科研绘图系列:R语言宏基因组堆积图(stacked barplot)

news2024/11/24 12:54:25

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介绍

宏基因组堆积条形图是一种数据可视化工具,用于展示宏基因组数据中不同分类群(如微生物群落中的物种或菌株)的相对丰度。宏基因组学(Metagenomics)是一种研究环境样本中所有生物的遗传物质(DNA和RNA)的科学,不依赖于培养,可以直接从环境样本中提取DNA进行测序。

堆积条形图的特点如下:

  1. 层次结构:条形图的每个条形代表一个样本,而条形中的不同颜色或纹理的部分代表样本中不同分类群的相对丰度。
  2. 相对丰度:每个部分的大小或高度与该分类群在样本中的相对丰度成正比。
  3. 比较:可以直观地比较不同样本中相同分类群的丰度,或者比较同一样本中不同分类群的丰度。
  4. 多样性展示:通过颜色或纹理的变化,可以展示样本中生物多样性的丰富程度。
  5. 环境差异:如果数据来自不同的环境或条件,堆积条形图可以展示环境差异对微生物群落结构的影响。

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