0. 说明：

利用 PDB 提供的在线工具 PDB Alignment Tool (https://www.rcsb.org/alignment) 对 PDB 中多个蛋白进行结构比对，并将比对结果输出，用于后续计算不同链上氨基酸之间的距离。

1. 步骤（以 3GBM_A, 3FKU_A 和 2FK0_A 为例）

1.1 选择蛋白、链以及比对方法（以TM-align为例）：

1.2 比对结果：

1.3 下载结构比对后的结构文件：

结构可视化的结果如下：

1.4 结果说明：

比对后的结构文件下载完成后，每个 .cif 文件都是坐标转换后的结果，可以根据坐标计算不同链上的氨基酸之间的距离。