引言
在医学影像领域,DICOM(Digital Imaging and Communications in Medicine)标准已成为信息交换和存储的核心规范。掌握DICOM文件的读取与解析,对于开发医学影像处理软件至关重要。本文将系统地解析DICOM文件的结构、关键概念,并提供高效的读取与显示方法,旨在为开发者提供清晰、深入且实用的指导。
目录
引言
DICOM文件格式概述
文件结构
DICOM数据元素详解
标签排序与传输语法
关键概念
值表示(VR)
传输语法(Transfer Syntax)
VR 模式下DICOM 数据元素结构
1. 显式 VR(VR 为 OB, OW, OF, UT, SQ, UN)
2. 显式 VR(普通类型,缺少预留字段)
3. 隐式 VR
整体对比
示例图表
显式 VR(特殊 VR)
显式 VR(普通 VR)
隐式 VR
DICOM文件解析流程
步骤一:验证文件标识
步骤二:读取文件元信息
步骤三:解析普通标签与数据元素
步骤四:处理像素数据
高效的像素数据处理
示例代码:优化后的像素数据处理
完整的DICOM解析器实现
使用示例
2. 可能存在的问题与改进建议
2.1 支持的 DICOM 文件类型有限
2.2 缺乏压缩像素数据的处理
2.3 错误处理与异常管理
2.4 对 DICOM 字典的依赖
2.5 性能优化
2.6 内存管理
2.7 支持更多的 DICOM 特性
3. 示例代码的改进与完善
3.1 扩展像素数据处理以支持 RGB 图像
3.2 添加并行处理以提高性能
3.3 处理压缩数据与多帧图像
窗宽窗位(Window Width & Window Center)调整
计算公式
实现示例
性能优化建议
结论
DICOM文件格式概述
DICOM文件不仅包含影像数据,还承载了丰富的元数据,如患者信息、设备参数等。理解其文件结构是顺利解析的基础。
文件结构
- 128字节文件前导部分(Preamble):通常无实际意义,可跳过。
- “DICM”标识:紧接前导部分的4个字符,用于标识文件为DICOM格式。
- 数据元素(Data Elements):由一系列的标签(Tag)组成,每个标签包含详细的信息,直到文件结束。
DICOM数据元素详解
每个数据元素由以下部分构成:
- 标签(Tag):由两个部分组成,组号(Group Number)和元素号(Element Number),每部分各占2字节。例如,
(0008,0018)
。 - 值表示(Value Representation, VR):定义值的数据类型,如整数、字符串等。
- 值长度(Value Length, Length):数据值的字节长度。
- 值(Value):实际的数据内容。
用分层结构表示如下:
+------------------------------------------------------------+
| 数据元素(Data Element) |
+------------------------------------------------------------+
| 标签(Tag) |
| +----------------+----------------+------------------------+ |
| | 组号(0008) | 元素号(0018) | 示例: (0008,0018) | |
| +----------------+----------------+------------------------+ |
+------------------------------------------------------------+
| 值表示(Value Representation, VR) |
| +--------------------------------------------------------+|
| | UI | |
| | 定义为 Unique Identifier (唯一标识符) | |
| +--------------------------------------------------------+ |
+------------------------------------------------------------+
| 值长度(Value Length, Length) |
| +--------------------------------------------------------+ |
| | 16 | |
| +--------------------------------------------------------+ |
+------------------------------------------------------------+
| 值(Value) |
| +--------------------------------------------------------+ |
| | 1.2.840.113619.2.55.3.604688419.78.1590631040.467 | |
| +--------------------------------------------------------+ |
+------------------------------------------------------------+
标签排序与传输语法
数据元素按标签排序存储。传输语法决定了字节序(大端或小端)及VR的显式或隐式表示,影响后续的解析过程。
关键概念
值表示(VR)
VR定义了数据元素值的数据类型。DICOM标准中定义了27种不同的VR类型,如:
- 常见VR:
LO
(Long String)、UL
(Unsigned Long)、US
(Unsigned Short)、DS
(Decimal String)等。 - 复杂VR:
SQ
(Sequence of Items)、OB
(Other Byte)、OW
(Other Word)等。
传输语法(Transfer Syntax)
传输语法定义了DICOM文件的数据编码方式,主要包括:
- 字节序:Little Endian(小端)或 Big Endian(大端)。
- VR表示:显式VR(Explicit VR)或隐式VR(Implicit VR)。
常见的传输语法包括:
1.2.840.10008.1.2
:Implicit VR Little Endian1.2.840.10008.1.2.1
:Explicit VR Little Endian1.2.840.10008.1.2.2
:Explicit VR Big Endian
VR 模式下DICOM 数据元素结构
1. 显式 VR(VR 为 OB, OW, OF, UT, SQ, UN)
字段 | 描述 | 大小 |
---|---|---|
组号 | Group Number | 2 字节 |
元素号 | Element Number | 2 字节 |
VR | Value Representation | 2 字节 |
预留 | Reserved | 2 字节(0x00, 0x00) |
值长度 | Value Length | 4 字节 |
数据元素值 | Data Element Value | 由值长度决定 |
说明:
- VR 为
OB
,OW
,OF
,UT
,SQ
,UN
时,数据元素包含预留字段,且值长度占用 4 字节。
2. 显式 VR(普通类型,缺少预留字段)
字段 | 描述 | 大小 |
---|---|---|
组号 | Group Number | 2 字节 |
元素号 | Element Number | 2 字节 |
VR | Value Representation | 2 字节 |
值长度 | Value Length | 2 字节 |
数据元素值 | Data Element Value | 由值长度决定 |
说明:
- VR 为非
OB
,OW
,OF
,UT
,SQ
,UN
类型时,数据元素不包含预留字段,且值长度占用 2 字节。
3. 隐式 VR
字段 | 描述 | 大小 |
---|---|---|
组号 | Group Number | 2 字节 |
元素号 | Element Number | 2 字节 |
值长度 | Value Length | 4 字节 |
数据元素值 | Data Element Value | 由值长度决定 |
说明:
- 在隐式 VR(Implicit VR)模式下,VR 信息不直接存储,数据元素结构中不包含 VR 字段,且值长度占用 4 字节。
整体对比
模式 | 组号 (2字节) | 元素号 (2字节) | VR (2字节) | 预留 (2字节) | 值长度 | 数据元素值 |
---|---|---|---|---|---|---|
显式 VR(特殊 VR) | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | 4 字节 | 由值长度决定 |
显式 VR(普通 VR) | ✓ | ✓ | ✓ | - | 2 字节 | 由值长度决定 |
隐式 VR | ✓ | ✓ | - | - | 4 字节 | 由值长度决定 |
说明:
- 在 显式 VR 模式下,根据 VR 类型的不同,数据元素的结构有所不同。
- 对于 特殊 VR(
OB
,OW
,OF
,UT
,SQ
,UN
),包含预留字段,值长度占用 4 字节。 - 对于 普通 VR,不包含预留字段,值长度占用 2 字节。
- 对于 特殊 VR(
- 在 隐式 VR 模式下,不包含 VR 字段,值长度占用 4 字节。
示例图表
显式 VR(特殊 VR)
组号 | 元素号 | VR | 预留 | 值长度 | 数据元素值 |
---|---|---|---|---|---|
2 字节 | 2 字节 | 2 字节 | 0x00,0x00 | 4 字节 | 由值长度决定 |
显式 VR(普通 VR)
组号 | 元素号 | VR | 值长度 | 数据元素值 |
---|---|---|---|---|
2 字节 | 2 字节 | 2 字节 | 2 字节 | 由值长度决定 |
隐式 VR
组号 | 元素号 | 值长度 | 数据元素值 |
---|---|---|---|
2 字节 | 2 字节 | 4 字节 | 由值长度决定 |
通过以上列表,可以清晰地了解在不同 VR 模式下,DICOM 数据元素的结构和组成。根据具体的传输语法和 VR 类型,解析器需要相应调整读取和解析的逻辑,以确保正确处理每个数据元素。
DICOM文件解析流程
步骤一:验证文件标识
跳过128字节前导部分,读取接下来的4个字符,确认是否为"DICM"。若非DICOM文件,应报错处理。
步骤二:读取文件元信息
文件元信息包含一组以0002
开头的标签,定义了传输语法等关键参数。解析这些标签,以确定后续数据元素的解析方式。
步骤三:解析普通标签与数据元素
根据传输语法,决定字节序和VR表示方式。逐一读取数据元素,直到遇到像素数据标签(7FE0,0010)
。
步骤四:处理像素数据
根据图像类型(灰度或彩色),解析像素数据。对于灰度图像,应用窗宽窗位(Window Width、Window Center)进行灰度映射,以提升图像的诊断质量。
DICOM文件关键解析步骤的实现:
1. 文件标识与元信息读取
public bool Parse()
{
if (string.IsNullOrEmpty(fileName))
return false;
using (BinaryReader reader = new BinaryReader(File.OpenRead(fileName)))
{