易基因技术推介|m1A RNA甲基化测序(MeRIP-seq/m1A-seq)

news2024/11/10 10:21:29

N1-甲基腺苷(N1-methyladenosine,m1A)是一种普遍存在于真核生物tRNA、rRNA和mRNA且可逆的转录后RNA修饰。基于高通量测序技术最新研究揭示m1A RNA修饰在基因调控和生物过程中的关键作用:对RNA稳定性和翻译起始等过程有着重要调节作用,广泛参与多种疾病的发生和发展。

m1A RNA修饰的检测,易基因采用基于抗体富集的甲基化RNA免疫沉淀测序方法(MeRIP-seq/m1A-seq),该技术利用m1A特异性抗体富集发生m1A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,对RNA上的m1A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。

易基因提供适用于不同科研需求的m1A-seq技术:

m1A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(m1A-seq)
m1A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-m1A-seq)
m1A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化测序(Micro-lnc-m1A-seq)

技术优势:

起始量低:样本起始量可降低至10-20μg,最低仅需1μg总RNA;
转录组范围内:可以同时检测mRNA和lncRNA;
样本要求:可用于动物、植物、细胞及组织的m1A检测;
重复性高:IP富集重复性高,最大化降低抗体富集偏差
应用范围广:广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症的发生与发展、药物应答等研究领域。

技术路线:

实验策略:

图:微量MeRIP-seq实验流程

分析内容:

送样要求:

典型案例:

真核生物mRNA中的m1A甲基化动态变化研究

The dynamic N1-methyladenosine methylome in eukaryotic messenger RNA

背景

m1A RNA甲基化发生在Watson-Crick区域,可能影响RNA碱基配对,还促进腺苷修饰在生理条件下带正电荷,可能会显著改变RNA结构和蛋白质-RNA互作。

方法

研究人员对人HeLa(宫颈腺癌),HepG2(肝细胞癌)和HEK293(胚胎肾)细胞系(ATCC)和原代小鼠胚胎成纤维细胞(MEF)(C57BL / 6,ATCC)进行基于抗体富集的RNA甲基化免疫沉淀测序(MeRIP-seq,m1A-seq),在转录组范围定位m1A位点,并将其与Dimroth重排反应进行耦联以获得高分辨率m1A图谱。

结果

m1A-seq结果表明m1A在第一个剪接位点上游起始密码子周围富集:m1A倾向于修饰翻译起始位点周围一些更结构化的区域,可以对生理条件做出动态响应,并与蛋白质生成呈正相关。这些特异性特征在小鼠与人类细胞中高度保守,证明了m1A在促进mRNA甲基化翻译中发挥作用。

图:m1A-seq表明m1A与人转录组中的翻译起始位点(TIS)相关

参考文献:

Dominissini D, et al. The dynamic N(1)-methyladenosine methylome in eukaryotic messenger RNA. Nature. 2016 Feb 25;530(7591):441-6. pii: nature16998.

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