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文章目录
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- 介绍
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- 原理
- 步骤
- 加载R包
- 数据下载
- 导入数据
- 数据预处理
- 计算距离矩阵
- ANOSIM检验
- 非度量多维排列NMDS
- 应力值（stress value）
- 画图
- 输出
- 系统信息
介绍
非度量多维排列（Non-metric Multidimensional Scaling, NMDS）是一种用于可视化多变量样本之间相似性水平的方法。它基于距离矩阵进行排序分析，是一种间接梯度分析方法。NMDS的目标是在低维空间中尽可能准确地展示样本在高维空间中的关系。
原理
- 基于秩次：NMDS将原始的距离矩阵转换为秩矩阵，即关注样本之间的相对排序关系，而不是具体的距离值。例如，如果样本A与样本B的距离是5，而与样本C的距离是10，NMDS会将B视为与A最近的样本，C为次近的样本。
- 灵活性：由于NMDS基于距离矩阵，因此它可以使用任何距离度量方法。这使得NMDS在处理不同类型的数据（如定量、半定量、定性或混合变量）时具有很高的灵活性。
