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细胞生信分析教程

桓峰基因公众号推出单细胞生信分析教程并配有视频在线教程，目前整理出来的相关教程目录如下：

Topic 6. 克隆进化之 Canopy

Topic 7. 克隆进化之 Cardelino

Topic 8. 克隆进化之 RobustClone

SCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生

SCS【2】单细胞转录组 之 cellranger

SCS【3】单细胞转录组数据 GEO 下载及读取

SCS【4】单细胞转录组数据可视化分析 (Seurat 4.0)

SCS【5】单细胞转录组数据可视化分析 (scater)

SCS【6】单细胞转录组之细胞类型自动注释 (SingleR)

SCS【7】单细胞转录组之轨迹分析 (Monocle 3) 聚类、分类和计数细胞

SCS【8】单细胞转录组之筛选标记基因 (Monocle 3)

SCS【9】单细胞转录组之构建细胞轨迹 (Monocle 3)

SCS【10】单细胞转录组之差异表达分析 (Monocle 3)

SCS【11】单细胞ATAC-seq 可视化分析 (Cicero)

SCS【12】单细胞转录组之评估不同单细胞亚群的分化潜能 (Cytotrace)

SCS【13】单细胞转录组之识别细胞对“基因集”的响应 (AUCell)

SCS【14】单细胞调节网络推理和聚类 (SCENIC)

SCS【15】细胞交互：受体-配体及其相互作用的细胞通讯数据库 (CellPhoneDB)

SCS【16】从肿瘤单细胞RNA-Seq数据中推断拷贝数变化 (inferCNV)

SCS【17】从单细胞转录组推断肿瘤的CNV和亚克隆 (copyKAT)

SCS【18】细胞交互：受体-配体及其相互作用的细胞通讯数据库 (iTALK)

SCS【19】单细胞自动注释细胞类型 (Symphony)

SCS【20】单细胞数据估计组织中细胞类型(Music)

SCS【21】单细胞空间转录组可视化 (Seurat V5)

SCS【22】单细胞转录组之 RNA 速度估计 (Velocyto.R)

SCS【23】单细胞转录组之数据整合 (Harmony)

SCS【24】单细胞数据量化代谢的计算方法 (scMetabolism)

SCS【25】单细胞细胞间通信第一部分细胞通讯可视化（CellChat）

SCS【26】单细胞细胞间通信第二部分通信网络的系统分析（CellChat）

SCS【27】单细胞转录组之识别标记基因 （scran）

SCS【28】单细胞转录组加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)

SCS【29】单细胞基因富集分析 (singleseqgset)

SCS【30】单细胞空间转录组学数据库(STOmics DB)

这期继续为大家介绍单细胞好用的数据库及在线工具，就像之前说的那样，数据库及在线工具用的好，即使不会写代码也可以发高分，事半功倍的效果，继续介绍的单细胞数据库为SCP (Single Cell PORTAL)，有些类似 TCGA PORTAL的使用，下面仔细看下吧！

简介

开发单细胞门户是为了促进科学成果的共享，并传播由单细胞技术产生的数据。我们努力使开放科学和开放数据具有互动性、简单性和强大性。我们希望你能成为这一惊人的科学努力的一部分!

网站：https://singlecell.broadinstitute.org/single_cell

当您在门户网站中进行研究时，其他人将能够:

• 查看您的单细胞和单细胞集如何聚集的多个高度交互式可视化。为了增强这些图，您可以指定许多元数据(分类的和连续的)，以便其他人使用颜色在您的细胞聚类上进行探索。

• 可视化通过细胞绘制并按细胞数据分组的基因表达。例如，人们可以通过不同的测试和控制来探索基因，或者通过与世界交流的新细胞群来探索基因。

• 发现基因在不同细胞聚类上的表达，使他们有机会探索不同细胞群中的基因表达模式(先验地称为某些细胞的标记基因，或负责细胞新分类或功能的基因)。

• 与你在研究中发现对你的科学很重要的基因面板进行交互。

• 下载数据、潜在表达矩阵或fastqs文件，以进一步探索和建立您的科学，在科学文献中产生合作和引用。

在线可以通过两种方式实现数据的搜索及可视化，包括：通过学术研究搜索相关数据，也可以根据基因搜索相关数据，选择对应的物种，组织等信息。

• 在线搜索研究项目

进入官网之后，我们就可以看到 "search studies", 就可以通过organ, species, disease, cell type 等过滤掉一些不相关的内容：

点击“More facets”可以看到其他三个过滤条件：

我们选择第一个研究成果，除了显示title，可以看到title下面显示 5759 Cells，也就是我们可以对这些细胞进行细致的分析。

进入这个研究项目之后，我们就可以进一步分析这些细胞了，首先是summary，这里包括研究项目的介绍:

然后就是 Explore，这里面就包括多个高颜值绘图功能，非常好用，直接下载这里面的图片都是 CNS级别的，都可以直接使用在自己的文章中。绘图包括 Scatter, Distribution, Correlation, Dot plot 和 Heatmap，右侧可以根据需求进行设置。

1. 绘制散点图(Scatter)

马上出现的是所有细胞的Annotated Clusters， 也就是散点图的绘制。

当我们输入一个基因时，右侧会显示可以绘图的内容包括：Scatter and Distribution，其他都为灰色，也就是灰色针对一个基因是分析不了的。上方图显示与PTEN这个基因相关的基因包括：Interactiong gene, Paralogous gene, Searched gene。

右侧可以根据需求更改一些参数，包括聚类，注释，样本选择，以及散点图的颜色等。

2. 绘制分布图(Distribution)

选择Distribution, 可以看到基因所在的细胞类型中的分布值，同时也可以选择 Plot type, 包括 小提琴图和箱线图两种。

3. 绘制相关图(Correlation)

当我们增加一个基因时候，会显示 Correlation, Dot plot and Heatmap 是可以使用的，这是我们看到数据表达量上看不出来区别。

这时我们可以选择右侧的参数设置，Collapse genes by Mean, 这时就显示散点图的方式了。

也可以根据Anntotion选择注释的依据，比如根据cell_type_ontolog_label聚类：

根据biosample_id聚类：

根据 donor_id 聚类还有其他的一些选择，但是需要数据集里面具有这些信息就可以选择。

4. 绘制点图(Dot plot)

同样可以绘制点图，参数的选择不同出现结果也不一样，根据自己的实际情况选择参数即可。

5. 绘制热图 (Heatmap)

选择绘制热图，这时会看到 All Cells的聚类结果：

同样右侧的参数可以自行设置：

与此同时，也可以根据左侧的Tools，选择不同的聚类方式以及对数据的操作等：

也可以根据View，进行放大缩小调整图形页面等：

还会对数据进行操作，具体细节自己研究吧，太多内容了。

最后下载图片和相应的数据就完成分析了。

• 在线搜索基因

除了根据studies进行数据筛选，还可以对基因直接筛选数据，选择 Search genes：

点击进去之后操作同上面一模一样了，就不再赘述了。

这个在线工具是不是非常好用？

学会了轻松拿捏数据分析，顿时觉得自己也行了，关注桓峰基因公众号，轻松学生信，高效写文章！

桓峰基因，铸造成功的您！

未来桓峰基因公众号将不间断的推出单细胞系列生信分析教程，

敬请期待！！

桓峰基因官网正式上线，请大家多多关注，还有很多不足之处，大家多多指正！

http://www.kyohogene.com/

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