大家好，我是邓飞，这里介绍一下如何使用Haploview进行单倍型的分析。
计划分为三篇文章：
- 第一篇：Haploview做单倍型教程1–软件安装
- 第二篇：Haploview做单倍型教程2–分析教程
- 第三篇：Haploview做单倍型教程3–结果解读
今天是第三篇。
1. LDblock整体结果
上图就是最常见的LDblock，该图的结果解读。
2. SNP在染色体的分布
最上面是SNP的物理位置，有些是均匀的，有些是不均匀的
3. SNP的名称信息
中间是SNP的名称，用细线联系在一起
4. block解释
最下面红白的正方形是LD值的可视化，每一个正方形是两两SNP的LD结果，颜色越淡说明LD值越小，如果相邻的SNP之间的LD大于某个阈值（比如0.9），那么就构成一个block，下图中的两个红框里面的黑框，就是两个LDblock，第一个block包括的SNP有10,11,12三个SNP，block的距离为82kb，第二个block包括两个snp，包括14和15两个snp，block的距离为32kb。
5. 查看block的频率和他们之间的联系
下图中，第一个block中，一共三个SNP，单倍型分别是：TTC，TTA，CCA，TCA，他们的频率分别是0.548,0.281,0.09和0.078，它们的频率之和为1。第二个block一共有两个SNP，单倍型分别是AG，GA和AA，频率分别是0.402,0.565,0.034，他们之间的频率之和为1.
最下面的0.67是两个block的关联，两个block的线是两者的关联性，线条越黑，说明关联性越强。
6. 查看TaggerSNP
这里有两个block，可以选择两个TaggerSNP代表这两个block
上面就是LDblock的系列教程，如果大家有问题，可以关注：数据分析之放飞自我，进一步了解相关内容。
