计算蛋白质结构中氨基酸之间的方向和方位

news2024/11/23 11:17:20

在蛋白质结构分析中,方向(direction)和方位(orientation)是描述相邻氨基酸(残基)之间相对空间关系的重要几何参数。可以通过原子坐标来计算相邻氨基酸之间的方向向量和方位关系。以下是这些概念的详细解释以及如何通过 PyTorch 来计算它们。

1. 方向 (Direction)

方向向量通常用于表示两个相邻氨基酸之间的位移。可以通过两个氨基酸的 α 碳(CαCα​)原子坐标来定义:

这个方向向量从前一个氨基酸的 CαCα​ 原子指向下一个氨基酸的 CαCα​ 原子,表示两个残基之间的几何方向。

2. 方位 (Orientation)

方位不仅仅描述相邻残基之间的距离,还描述它们之间的相对旋转或空间取向。可以通过以下两种方式定义:

  • 主链平面之间的夹角:由 Nn​, Cαn​, Cn​ 和 Nn+1原子形成的二面角来描述两个相邻残基之间的相对取向。即,二面角(如前面提到的 Phi (ϕ) 和 Psi (ψ)用于量化主链在空间中的扭转。

  • 残基的局部坐标系:通过定义每个残基的局部坐标系来描述残基的方位,例如使用 Cα、C、N 和 O的坐标来建立局部坐标系。

通过 PyTorch 计算方向和方位

1

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.coloradmin.cn/o/2114381.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈,一经查实,立即删除!

相关文章

二、Maven工程的创建--JavaSEJavaEE

1、idea创建Maven JavaSE工程: 2、idea创建Maven JavaEE工程: (1)手动创建 (2)插件方式创建 在idea里安装插件JBLJavaToWeb; 选择需要生成的项目文件后,右击: 项目…

拉普拉斯分布-简要介绍

拉普拉斯分布,又称双指数分布,是概率论中的一种连续概率分布。拉普拉斯分布是由法国数学家皮埃尔-西蒙拉普拉斯在研究误差理论时提出的,在数据集中经常用于描述具有尖峰和长尾特征的分布。 拉普拉斯分布的定义 拉普拉斯分布的概率密度函数&…

HOT 100(七)栈、堆、贪心算法

一、栈 1、每日温度 使用单调递减栈来解决。主要思路是遍历temperatures数组,利用栈来存储还没有找到比当前温度高的天数的索引。当遇到比栈顶索引所对应温度更高的温度时,就可以确定当前这一天的温度比之前那一天高。索引的差值就是等待的天数。 求一…

前端 Vue3 项目开发—— ESLint prettier 配置代码风格

ESLint & prettier 介绍 如果你用的是 pnpm create vue 来创建项目,那么创建项目时就会让你选择是否添加 ESLint 和 prettier 我们在上一篇博客中详细介绍过 ESLint,可以说上一篇博客是这篇博客的先修知识,所以各位小伙伴们请先去看看我…

微信小程序页面制作——个人信息

✅作者简介:2022年博客新星 第八。热爱国学的Java后端开发者,修心和技术同步精进。 🍎个人主页:Java Fans的博客 🍊个人信条:不迁怒,不贰过。小知识,大智慧。 💞当前专栏…

Docker | 虚拟机 是一个东西吗

文章目录 虚拟机与Docker如果要在linux环境下运行程序,那么docker会给我下载整个linux操作系统吗?Docker的一些名词 虚拟机与Docker 虚拟机就相当于买了一台新电脑,有了完整的独立的一个操作系统Docker 不需要创建完整的虚拟操作系统&#xf…

el-table行编辑

需求&#xff1a;单点行编辑并且请求接口更新数据&#xff0c;表格中某几个字段是下拉框取值的&#xff0c;剩下的是文本域&#xff1b;展示的时候 需要区分下拉框编码还是中文 故障模式这个展示的是fault_mode编码,但要显示的文字fault_mode_chn 这点需要注意 <el-tablere…

【H2O2|全栈】关于Photoshop | PS(4)

PS的一些杂谈&#xff08;亖&#xff09; 目录 PS的一些杂谈&#xff08;亖&#xff09; 前言 准备工作 图形工具 基本属性 混合选项 形状图层 文字工具 基本属性 进一步变化文字 组和图层 UI设计案例 预告和回顾 后话 前言 这一篇博客我将会写一下图形工具和…

数据链路层以太网技术与DNS、ICMP协议

我们前面学习到的传输层、网络层。传输层是保证数据可靠传输。而网络层是实现在复杂的网络环境中确定一个合适的路径。我们接下来所说的数据链路层其实就是用于两个设备(同一种数据链路节点)之间进行传递。其实也就是如数次的局域网中设备之间的转发过程。 认识以太网 "…

大数据-124 - Flink State 01篇 状态原理和原理剖析:状态类型 执行分析

点一下关注吧&#xff01;&#xff01;&#xff01;非常感谢&#xff01;&#xff01;持续更新&#xff01;&#xff01;&#xff01; 目前已经更新到了&#xff1a; Hadoop&#xff08;已更完&#xff09;HDFS&#xff08;已更完&#xff09;MapReduce&#xff08;已更完&am…

Pr:首选项 - 音频硬件

Pr菜单&#xff1a;编辑/首选项 Edit/Preferences Premiere Pro 首选项中的“音频硬件” Audio Hardware选项卡可以指定计算机的音频设备和设置&#xff0c;还可以指定 Pr 用于音频回放和录制的 ASIO 和 MME 设置&#xff08;仅限 Windows&#xff09;或 CoreAudio 设置&#x…

C#使用GDI+实现生成验证码

目录 下面是代码的详细解释&#xff1a; 类声明和成员变量 构造函数 窗体加载事件 生成验证码方法 pictureBox1 点击事件 按钮点击事件 完整代码&#xff1a; 总结 这段代码是一个C# Windows Forms应用程序的一部分&#xff0c;用于生成和验证验证码。 下面是代码的详细解…

C# Windows Forms实现绘制画板

目录 C# Windows Forms上绘制画板&#xff1a; 详细解释&#xff1a; TempData临时数据&#xff0c;用来保存画笔相关的信息&#xff0c;如&#xff1a;颜色&#xff0c;大小&#xff0c;坐标等 类声明和成员变量 构造函数 文件菜单项点击事件 保存菜单项点击事件 画笔大…

浙大数据结构:03-树2 List Leaves

这道题我借用了一点上一题的代码思路&#xff0c;这题考察的主要是层序遍历&#xff0c;即用队列来实现&#xff0c;当然此处我依然采用数组模拟队列来实现。 机翻 1、条件准备 map的键存下标&#xff0c;后面值分别存左右子树的下标&#xff0c;没有子树就存-1. head数组只…

python脚本源码如何使用PyOxidizer编译Windows可执行文件

使用 PyOxidizer 将上述代码编译为 Windows 可执行文件&#xff0c;可以按照以下步骤进行&#xff1a; 一、准备工作 确保已经安装了 PyOxidizer 和 Rust 开发环境&#xff0c;如前文所述。 二、创建 PyOxidizer 配置文件 创建一个名为pyoxidizer.toml的配置文件&#xff0c;内…

go急速入门API开发

go急速入门 1、安装Go和对应编辑器2、编写helloWord3、项目目录开发4、编写一个http服务器5、 使用Gin框架基本使用使用部分中间件自定义中间件 6、部署 1、安装Go和对应编辑器 go官网&#xff0c;下载自己电脑对应版本即可。安装完成之后打开cmd输入go即可弹出对应提示。 对…

ffmpeg(各个系统版本安装- Windows11-Mac-Linux)

各个系统上的安装不建议使用编译安装&#xff0c;大佬的话可以 编译安装会各种环境问题&#xff0c;直接使用别人安装好的就行 1.Windows11上安装ffmpeg 1.官网下载ffmpeg 进入Download FFmpeg网址&#xff0c;点击下载windows版ffmpeg&#xff0c;使用别人编译好的版本即可 …

文法的例题

答案&#xff1a;B 知识点&#xff1a; 文法 一个形式文法是一个有序四元组G{V,T,S,P}&#xff0c;其中&#xff1a; V&#xff1a;非终结符。不是语言组成部分&#xff0c;不是最终结果&#xff0c;可理解为占位符 T&#xff1a;终结符。是语言的组成部分&#xff0c;是最…

自用NAS系列1-设备

拾光坞 拾光坞多账号绑定青龙面板SMBWebdav小雅alist下载到NASDocker安装迅雷功能利用qBittorrentEEJackett打造一站式下载工具安装jackett插件 外网访问内网拾光客户端拾光穿透公网ipv6路由器配置ipv6拾光坞公网验证拾光坞域名验证 拾光坞 多账号绑定 手机注册拾光坞账号&am…

Web Bluetooth 与点对点连接

前言 需求需要实现手持终端设备与 web 网页的点对点数据传输&#xff0c;不希望有服务器参与&#xff0c;想到了 web 的 USB 与 Bluetooth API&#xff0c;对 Web Bluetooth API 进行了研究。 蓝牙 GATT 基础知识 GATT&#xff08;通用属性配置文件&#xff0c;蓝牙低功耗&a…