Mac下载 安装MIMIC-IV 3.0数据集

news2024/11/6 23:12:43

参考blog

MIMIC IV 3.0数据库安装方法_mimic数据下载-CSDN博客

MIMIC IV数据库安装(二)_mimic数据库安装-CSDN博客

MIMIC-IV3.0安装_mimic iv 3.0-CSDN博客

MIMIC-IV-v2.0安装教程_mimic iv 安装教程-CSDN博客

MIMIC IV 3.0数据库安装方法或者思路,其实和MIMIC IV 2.2没有区别。

硬件要求:

下载的zip 文件7G多,解压后10G多(folder中还是压缩文件),导入数据库占用空间快70G。

获取MIMIC 权限

MIMIC IV 3.0数据库安装方法_mimic数据下载-CSDN博客

下载MIMIC-IV数据集

MIMIC IV 3.0数据库安装方法_mimic数据下载-CSDN博客

下载 & 安装 PostgreSQL

MIMIC IV数据库安装(上)

MIMIC IV数据库安装(一)_mimic数据库-CSDN博客

MIMIC数据库安装保姆级教程(上)

MIMIC数据库的安装环境主要是Postgresql数据库软件和7z解压软件。官方建议把MIMIC IV数据库安装到Postgresql数据库,虽然国内目前也有人安装到SQL Server数据库,但是实在是非常非常小众,不建议这样做。否则到时拿到其他人代码来执行提取,都不能保证通用。毕竟全世界国内外大都是用Postgresql来安装的。
                        
原文链接:https://blog.csdn.net/idata01/article/details/141034352

MIMIC IV数据库官方下载下来是27个csv表格文件,由于表格行数太多,无法直接用EXCEL打开,需要先安装PostgreSQL数据库,然后将这些表格文件中的数据导入到PostgreSQL中,最后通过SQL语句进行数据的查询和提取。

安装PostgreSQL数据库,需要记录下输入的passcode。

安装PostgreSQL,注意,进入命令界面一直回车,直到出现提示输入密码。

前面四个提示不用管。

Mac下载 & 安装 7zip

Mac下载并使用7zip_7zip mac-CSDN博客

Mac下载7zip很简单。

但是Mac安装7zip较为麻烦。需要借助brew。

download brew

Mac安装brew (一行代码,绝对不报错)_mac安装brew失败-CSDN博客

直接在cmd中输入

/bin/zsh -c "$(curl -fsSL https://gitee.com/cunkai/HomebrewCN/raw/master/Homebrew.sh)"

install 7zip

brew install p7zip

似乎不用像windows系统那样 配置环境变量。

直接在cmd中输入

which 7zip

如出现  /opt/homebrew/bin/7z,则表示配置成功。

下载MIMIC-IV安装代码

MIMIC IV数据库安装(二)_mimic数据库安装-CSDN博客

https://github.com/MIT-LCP/mimic-code

MIMIC官方有提供安装的代码,从github下载即可。本地解压。

不同的MIMIC版本,对应code不同。

安装MIMIC-IV-3.0数据库

MIMIC IV数据库安装(中)

MIMIC-IV3.0安装_mimic iv 3.0-CSDN博客

MIMIC IV数据库安装(二)_mimic数据库安装-CSDN博客

MIMIC-IV-v2.0安装教程_mimic iv 安装教程-CSDN博客

MIMIC数据库安装保姆级教程(下)

(1)打开PostgreSQL,进入启动PostgreSQL Shell

(2)创建数据库mimiciv

DROP DATABASE IF EXISTS mimiciv;
CREATE DATABASE mimiciv OWNER postgres;

(3)数据库创建表  (注意文件路径替换为自己数据的所在路径)。

\c mimiciv
\set mimic_data_dir 'F:/mimic/mimic-iv-1.0'
\encoding 'utf8'

\i F:/mimic/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/create.sql

(4)加载数据。 (注意文件路径替换为自己数据的所在路径)。

\i F:/mimic/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sql

如出现上面结果,则表示正常安装。整个install过程较慢。

数据便导入完成了,最后一步安装完索引即可。

(5) build index

# 安装索引
 \i .../build_mimiciv-2.0/index.sql

MIMIC-IV 3.0提取数据

MIMIC IV 3.0数据库安装方法_mimic数据下载-CSDN博客

提取数据是大家安装MIMIC IV 3.0数据库的终极需求,这里我给大家一点建议。我看很多人还是使用pgadmin来提取数据,我知道造成情况的原因是视频教程里用了pgadmin来做演示数据提取,但是实际上这个pgadmin使用体验上比较槽糕,界面也不太友好。我建议大家使用Navicat来提取,Navicat是一款商业数据库可视化工具,目前个人版已经免费了,旗舰版也有很多方法可以使用。Navicat在界面友好,代码运行性能,操作功能等等方面都值得大家去用。当然无论是用pgadmin还是Navicat,SQL代码是通用的,不会因为使用的SQL工具不一样,代码就会不同。
                        
原文链接:https://blog.csdn.net/idata01/article/details/141034352

Navicat 安装

MIMIC IV数据库安装(下)

MIMIC IV数据库安装(三)_怎么将mimic数据库导入到navicat-CSDN博客

网上免费资源不多。

建议购买官方软件。

安装之后,连接postgreSQL的MIMIC数据即可。

这是MIMIC-IV 3.0,此版本数据表较为精简。

Navicat 使用

MIMIC IV数据库安装(下)

MIMIC-IV 、MIMIC-IV、MIMIC-IV-ED关系

MIMIC-IV 系列数据库由多种不同的子数据集组成,每个子集都专注于特定类型的数据或临床场景。以下是 MIMIC-IV、MIMIC-IV-ED、MIMIC-IV-Note 和 MIMIC-CXR 之间的关系及其特点:

数据库关系和特点

  1. MIMIC-IV:

    • 这是一个综合性的数据库,包含来自重症监护病房(ICU)患者的临床数据,包括生理监测、实验室结果、药物使用和其他医疗信息。
  2. MIMIC-IV-ED:

    • 这个数据集专注于急诊科(Emergency Department, ED)的患者数据。它包含有关急诊就诊的详细信息,包括患者的病史、初步评估和急诊治疗。
  3. MIMIC-IV-Note:

    • 该数据集包含来自 MIMIC-IV 的临床笔记,记录了医疗提供者在患者护理过程中写下的详细文本信息。这些笔记包括病历摘要、护理记录和其他临床文档。
  4. MIMIC-CXR:

    • 这是一个独立的数据库,专注于胸部 X 光影像(CXR)及其相关的临床数据。它包含胸部影像以及与这些影像相关的诊断和报告。

ID 一致性

  • 在这些数据库中,患者的 subject_id 是一致的。这意味着如果一个病人 ID 在 MIMIC-IV、MIMIC-IV-ED、MIMIC-IV-Note 和 MIMIC-CXR 中都出现,那么这些 ID 对应的信息来自于同一个患者。
  • 换句话说,虽然不同的数据集关注不同的临床场景和数据类型,但它们共享相同的患者 ID,使得跨数据集整合和比较变得更加方便。

MIMIC-IV-ED V.S. MIMIC-IV-Note

  1. MIMIC-IV-ED:

    • 该数据库主要关注急诊科患者的临床笔记。笔记内容通常包括患者在急诊就诊时的评估、病史记录、体格检查结果、初步诊断和治疗方案等。
    • 由于主要来自急诊科,笔记的特点是即时性和针对急诊情境的描述,通常内容比较简洁和直接。
  2. MIMIC-IV-Note:

    • 该数据库则包含来自多个临床环境的更全面的临床笔记,包括但不限于住院病人、出院总结、护理记录和其他类型的医疗文档。
    • 笔记内容可能更加详细,涉及患者的整体病情发展、治疗过程中的变化、实验室结果分析等。
  • 数据来源:

    • MIMIC-IV-ED 主要来源于急诊科,而 MIMIC-IV-Note 则来自于更广泛的临床环境。
  • 内容深度:

    • MIMIC-IV-ED 的笔记通常更加简短,集中在急诊处理的即时情况和决策,而 MIMIC-IV-Note 的笔记可能包括更长时间跨度的病历记录,涉及患者在住院期间的全面评估。

Linking MIMIC-IV to emergency department, note, and chest x-ray data

MIMIC-IV v3.1

MIMIC-IV is linkable to other MIMIC projects published on PhysioNet. Where possible, we have prefixed the other projects with "MIMIC-IV" to make this clear such as MIMIC-IV-ED. Note that MIMIC-CXR is also linkable although it is not prefixed with MIMIC-IV. Free-text clinical notes are available in MIMIC-IV-Note [7], observations made in the emergency department are available in MIMIC-IV-ED [8], and chest x-rays in MIMIC-CXR [9].

Linking the other datasets to MIMIC-IV requires two steps.

The first step is to match the data using subject_id, taking care to note that MIMIC-IV is a superset of other modules, and sampling biases may be introduced by the linking process.

For example, MIMIC-CXR is only available between 2011 - 2016 for patients who were admitted to the emergency department, and this selection bias impacts the patient cohort.

The second step involves aligning the dates. Since all modules are deidentified by the same shift, the time periods for measurements overlap.

For example, if a patient is admitted to the hospital on 2105-01-01, discharged on 2105-01-03, and has an x-ray in MIMIC-CXR on 2105-01-02, then it is correct to assume the x-ray was taken while the patient was admitted to the hospital.

MIMIC-IV数据库-文件说明

MIMIC IV 3.0数据库 - kk Blog —— 通用基础

MIMIC-IV数据库介绍与使用说明_mimic数据库-CSDN博客

MIMIC-IV,重症医学数据库介绍和使用说明 | 科研收录

MIMIC IV数据库安装(二)_mimic数据库安装-CSDN博客

 MIMIC-IV表格说明(二) | 贪吃的夜猫子

MIMIC-IV表格说明(三) | 贪吃的夜猫子 

  • subject_id
    每个患者有唯一的subject_id
  • hadm_id
    患者的每一次入院会有一个唯一的hadm_id
  • transfer_id
    患者每一次更换病房会有一个唯一的transfer_id
  • stay_id
    在相同类型病房内进行转移,则会更新一个transfer_id,但会有相同的stay_id,例如用ICU中的一个病房转移到另一个病房,则stay_id不变,transfer_id更新。
    所有id的分配都是随机的,与时间先后无关。

MIMIC-IV,重症医学数据库介绍和使用说明 | 科研收录

在这里插入图片描述

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.coloradmin.cn/o/2228738.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈,一经查实,立即删除!

相关文章

力扣——另一个的子树(C语言)

1.题目: 给你两棵二叉树 root 和 subRoot 。检验 root 中是否包含和 subRoot 具有相同结构和节点值的子树。如果存在,返回 true ;否则,返回 false 。二叉树 tree 的一棵子树包括 tree 的某个节点和这个节点的所有后代节点。tree …

为什么说Tcp是面向字节流的以及(Tcp粘包问题、TCP/UDP对比、listen函数的backlog参数的意义)

为什么说Tcp是面向字节流的: Tcp通信的本质是创建一个tcp的socket,同时就会对应的创建一个发送缓冲区和接收缓冲区。 调用write时, 数据会先写入发送缓冲区中;如果发送的字节数太长, 会被拆分成多个TCP的数据包发出如果发送的字节数太短, 就会先在缓冲…

92.【C语言】数据结构之单向链表的查找,中间插入和删除,销毁

目录 1.链表的查找函数 2.链表的修改函数 3.链表的中间插入函数 1.在pos之前插入:SLTInsertBefore函数 1.借助头指针pphead 示意图 代码示例(写入SList.c) 头文件添加SLTInsertbefore的声明 main.c的部分代码改为 1.测试中间插入 2.测试头部插入 3.测试pos为NULL的…

无人机救援系统基本组成

无人机救援系统基本组成 1. 源由2. 组成2.1 无人机载具2.1.1 多旋翼2.1.2 垂起固定翼2.1.3 智能避障2.1.4 物资投递 2.2 智能吊舱2.2.1 云台2.2.2 高清摄像2.2.3 红外热成像2.2.4 激光测距2.2.5 目标跟踪 2.3 通讯链路2.3.1 超长距离通信2.3.2 长距离通信2.3.3 中等距离通信 2.…

普通高考预报名上传蓝底证件照手机自拍方法详解

普通高考预报名过程中,上传一张合规的蓝底证件照是必不可少的一步。本文将详细介绍如何使用手机自拍并使用工具来制作符合要求的蓝底证件照。注意,目前仅有广东等个别省份允许特定类型考生使用自拍照上传(例如普高预报名阶段、学考报名&#…

linux 原子操作

首先是为什么要有 原子操作 网上的截图: 不能从C语言来看,要从汇编来看 但是实际的情况有可能是这样。 A进程没有得到想要的结果。 然后是 原子操作的 底层实现 最终会是这段代码,当然只是一个 加一的操作。 static inline void atomic_a…

ComfyUI新神器ComfyUI-Detail-Daemon:一键提升AI绘画细节,Flux模型画质再升级

近日,一款名为ComfyUI-Detail-Daemon的革命性插件正在AI绘画圈引起轰动。这款由Jonseed开发的工具,巧妙地将sd-webui-Detail-Daemon移植到ComfyUI平台,为创作者们带来了前所未有的细节优化体验。 这款插件最引人注目的特点是其强大的细节增强…

Qt/C++地图导航app/支持qml/手机运行/输入起点终点规划路径/模拟轨迹移动

一、前言说明 搞Qt地图开发这块,随着研究的深入,用户的需求变化,最近又需要在手机上运行,由于本地图组件依赖浏览器控件,而手机安卓上的Qt并没有带qwebengine控件,怎么办呢,不断的努力验证下&a…

优优嗨聚集团:正确了解个人债务过多的危害

在当今社会,随着消费观念的转变和金融产品的多样化,个人债务问题日益凸显。许多人为了追求更高的生活质量或应对突发情况,不自觉地陷入了债务的泥潭。然而,个人债务过多不仅会影响个人的财务状况,还可能对生活和心理产…

Pycharm,2024最新版Pycharm现在安装环境配置汉化详细教程!

码(文末附带精品籽料): K384HW36OBeyJsaWNlbnNlSWQiOiJLMzg0SFczNk9CIiwibGljZW5zZWVOYW1lIjoibWFvIHplZG9uZyIsImxpY2Vuc2VlVHlwZSI6IlBFUlNPTkFMIiwiYXNzaWduZWVOYW1lIjoiIiwiYXNzaWduZWVFbWFpbCI6IiIsImxpY2Vuc2VSZXN0cmljdGlvbiI6IiIsIm…

聚水潭数据集成MySQL:高效组合装商品查询案例

聚水潭数据集成到MySQL:组合装商品查询案例分享 在现代企业的数据管理中,如何高效、准确地实现不同系统之间的数据集成是一个关键问题。本文将聚焦于一个具体的技术案例:将聚水潭的组合装商品数据集成到MySQL数据库中,以便在BI狄…

MYSQL多表查询、函数、索引和事务思维导图

MySQL多表查询和函数 MySQL窗口函数 MySQL循环、游标、索引、事务

Vue3 学习笔记(八)Vue3 语法-Class 与 Style绑定详解

在 Vue.js 中,动态地绑定 CSS 类和样式是一项常见的需求。Vue 提供了几种不同的方法来实现这一点,包括对象语法、数组语法和组件的作用域插槽。 以下是这些方法的详细说明: 一、Class 绑定 1、对象语法 对象语法允许根据表达式的真值动态地切…

头歌——人工智能(机器学习 --- 决策树2)

文章目录 第5关:基尼系数代码 第6关:预剪枝与后剪枝代码 第7关:鸢尾花识别代码 第5关:基尼系数 基尼系数 在ID3算法中我们使用了信息增益来选择特征,信息增益大的优先选择。在C4.5算法中,采用了信息增益率…

WPF+Mvvm案例实战(五)- 自定义雷达图实现

文章目录 1、项目准备1、创建文件2、用户控件库 2、功能实现1、用户控件库1、控件样式实现2、数据模型实现 2、应用程序代码实现1.UI层代码实现2、数据后台代码实现3、主界面菜单添加1、后台按钮方法改造:2、按钮添加:3、依赖注入 3、运行效果4、源代码获…

【CSS】——基础入门常见操作

阿华代码,不是逆风,就是我疯 你们的点赞收藏是我前进最大的动力!! 希望本文内容能够帮助到你!! 目录 一:CSS引入 二:CSS对元素进行美化 1:style修饰 2:选…

Jmeter基础篇(19)JSR223预处理器

前言 JSR223预处理器是Apache JMeter中的一个组件,它允许用户使用任何支持Java Scripting API (JSR 223) 的脚本语言来执行预处理任务。这个功能非常强大,因为它让测试人员能够利用如Groovy、JavaScript(Nashorn引擎)、BeanShell…

Github 2024-10-24 Go开源项目日报 Top10

根据Github Trendings的统计,今日(2024-10-24统计)共有10个项目上榜。根据开发语言中项目的数量,汇总情况如下: 开发语言项目数量Go项目10Solidity项目1Ollama: 本地大型语言模型设置与运行 创建周期:248 天开发语言:Go协议类型:MIT LicenseStar数量:42421 个Fork数量:…

从0到1,用Rust轻松制作电子书

我之前简单提到过用 Rust 做电子书,今天分享下如何用Rust做电子书。制作电子书其实用途广泛,不仅可以用于技术文档(对技术人来说非常方便),也可以制作用户手册、笔记、教程等,还可以应用于文学创作。 如果…

私有化视频平台EasyCVR视频汇聚平台接入RTMP协议推流为何无法播放?

私有化视频平台EasyCVR视频汇聚平台兼容性强、支持灵活拓展,平台可提供视频远程监控、录像、存储与回放、视频转码、视频快照、告警、云台控制、语音对讲、平台级联等视频能力。 有用户反馈,项目现场使用RTMP协议接入EasyCVR平台,但是视频却不…