7+双样本孟德尔随机化“得分神器”的双向孟德尔果然名不虚传

news2025/3/11 0:11:05


今天给同学们分享一篇生信文章“Bidirectional Mendelian randomization analysis of the genetic association between primary lung cancer and colorectal cancer”，这篇文章发表在J Transl Med期刊上，影响因子为7.4。

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结果解读：

MR分析结果


在LC到CRC MR分析中，GWAS研究中的4002个整体LC，1176个LUAD和2789个LUSC IVs达到了显著差异（P < 5 × 10 –8 ）。整体LC，LUAD和LUSC IVs数据集分别鉴定出3912个，1122个和2755个非回文序列的IVs（分别在整体LC，LUAD和LUAD IVs数据集中鉴定出90个，54个和34个回文序列）。基于遗传变异位点之间的LD状态，选择了与整体LC，LUAD和LUSC相关的25个，13个和15个独立IVs，没有LD相关性（3887个整体LC，1135个LUAD和2770个LUSC IVs不是LD独立的。r 2 < 0.01，窗口= 500 kb）。使用PhenoScanner数据库（吸烟：rs3999544，rs55781567，rs56113850；饮酒：rs17391694；BMI：rs71658797）去除与混杂因素相关的IVs [31, 32]。最终，作者确定了20个整体LC的遗传IVs，10个LUAD的IVs和15个LUSC的IVs。


整体结肠癌的MR结果

在前向MR中，在整体LC到整体CRC MR研究中，IVW分析揭示了整体LC和整体CRC在遗传水平上存在显著关联（IVW：OR = 1.0026；95% CI 1.0009–1.0043，P = 0.0029；图2A，3A）。简单中位数方法、加权中位数方法、MR-PRESSO方法和MR-RAPS方法均显示了整体LC和整体CRC之间存在显著关联的证据（简单中位数：OR = 1.0035，95% CI 1.0014–1.0057，P = 0.0012；加权中位数：OR = 1.0040，95% CI 1.0020–1.0060，P = 0.0001；MR-PRESSO：OR = 1.0026，95% CI 1.0009–1.0043，P = 0.0080；MR-RAPS：OR = 1.0026，95% CI 1.0013–1.0040，P = 0.0002；图2A）。

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LUSC到CRC的MR结果

在对LUSC和整体CRC MR的研究中，作者发现了LUSC和整体CRC之间存在显著的遗传相关性（IVW：OR = 1.0017，95% CI 1.0006–1.0028，P = 0.0022；简单中位数：OR = 1.0025，95% CI 1.0011–1.0039，P = 0.0007；加权中位数：OR = 1.0025，95% CI 1.0011–1.0039，P = 0.0005；MR-PRESSO：OR = 1.0017，95% CI 1.0006–1.0028，P = 0.0084；MR-RAPS：OR = 1.0017，95% CI 1.0008–1.0027，P = 0.0002；图2D，3D）。


在LUSC到结肠癌的MR研究中，作者发现了这两种疾病之间存在显著的遗传相关性（IVW：OR = 1.0008，95% CI 1.0002–1.0014，P = 0.0133；简单中位数：OR = 1.0011，95% CI 1.0002–1.0021，P = 0.0172；加权中位数：OR = 1.0010，95% CI 1.0001–1.0019，P = 0.0304；MR-PRESSO：OR = 1.0008，95% CI 1.0002–1.0014，P = 0.0266；MR-RAPS：OR = 1.0008，95% CI 1.0002–1.0014，P = 0.0138；图2E，3E）。


在LUSC对直肠癌的MR研究中，作者发现这两种癌症之间存在显著的遗传相关性（IVW：OR = 1.3719；95% CI 1.0687–1.7613；P = 0.0131；简单中位数：OR = 1.3616；95% CI 1.0249–1.8089；P = 0.0332；加权中位数：OR = 1.2885；95% CI 1.0089–1.6456；P = 0.0422；MR-PRESSO：OR = 1.3719；95% CI 1.0687–1.7613；P = 0.0264；MR-RAPS：OR = 1.3871；95% CI 1.1745–1.6383；P = 0.0001；图2F，3F）。


LUAD到CRC的MR结果

在作者对LUAD和整体CRC MR的调查中，作者没有观察到LUAD和整体CRC之间的任何显著的遗传关联（IVW：OR = 0.9993；95% CI 0.9975–1.0010；P = 0.4092；简单中位数：OR = 1.00001；95% CI 0.9979–1.0021；P = 0.9956；加权中位数：OR = 0.9990；95% CI 0.9970–1.0011；P = 0.3512；MR-PRESSO：OR = 0.9993；95% CI 0.9975–1.0010；P = 0.4306；MR-RAPS：OR = 0.9993；95% CI 0.9978–1.0007；P = 0.2932；图2G，3G）。


在作者对LUAD和结肠癌的MR研究中，作者没有观察到这两种疾病之间存在显著的遗传相关性（IVW：OR = 1.0004；95% CI 0.9993–1.0014；P = 0.5073；简单中位数：OR = 1.0007；95% CI 0.9992–1.0021；P = 0.3669；加权中位数：OR = 1.0003；95% CI 0.9990–1.0016；P = 0.6627；MR-PRESSO：OR = 1.0004；95% CI = 0.9993–1.0014；P = 0.5239；MR-RAPS：OR = 1.0004；95% CI 0.9994–1.0014；P = 0.4726；图2H，3H）。


在LUAD到直肠癌的MR研究中，作者没有发现LUAD和直肠癌在基因水平上存在显著相关性（IVW：OR = 0.8882；95% CI 0.7156–1.1026；P = 0.2825；简单中位数：OR = 0.8301；95% CI 0.6190–1.1132；P = 0.2136；加权中位数：OR = 0.8268；95% CI 0.6180–1.1063；P = 0.2005；MR-PRESSO：OR = 0.8882；95% CI 0.7576–1.0414；P = 0.1783；MR-RAPS：OR = 0.8874；95% CI 0.7114–1.1068；P = 0.2892；图2I，I，33I）。


CRC到LC的MR分析结果


工具变量的选择

在CRC到LC MR分析中，GWAS研究中的56个总体CRC，45个结肠癌和29个直肠癌IVs达到了显著差异（5 × 10 –8 ）。在SNPs数据集中已经确定了一个回文序列（总体CRC，结肠癌和直肠癌：rs11874392）。根据遗传变异位点之间的LD状态，选择了与总体CRC，结肠癌和直肠癌相关的50个，39个和25个独立IVs，没有LD相关性（5个总体CRC，5个结肠癌和3个直肠癌IVs不是LD独立的。r 2 < 0.01，窗口= 500 kb）。使用PhenoScanner数据库删除与混杂因素相关的IVs（吸烟：rs597808；饮酒：rs174533；BMI：rs1446585，rs597808，rs174533，rs1446585）。最终，作者确定了47个总体CRC的遗传IVs，37个结肠癌的IVs和25个直肠癌的IVs（附加文件3：表S2）。


整体结直肠癌到肝癌的MR结果

关于反向MR，在整体CRC到整体LC MR研究中，作者没有观察到整体CRC和整体LC之间的任何显著遗传关联（IVW：OR = 1.0074；95% CI 0.9112–1.1137；P = 0.8852；简单中位数：OR = 1.0443；95% CI 0.9027–1.2081；P = 0.5599；加权中位数：OR = 1.029；95% CI 0.8929–1.1857；P = 0.6930；MR-PRESSO：OR = 1.0074；95% CI 0.9285–1.0930；P = 0.8598；MR-RAPS：OR = 1.0075；95% CI 0.9870–1.1171；P = 0.8866；图4A，5A）。

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结肠癌的MR结果转为肝癌

在结直肠癌和整体LC MR研究中，作者在遗传水平上没有获得任何统计学上显著的结直肠癌和整体LC之间的关联（IVW：OR = 1.008；95% CI 0.8989–1.1302；P = 0.8921；简单中位数：OR = 1.0609；95% CI 0.8978–1.2535；P = 0.4876；加权中位数：OR = 1.0609；95% CI 0.9027–0.9027；P = 0.4727；MR-PRESSO：OR = 1.008；95% CI 0.9168–1.1081；P = 0.8708；MR-RAPS：OR = 1.0081；95% CI 0.8961–1.1342；P = 0.8931；图4D，5D）。


在结直肠癌和肺鳞状细胞癌之间，作者没有检测到两种癌症之间的显著遗传相关性（IVW：OR = 1.1206；95% CI 0.909–1.3815；P = 0.2861；简单中位数：OR = 1.2645；95% CI 0.9283–1.7226；P = 0.1367；加权中位数：OR = 1.2259；95% CI 0.9063–1.6584；P = 0.1864；MR-PRESSO：OR = 1.1206；95% CI 0.909–1.3815；P = 0.2917；MR-RAPS：OR = 1.1237；95% CI 0.9073–1.3916；P = 0.2852；图4E，5E）。


在结直肠癌到LUAD MR研究中，作者也没有在遗传水平上发现这两种疾病之间的显著相关性（IVW：OR = 1.1274；95% CI 0.9309–1.3652；P = 0.2197；简单中位数：OR = 1.0898；95% CI 0.8275–1.4353；P = 0.5404；加权中位数：OR = 1.0963；95% CI 0.8369–1.436；P = 0.5045；MR-PRESSO：OR = 1.1274；95% CI 0.9537–1.3326；P = 0.1687；MR-RAPS：OR = 1.13；95% CI 0.9279–1.3762；P = 0.2240；图4F，5F）。


直肠癌的MR结果

在直肠癌和整体LC MR中，作者没有发现直肠癌和整体LC之间的显著遗传关联（IVW：OR = 1.0508；95% CI 0.9214–1.1984；P = 0.4596；简单中位数：OR = 1.0443；95% CI 0.8625–1.2644；P = 0.6570；加权中位数：OR = 1.0892；95% CI 0.9039–1.3125；P = 0.3692；MR-PRESSO：OR = 1.0508；95% CI 0.9412–1.1732；P = 0.3867；MR-RAPS：OR = 1.0517；95% CI 0.9191–1.2034；P = 0.4636；图4G，5G）。


在直肠癌到肺鳞状细胞癌的MR中，作者在遗传水平上没有得到两种疾病之间的显著相关性（IVW：OR = 1.1469；95% CI 0.8727–1.5071；P = 0.3255；简单中位数：OR = 1.1889；95% CI 0.7967–1.774；P = 0.3969；加权中位数：OR = 1.17；95% CI 0.7918–1.7288；P = 0.4307；MR-PRESSO：OR = 1.1469；95% CI 0.8794–1.4957；P = 0.3219；MR-RAPS：OR = 1.1502；95% CI 0.8696–1.5213；P = 0.3267；图4H，5H）。


在直肠癌与LUAD MR研究中，作者没有发现直肠癌与LUAD之间存在显著的遗传相关性（IVW：OR = 1.0617；95% CI 0.8522–1.3227；P = 0.5933；简单中位数：OR = 1.0992；95% CI 0.8026–1.5052；P = 0.5556；加权中位数：OR = 1.0856；95% CI 0.7976–1.4776；P = 0.6016；MR-PRESSO：OR = 1.0617；95% CI 0.861–1.3093；P = 0.5806；MR-RAPS：OR = 1.063；95% CI 0.8487–1.3313；P = 0.5949；图4I，5I）。


水平多效性和异质性测试

在LC总体和LUSC对直肠癌的MR分析中，Cochrane的Q检验显示LC总体和LUSC IVs之间存在一定的异质性（LC总体：Q = 40.737，P = 0.003；LUSC：Q = 32.833，P = 0.003；附加文件2：表S1）。留一出图表明在LC总体和LUSC对直肠癌的MR中没有单个SNP驱动遗传关联（附加文件1：图S1）。在其他任何MR分析组中都没有发现异质性。


MR-Egger回归分析显示，IVs的水平多效性在LUAD到CRC整体和结肠癌MR分析中存在（CRC整体：P = 0.019；结肠癌：P = 0.048；附加文件2：表S1）。在LUAD到CRC整体和结肠癌MR分析中，MR-PRESSO方法未发现具有水平多效性的IVs。在任何其他MR分析组中均未发现水平多效性。


GRS分析结果

&nbsp;
GRS 到 CRC

与LC对CRC的MR结果一致，GRS overall LC 显示整体LC和CRC（整体CRC、结肠癌和直肠癌）在遗传水平上存在关联（整体CRC：OR = 1.0026，95% CI 1.0012–1.0039，P = 0.0002；结肠癌：OR = 1.0014，95% CI 1.0005–1.0023，P = 0.0028；直肠癌：OR = 1.5979，95% CI 1.2695–2.0013，P = 6.53E-05）（表格1）。同样，GRS LUSC 显示LUSC和CRC（整体CRC、结肠癌和直肠癌）在遗传水平上存在关联（整体CRC：OR = 1.0017，95% CI 1.0008–1.0026，P = 0.0002；结肠癌：OR = 1.0008，95% CI 1.0002–1.0014，P = 0.01；直肠癌：OR = 1.3719，95% CI 1.1654–1.6150，P = 0.0001）（表格1）。然而，GRS LUAD 在遗传水平上未发现LUAD和CRC（整体CRC、结肠癌和直肠癌）之间的任何相关性（整体CRC：OR = 0.9993，95% CI 0.9979–1.0007，P = 0.3；结肠癌：OR = 1.0004，95% CI 0.9994–1.0013，P = 0.47；直肠癌：OR = 0.8882，95% CI 0.7156–1.1026，P = 0.28）（表格1）。


GRS 到 LC

对于GRS CRC 到LC分析，结果显示整体CRC和LC（整体LC，LUSC和LUAD）在遗传水平上没有关联（整体LC：OR = 1.0074，95% CI 0.9112–1.1137，P = 0.89；LUSC：OR = 1.1206，95% CI 0.9096–1.3806，P = 0.28；LUAD：OR = 1.0634，95% CI 0.8991–1.2577，P = 0.47）（表格1）。同上，GRS colon cancer 显示结肠癌和LC（整体LC，LUSC和LUAD）在遗传水平上没有关联（整体LC：OR = 1.0080，95% CI 0.8989–1.1302，P = 0.89；LUSC：OR = 1.2085，95% CI 0.9525–1.5332，P = 0.12；LUAD：OR = 1.1274，95% CI 0.9309–1.3652，P = 0.22）（表格1）。同样，GRS rectal cancer 在遗传水平上没有发现直肠癌和LC之间的任何相关性（整体LC：OR = 1.0508，95% CI 0.9214–1.1984，P = 0.46；LUSC：OR = 1.1469，95% CI 0.8727–1.5072，P = 0.33；LUAD：OR = 1.0617，95% CI 0.8522–1.3227，P = 0.59）（表格1）。GRS CRC 到LC的结果与CRC到LC的MR结果一致。



总结

总之，这项研究建立了PLC和CRC之间的遗传关联，为精确预防PLC后的SPC-CRC提供了重要依据，提示作者应更加关注SPC-CRC的发生率，并尽早进行干预和治疗。对这篇文章的思路感兴趣的老师，欢迎咨询！


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OSPF——开放最短路径优先、多区域OSPF

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目录 1 内部网关协议 OSPF 1.1 三个主要特点&#xff08;生成拓扑图) 其他特点 1.2 链路状态数据库 (link-state database) 1.3 链路状态路由过程 1.4 OSPF 的五种分组类型 1.4.1 OSPF 分组用 IP 数据报传送 1.5 OSPF 工作过程 1.6 OSPF 定义五种网络类型 1.7 多路访…
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WAF 无法防护的八种风险

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一、目录遍历漏洞 测试用例&#xff1a;Apache 目录遍历漏洞 测试环境搭建&#xff1a; apt intsall apache2 && cd /var/www/html/ && rm index.html无法拦截原因&#xff1a; 请求中无明显恶意特征&#xff0c;无法判断为攻击行为 实战数据&#xff1a; 截…
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