DICOM图像解析:深入解析DICOM格式文件的高效读取与处理

news2024/11/22 15:13:22

引言

        在医学影像领域,DICOM(Digital Imaging and Communications in Medicine)标准已成为信息交换和存储的核心规范。掌握DICOM文件的读取与解析,对于开发医学影像处理软件至关重要。本文将系统地解析DICOM文件的结构、关键概念,并提供高效的读取与显示方法,旨在为开发者提供清晰、深入且实用的指导。

目录

引言

DICOM文件格式概述

文件结构

DICOM数据元素详解

标签排序与传输语法

关键概念

值表示(VR)

传输语法(Transfer Syntax)

  VR 模式下DICOM 数据元素结构

1. 显式 VR(VR 为 OB, OW, OF, UT, SQ, UN)

2. 显式 VR(普通类型,缺少预留字段)

3. 隐式 VR

整体对比

示例图表

显式 VR(特殊 VR)

显式 VR(普通 VR)

隐式 VR

DICOM文件解析流程

步骤一:验证文件标识

步骤二:读取文件元信息

步骤三:解析普通标签与数据元素

步骤四:处理像素数据

高效的像素数据处理

示例代码:优化后的像素数据处理

完整的DICOM解析器实现

使用示例

2. 可能存在的问题与改进建议

2.1 支持的 DICOM 文件类型有限

2.2 缺乏压缩像素数据的处理

2.3 错误处理与异常管理

2.4 对 DICOM 字典的依赖

2.5 性能优化

2.6 内存管理

2.7 支持更多的 DICOM 特性

3. 示例代码的改进与完善

3.1 扩展像素数据处理以支持 RGB 图像

3.2 添加并行处理以提高性能

3.3 处理压缩数据与多帧图像

窗宽窗位(Window Width & Window Center)调整

计算公式

实现示例

性能优化建议

结论


DICOM文件格式概述

DICOM文件不仅包含影像数据,还承载了丰富的元数据,如患者信息、设备参数等。理解其文件结构是顺利解析的基础。

文件结构

  1. 128字节文件前导部分(Preamble):通常无实际意义,可跳过。
  2. “DICM”标识:紧接前导部分的4个字符,用于标识文件为DICOM格式。
  3. 数据元素(Data Elements):由一系列的标签(Tag)组成,每个标签包含详细的信息,直到文件结束。

DICOM数据元素详解

每个数据元素由以下部分构成:

  • 标签(Tag):由两个部分组成,组号(Group Number)和元素号(Element Number),每部分各占2字节。例如,(0008,0018)
  • 值表示(Value Representation, VR):定义值的数据类型,如整数、字符串等。
  • 值长度(Value Length, Length):数据值的字节长度。
  • 值(Value):实际的数据内容。

用分层结构表示如下:

+------------------------------------------------------------+
|                    数据元素(Data Element)                  |
+------------------------------------------------------------+
|                        标签(Tag)                           |
|  +----------------+----------------+------------------------+ |
|  | 组号(0008)   | 元素号(0018)  | 示例: (0008,0018)         | |
|  +----------------+----------------+------------------------+ |
+------------------------------------------------------------+
|                值表示(Value Representation, VR)           |
|  +--------------------------------------------------------+|
|  |                      UI                              | |
|  |           定义为 Unique Identifier (唯一标识符)          | |
|  +--------------------------------------------------------+ |
+------------------------------------------------------------+
|               值长度(Value Length, Length)                |
|  +--------------------------------------------------------+ |
|  |                      16                                 | |
|  +--------------------------------------------------------+ |
+------------------------------------------------------------+
|                        值(Value)                           |
|  +--------------------------------------------------------+ |
|  | 1.2.840.113619.2.55.3.604688419.78.1590631040.467       | |
|  +--------------------------------------------------------+ |
+------------------------------------------------------------+

标签排序与传输语法

        数据元素按标签排序存储。传输语法决定了字节序(大端或小端)及VR的显式或隐式表示,影响后续的解析过程。

关键概念

值表示(VR)

VR定义了数据元素值的数据类型。DICOM标准中定义了27种不同的VR类型,如:

  • 常见VRLO(Long String)、UL(Unsigned Long)、US(Unsigned Short)、DS(Decimal String)等。
  • 复杂VRSQ(Sequence of Items)、OB(Other Byte)、OW(Other Word)等。

传输语法(Transfer Syntax)

传输语法定义了DICOM文件的数据编码方式,主要包括:

  • 字节序:Little Endian(小端)或 Big Endian(大端)。
  • VR表示:显式VR(Explicit VR)或隐式VR(Implicit VR)。

常见的传输语法包括:

  • 1.2.840.10008.1.2:Implicit VR Little Endian
  • 1.2.840.10008.1.2.1:Explicit VR Little Endian
  • 1.2.840.10008.1.2.2:Explicit VR Big Endian

  VR 模式下DICOM 数据元素结构

1. 显式 VR(VR 为 OBOWOFUTSQUN
字段 描述 大小
组号 Group Number 2 字节
元素号 Element Number 2 字节
VR Value Representation 2 字节
预留 Reserved 2 字节(0x00, 0x00)
值长度 Value Length 4 字节
数据元素值 Data Element Value 由值长度决定

说明:

  • VR 为 OBOWOFUTSQUN 时,数据元素包含预留字段,且值长度占用 4 字节。
2. 显式 VR(普通类型,缺少预留字段)
字段 描述 大小
组号 Group Number 2 字节
元素号 Element Number 2 字节
VR Value Representation 2 字节
值长度 Value Length 2 字节
数据元素值 Data Element Value 由值长度决定

说明:

  • VR 为非 OBOWOFUTSQUN 类型时,数据元素不包含预留字段,且值长度占用 2 字节。
3. 隐式 VR
字段 描述 大小
组号 Group Number 2 字节
元素号 Element Number 2 字节
值长度 Value Length 4 字节
数据元素值 Data Element Value 由值长度决定

说明:

  • 在隐式 VR(Implicit VR)模式下,VR 信息不直接存储,数据元素结构中不包含 VR 字段,且值长度占用 4 字节。

整体对比
模式 组号 (2字节) 元素号 (2字节) VR (2字节) 预留 (2字节) 值长度 数据元素值
显式 VR(特殊 VR) 4 字节 由值长度决定
显式 VR(普通 VR) - 2 字节 由值长度决定
隐式 VR - - 4 字节 由值长度决定

说明:

  • 在 显式 VR 模式下,根据 VR 类型的不同,数据元素的结构有所不同。
    • 对于 特殊 VROBOWOFUTSQUN),包含预留字段,值长度占用 4 字节。
    • 对于 普通 VR,不包含预留字段,值长度占用 2 字节。
  • 在 隐式 VR 模式下,不包含 VR 字段,值长度占用 4 字节。

示例图表
显式 VR(特殊 VR)
组号 元素号 VR 预留 值长度 数据元素值
2 字节 2 字节 2 字节 0x00,0x00 4 字节 由值长度决定
显式 VR(普通 VR)
组号 元素号 VR 值长度 数据元素值
2 字节 2 字节 2 字节 2 字节 由值长度决定
隐式 VR
组号 元素号 值长度 数据元素值
2 字节 2 字节 4 字节 由值长度决定

        通过以上列表,可以清晰地了解在不同 VR 模式下,DICOM 数据元素的结构和组成。根据具体的传输语法和 VR 类型,解析器需要相应调整读取和解析的逻辑,以确保正确处理每个数据元素。 

DICOM文件解析流程

步骤一:验证文件标识

跳过128字节前导部分,读取接下来的4个字符,确认是否为"DICM"。若非DICOM文件,应报错处理。

步骤二:读取文件元信息

文件元信息包含一组以0002开头的标签,定义了传输语法等关键参数。解析这些标签,以确定后续数据元素的解析方式。

步骤三:解析普通标签与数据元素

根据传输语法,决定字节序和VR表示方式。逐一读取数据元素,直到遇到像素数据标签(7FE0,0010)

步骤四:处理像素数据

根据图像类型(灰度或彩色),解析像素数据。对于灰度图像,应用窗宽窗位(Window Width、Window Center)进行灰度映射,以提升图像的诊断质量。

DICOM文件关键解析步骤的实现:

1. 文件标识与元信息读取

public bool Parse()
{
    if (string.IsNullOrEmpty(fileName))
        return false;
    
    using (BinaryReader reader = new BinaryReader(File.OpenRead(fileName)))
    {
 

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.coloradmin.cn/o/2245393.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈,一经查实,立即删除!

相关文章

npm上传自己封装的插件(vue+vite)

一、npm账号及发包删包等命令 若没有账号,可在npm官网:https://www.npmjs.com/login 进行注册。 在当前项目根目录下打开终端命令窗口,常见命令如下: 1、登录命令:npm login(不用每次都重新登录&#xff0…

SpringAOP模拟实现

文章目录 1_底层切点、通知、切面2_切点匹配3_从 Aspect 到 Advisor1_代理创建器2_代理创建时机3_Before 对应的低级通知 4_静态通知调用1_通知调用过程2_模拟 MethodInvocation 5_动态通知调用 1_底层切点、通知、切面 注意点: 底层的切点实现底层的通知实现底层的…

Scala学习记录,全文单词统计

全文单词统计: 可分为以下几个步骤: 1.读取文件,得到很长的字符串 2.把字符串拆分成一个一个的单词 3.统计每个单词出现的次数 4.排序 5.把结果写入到一个文件中 完整代码如下: import java.io.PrintWriter import scala.io.So…

【UE5】使用基元数据对材质传参,从而避免新建材质实例

在项目中,经常会遇到这样的需求:多个模型(例如 100 个)使用相同的材质,但每个模型需要不同的参数设置,比如不同的颜色或随机种子等。 在这种情况下,创建 100 个实例材质不是最佳选择。正确的做…

电子应用设计方案-16:智能全屋灯光系统方案设计

智能全屋灯光系统方案设计 一、系统概述 本智能全屋灯光系统旨在为用户提供便捷、舒适、节能且个性化的照明体验,通过智能化的控制方式实现对全屋灯光的集中管理和灵活调控。 二、系统组成 1. 智能灯具 - 包括吸顶灯、吊灯、壁灯、台灯、筒灯、射灯等多种类型&#…

逆向题(23):nss:2956(花指令)

nss:2956(花指令) 打开主程序后,我们发现在这里有问题。而且跟之前学长讲的不一样。 我们学学长那样,先分解成数据,然后一步步从上往下按c去做,看看最后还会不会报错, 很显然没有…

28.<Spring博客系统⑤(部署的整个过程(CentOS))>

引入依赖 Spring-boot-maven-plugin 用maven进行打包的时候必须用到这个插件。看看自己pom.xml中有没有这个插件 并且看看配置正确不正常。 注&#xff1a;我们这个项目打的jar包在30MB左右。 <plugin><groupId>org.springframework.boot</groupId><artif…

力扣力扣力:860柠檬水找零

860. 柠檬水找零 - 力扣&#xff08;LeetCode&#xff09; 需要注意的是&#xff0c;我们一开始是没有任何钱的&#xff0c;也就是说我们需要拿着顾客的钱去找零。如果第一位顾客上来就是要找零那么我们无法完成&#xff0c;只能返回false。 分析&#xff1a; 上来我们先不分…

[开源] SafeLine 好用的Web 应用防火墙(WAF)

SafeLine&#xff0c;中文名 “雷池”&#xff0c;是一款简单好用, 效果突出的 Web 应用防火墙(WAF)&#xff0c;可以保护 Web 服务不受黑客攻击 一、简介 雷池通过过滤和监控 Web 应用与互联网之间的 HTTP 流量来保护 Web 服务。可以保护 Web 服务免受 SQL 注入、XSS、 代码注…

【动手学深度学习Pytorch】1. 线性回归代码

零实现 导入所需要的包&#xff1a; # %matplotlib inline import random import torch from d2l import torch as d2l import matplotlib.pyplot as plt import matplotlib import os构造人造数据集&#xff1a;假设w[2, -3.4]&#xff0c;b4.2&#xff0c;存在随机噪音&…

Keil基于ARM Compiler 5的工程迁移为ARM Compiler 6的工程

环境&#xff1a; keil版本为5.38&#xff0c;版本务必高于5.30 STM32F4的pack包版本要高于2.9 软件包下载地址&#xff1a;https://zhuanlan.zhihu.com/p/262507061 一、更改Keil中编译器 更改后编译&#xff0c;会报很多错&#xff0c;先不管。 二、更改头文件依赖 观察…

数据集-目标检测系列- 花卉 玫瑰 检测数据集 rose >> DataBall

数据集-目标检测系列- 花卉 玫瑰 检测数据集 rose >> DataBall DataBall 助力快速掌握数据集的信息和使用方式&#xff0c;会员享有 百种数据集&#xff0c;持续增加中。 贵在坚持&#xff01; 数据样例项目地址&#xff1a; * 相关项目 1&#xff09;数据集可视化项…

Linux驱动编程 - kmalloc、vmalloc区别

目录 前言&#xff1a; 1、区别 2、使用差异 一、kmalloc、kzalloc、kfree 1、动态申请 1.1 kmalloc() 1.2 kzalloc() 2、内存释放 3、示例 二、vmalloc、vzalloc、vfree 1、动态申请 1.1 vmalloc() 1.2 vzalloc() 2、内存释放 3、示例 前言&#xff1a; Linux内…

使用低成本的蓝牙HID硬件模拟鼠标和键盘来实现自动化脚本

做过自动化脚本的都知道&#xff0c;现在很多传统的自动化脚本方案几乎都可以被检测&#xff0c;比如基于root&#xff0c;adb等方案。用外置的带有鼠标和键盘功能集的蓝牙HID硬件来直接点击和滑动是非常靠谱的方案&#xff0c;也是未来的趋势所在。 一、使用蓝牙HID硬件的优势…

VideoCrafter模型部署教程

一、介绍 VideoCrafter是一个功能强大的AI视频编辑和生成工具&#xff0c;它结合了深度学习和机器学习技术&#xff0c;为用户提供了便捷的视频制作和编辑体验。 系统&#xff1a;Ubuntu22.04系统&#xff0c;显卡&#xff1a;4090&#xff0c;显存&#xff1a;24G 二、基础…

#渗透测试#SRC漏洞挖掘#Python自动化脚本的编写05之多线程与多进程

免责声明 本教程仅为合法的教学目的而准备&#xff0c;严禁用于任何形式的违法犯罪活动及其他商业行为&#xff0c;在使用本教程前&#xff0c;您应确保该行为符合当地的法律法规&#xff0c;继续阅读即表示您需自行承担所有操作的后果&#xff0c;如有异议&#xff0c;请立即停…

C++多继承:一个子类继承多个父类的情况

C的类继承大家还算比较了解。它主要包括单继承、多继承、虚继承这几方面。 单继承就是一个子类只继承一个父类&#xff0c;多继承就是一个子类继承多个父类。 其实在C中&#xff0c;一个子类继承多个父类的情况还是比较常见的。比如&#xff0c;一个子类需要同时继承两个父类…

在windows电脑上安装docker服务

以下是在 Windows 电脑上安装 Docker 服务的详细步骤&#xff1a; 一、下载 Docker Desktop for Windows 系统要求&#xff1a;Windows 操作系统需要是 Windows 10&#xff08;64 位&#xff09;专业版、企业版或教育版&#xff0c;或者是 Windows 11。并且系统要开启了硬件虚…

单片机UART协议相关知识

概念 UART&#xff08;Universal Asynchronous Receiver/Transmitter&#xff0c;通用异步收发传输器&#xff09; 是一种 异步 串行 全双工 通信协议&#xff0c;用于设备一对一进行数据传输&#xff0c;只需要两根线&#xff08;TX&#xff0c;RX&#xff09;。 异步&…

XXL-JOB执行任务的SpringBoot程序无法注册到调度中心

文章目录 1. 问题呈现2. 问题产生的原因2.1 原因一&#xff1a;执行器和调度中心部署在不同的机器上2.2 原因二&#xff1a;调度中心部署在云服务器上 3. 解决方法3.1 方法一&#xff1a;将执行器和调度中心部署在同一台机器上3.2 方法二&#xff1a;手动指定执行器的ip地址&am…