ldsc python程序安装以及测试

news2024/12/27 10:06:24

教程参考:

  • https://zhuanlan.zhihu.com/p/379628546
  • https://github.com/bulik/ldsc

1. 软件安装

1.1 windows安装教程

首先配置:

  • anaconda,为了需要conda环境
  • git,为了下载github中的ldsc程序

打开windows电脑中的promote:

键入命令:

git clone https://github.com/bulik/ldsc.git
cd ldsc
conda env create --file environment.yml
source activate ldsc

可以看到,正在从github中下载ldsc程序:

正在创建conda环境:

报错:
在这里插入图片描述

貌似python没有配置好。

这个bug后面博客更新。

1.2 Linux安装:

下载ldsc软件

git clone https://github.com/bulik/ldsc.git
cd ldsc

在这里插入图片描述
配置conda环境:

conda env create --file environment.yml
source activate ldsc

在这里插入图片描述
还在运行中:

在这里插入图片描述
激活ldsc虚拟环境成功:
在这里插入图片描述

测试是否安装成功:

./ldsc.py -h
./munge_sumstats.py -h

出现下面帮助文档,说明软件安装成功:

在这里插入图片描述

2. 软件测试

里面有test文件 夹,里面有测试数据和代码:

在这里插入图片描述

下一章节介绍ldsc的运行教程。

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