🍅 课程：生物信息学_玉泉路_课堂笔记  中科院_2022秋季课 第一学期

🍅 个人笔记使用

🍅 2023/7/20

上周回顾

 

 

从头基因组组装与注释

 

第一节 基因组调查

 

 

 

 

 

 

 最左边的 error-peak 是测序错误导致的

杂合导致的峰

重复序列 在纯和峰值的右边（整数倍的地方出现）

 

整理以上信息可以使用的软件 

 

第二节  从头基因组组装

 

从头组装   VS  比较组装 

 

 从头组装 就像自己拼图 没有参考

 

 

 

 打断 得到reads

 通过测序reads 得到

 contigs 连续的序列 中间没gap 

 scaffolds有 gap

 

 

 

 

 就是有一些杂合

 

 

如何做基因组的组装？

 

 图论的方法去解决

转换成一个图  

 OLC方法

 

 DBG方法 

 

 

 

 

 

 

 

评估基因组组装的好坏

 

 N50 

 L50

 

 

 完整性

 

 

 

 

 

第三节  基因组注释和基因预测

 了解程度

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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