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图机器学习
- 图机器学习简介
- 图数据
- 异构图
- 图有关的任务类型
- 节点类型的任务
- 边级别的任务
- 图级别的任务
- 应用:天气预测
- 参考文献
本文系列是对图机器学习进行梳理与学习,综合各种参考资料形成的综合性成果,具体参考文献在文尾列出。
图机器学习简介
图数据
图数据无处不在,比如,社交数据、医学数据、人际关系等等,是由网络构成的交织数据形态。从图论角度看,由点和边组成的数据形态。
异构图
图有关的任务类型
与图有关的任务类型有:
(一)图层面的任务
- 图层面预测:预测整个图的单个属性。比如说,例如,对于表示为图的分子,预测该分子的气味,或者它是否会与疾病有关的受体结合;预测分子毒性。
- 图生成,可在药物发现任务中用于生成新的可能的药物分子,
- 图演化 (给定一个图,预测它会如何随时间演化) ,可在物理学中用于预测系统的演化,
(二)节点层面的任务
- 节点层面预测:预测节点的类别或某类属性的取值。例如,对于表示为图的分子,我们可能想要预测该分子的气味,或者它是否会与与疾病有关的受体结合。
(三)子图层面的任务
- 子图层面预测:可用于社区检测或子图属性预测。社交网络用社区检测确定人们之间如何连接。我们可以在行程系统 (如 Google Maps) 中发现子图属性预测的身影,它被用于预测到达时间。
(四)边层面的任务
- 边层面预测:比如,推荐系统中,用户对商品的偏好可以看成是图中的边问题。具体来讲,预测用户偏好可以抽象为一个预测图中边的存在的问题。我们可以将用户看作一个子图,将商品看作一个子图,然后寻找这两个子图内可能的用户和商品的关系。
节点类型的任务
节点类型的任务有:节点分类。
描述网络中节点的结构和位置:
边级别的任务
边级别任务最重要的是,推荐系统、药物间副作用预测。
(一)推荐系统
将用户和商品作为节点,边预测即是预测用户和商品的关系。
论文解析参考下一期,敬请期待。
解析论文是将图应用于推荐系统中,即:Graph Convolutional Neural Networks for Web-Scale Recommender Systems
(二)药物间副作用预测
给定一对药物,预测药物间的副作用问题。
这里把药物和蛋白质看成是节点,边预测即预测药物和蛋白质之间的关联关系。
这里论文解析参考后期文章,待补充。
论文题目是,Modeling Polypharmacy Side Effects with Graph Convolutional Networks。
药物之间副作用结果如下图:
图级别的任务
图级别任务主要目标是预测整个图或者子图。
(一)预测交通拥堵程度
节点与边的设计如下:
节点:每一个路段
边:每个路段之间的联系
预测整个起始点到达时间。
这里论文学习主要参考两篇,
第一篇是将图学习应用到Google地图中,ETA Prediction with Graph Neural Networks in Google Maps
第二篇,GNN用于交通预测的综述,Graph Neural Network for Traffic Forecasting: A Survey
(二)用于药物发现
图也可以用于药物发现,其中,
节点:原子
边:化学键
整个图的本身就是药物了。
论文参考,A Deep Learning Approach to Antibiotic Discovery
(三) 物理模拟
节点:粒子
边:粒子间的关系
目标:查看粒子如何进化
(四)(图生成)生成新的分子结构
采用图模型,对分子进行生成/优化。
应用:天气预测
该部分主要讲述了一个将图应用到天气预测的例子,博客参考,
DeepMind & Google’s ML-Based GraphCast Outperforms the World’s Best Medium-Range Weather Forecasting System
参考文献
1、cs224w-简介
2、cs224w
3、bilibili图机器学习网址
4、图表示学习书籍
5、图深度学习
6、huggingface上的图简介
7、GNN介绍