喜大普奔,凌恩生物明星产品鱼类eDNA产品再次大升级!自建鱼类数据库,本次升级获得了更大的数据库,更全面的物种分类,更多的分析内容,鱼类物种检测更加精准!!
eDNA宏条形码技术在鱼类多样性调查研究中的优势明显,相比于传统的捕捞、拖网监测技术,eDNA宏条形码技术灵敏度更高,能够检出更多的鱼类物种,有效区分海水和淡水鱼类,并且具有高时效性,在水生生态系统物种监测中的意义不可低估。
图 eDNA监测鱼类多样性
图 eDNA鱼类监测文献发表数量统计
凌恩生物基于MitoFish和GenBank等公共数据库,自建了覆盖全面、准确、丰富的MitoFish数据库和Genbank鱼类线粒体数据库。本次升级的鱼类eDNA数据库具体信息如下:
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鱼类线粒体基因组数据库mitogenomes(http://mitofish.aori.u-tokyo.ac.jp/download.html),最新版本含有线粒体序列数量:811468,原来老版本序列数量:705284;提升比例:15%。
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鱼类线粒体COI基因数据库(FishCOI),根据最新Genbank数据整理,最新版本含有线粒体序列数量:223373。原来老版本序列数量:189372;提升比例:18%。
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更完整的海水,淡水鱼类分类,包括18686个淡水鱼类名录、17828 个海水鱼类名录。
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增加濒危物种鱼类分析:查询“中国生物多样性红色名录”得到濒危鱼类数量:1586个,其中1322个淡水鱼类、65个海水鱼类、264个无法分类。
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物种添加了中文名称描述,更适合中国老师,例如:“d__Eukaryota;p__Chordata;c__Actinopteri;o__Cypriniformes;f__Xenocyprididae;g__Hypophthalmichthys;s__Hypophthalmichthys molitrix”,中文名为:“脊索动物门;辐鳍鱼纲;鲤形目;鳃鱼科;鲟鲢属;鲢鱼”。
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添加了鱼类物种图片,更利于老师分析。
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增加潜在外来物种检测分析。
凌恩生物鱼类eDNA项目结题报告增加分析内容:
1、增加各分类水平鱼类拉丁名对应的中文名称
2、增加濒危物种鱼类统计分析,濒危等级(https://m.thepaper.cn/baijiahao_12141475):灭绝(EX)、极危(CR)、濒危(EN)、易危(VU)、近危(NT)、无危(LC)、数据缺乏(DD)。
3、增加每检出种鱼类的图片
结果目录:fish-figure/,检出鱼类图片,文件名即对应鱼类:g__属名_s__种名.图片编号.jpg。
4、潜在外来物种识别统计分析,根据检出的鱼类物种名称,在FishBase数据库中获得该物种在全球水环境中的主要分布地区,结果如下表所示,根据物种主要分布地区与研究地区的比较,识别可能的外来入侵物种。
部分分析图片展示:
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