实验篇——基因组共线性分析

---

前言

本文主要介绍了使用TBtools软件来进行基因组间的共线性分析，并进行可视化。

---

一、名词解释

基因组共线性分析是一种用于比较不同物种或同一物种的基因组序列之间的相似性和共同演化的方法。它可以帮助我们理解基因组的结构和演化过程，并揭示不同物种之间的亲缘关系。

共线性是指两个或多个基因组中的基因在位置和顺序上的相似性

二、实操

基于TBtools软件

1. 文件准备

准备基因组fasta文件以及对应的注释文件gff文件。
例如：
我从http://plants.ensembl.org/index.html 官网中下载拟南芥和水稻的基因组文件和注释文件

在这里插入图片描述

2. 共线性分析

点击菜单栏中的"Graphics",再点击"Comparative Genomics",最后点击 " One Step MCScanX".

3. 共线性可视化

上一步分析结果得到了许多文件，其中只要 Ctl、GFF、Collinearity 这三个文件

点击菜单栏中的"Graphics",再点击"Comparative Genomics",最后点击" Dual Systeny Plot for MCScanX "

4. 多个物种共线性可视化

再下载Brassica rapa（油菜）的基因组文件和gff文件。并与拟南芥进行共线性分析，如图：

参考文章

点击菜单栏中的"Graphics",再点击"Comparative Genomics",最后点击" Unlimited Synteny Visualization " ,

---

总结

对于物种间共线性的分析，使用TBtools软件，主要是基于MCScanx工具的算法进行的。可以用于检测和可视化基因组中的共线性区域，从而发现不同物种中的保守基因组区域。

借问酒家何处有，牧童遥指杏花村。

–2023-8-22 实验篇