 解析乙醇分子
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')
​
# 绘制 2D 结构图
img = Draw.MolToImage(mol)
img.show()

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