优雅地展示20w单细胞热图|非Doheatmap 超大数据集细胞数太多

news2024/11/13 15:19:02

单细胞超大数据集的热图怎么画？昨天刚做完展示20万单细胞的热图要这么画吗？ 今天就有人发消息问我为啥他画出来的热图有问题。

问题起源

昨天分享完 20万单细胞的热图要这么画吗？，就有人问为啥他的数据会出错。我们先来看下他的数据

数据输入部分

cluster_gene_stat=FindAllMarkers(d.all,only.pos = TRUE,logfc.threshold = 0.4)head(cluster_gene_stat)table(cluster_gene_stat$cluster)DimPlot(d.all)d.all$orig.ident=Idents(d.all)table(d.all$orig.ident)Idents(d.all)=paste0('cluster',d.all$orig.ident)a=AverageExpression(d.all,return.seurat = TRUE)a$orig.ident=rownames(a@meta.data)head(a@meta.data)head(markers)markers=cluster_gene_statDoHeatmap(a,draw.lines = FALSE, slot = 'scale.data',assay = 'SCT',          features = markers %>%group_by(cluster) %>%dplyr::slice_max(avg_log2FC,n = 5) %>% .$gene )

画图所需数据

他画出来的图是这样：

markers$cluster=paste0("cluster",markers$cluster)markers$cluster=factor(markers$cluster,levels = unique(markers$cluster))DoHeatmap(a,draw.lines = FALSE, slot = 'scale.data',assay = 'SCT',          features = markers %>%group_by(cluster) %>%dplyr::slice_max(avg_log2FC,n = 5) %>% .$gene )

和我的图20万单细胞的热图要这么画吗？ 区别在于没有列名，图注也不完整，且热图色块是乱序的

解决方法

1. 方倒是简单，重新添加列名即可添加即可

Idents(d.all)=paste0('cluster',d.all$orig.ident)a=AverageExpression(d.all,return.seurat = TRUE)a$orig.ident=rownames(a@meta.data)DoHeatmap(a,draw.lines = FALSE, slot = 'scale.data',      assay = 'SCT',group.by = 'orig.ident',          features = markers %>%group_by(cluster) %>%dplyr::slice_max(avg_log2FC,n = 5) %>% .$gene )

2. 调整因子顺序，让热图中的色块更好看些

markers$cluster=factor(markers$cluster,levels = paste0('cluster',seq(0,8,1)) )head(markers)head(a@meta.data)DoHeatmap(a,draw.lines = FALSE, slot = 'scale.data',assay = 'SCT',group.by = 'orig.ident',          features = markers %>%group_by(cluster) %>%dplyr::slice_max(avg_log2FC,n = 5) %>% .$gene )

但是你会发现右边地图注少了cluster8。

为什么cluster8会缺失？我觉得这是bug，盲猜可能由于markers内的cluster8对应地基因在a里是na

3. 自己手动添加图注cluster8即可

DoHeatmap(a,features =  markers %>%group_by(cluster) %>%dplyr::slice_max(avg_log2FC,n = 5) %>% .$gene,          draw.lines = FALSE,group.by = 'orig.ident') +  ggplot2:: scale_color_discrete(name = "Identity", labels =  paste0('cluster',seq(0,8,1))  )

3. 如果热图中想多加几个基因的话

DoHeatmap(a,features =  markers %>%group_by(cluster) %>%dplyr::slice_max(avg_log2FC,n = 15) %>% .$gene,          draw.lines = FALSE,group.by = 'orig.ident') +  ggplot2:: scale_color_discrete(name = "Identity", labels =  paste0('cluster',seq(0,8,1))  )