23. Lammps命令学习-8之read

23. Lammps命令学习-8之read_dump

news2024/9/27 5:59:34

来源： “码农不会写诗”公众号
链接：Lammps命令学习-8之read_dump

read_dump file …

从dump文件中读取原子信息以覆盖当前原子坐标以及原子速度和图像标志、时间步长和模拟盒尺寸等，以便可以从dump文件中的特定快照重新启动模拟。
https://docs.lammps.org/read_dump.html

Syntax

read_dump file Nstep field1 field2 ... keyword values ...

Description
从dump文件中读取原子信息以覆盖当前原子坐标(atom coordinates)以及可选地覆盖原子速度(atom velocities)和图像标志(image flags)、时间步长(simulation timestep)和模拟盒尺寸(box dimensions)等，以便可以从dump文件中的特定快照重新启动模拟。

需要注意，在使用read_dump命令之前必须定义模拟盒（可通过 create_box、read_data或read_restart等命令），read_dump可以重置模拟盒尺寸。

另外，从转储快照（dump snapshot）中读取原子信息仅限于原子坐标、速度和图像标志，而不包含如原子电荷、分子系统的键拓扑信息等。后者可通过read_data命令从data文件读取或通过set命令定义。

dump文件支持gzip格式读取，文件名以 “.gz” 结尾即可（编译安装LAMMPS时需添加-DLAMMPS_GZIP以支持）。

read_dump file Nstep field1 field2 ... keyword values

file = name of dump file to read
Nstep = snapshot timestep to read from file
one or more fields may be appended
field = x or y or z or vx or vy or vz or q or ix or iy or iz or fx or fy or fz
zero or more keyword/value pairs may be appended
keyword = nfile or box or timestep or replace or purge or trim or add or label or scaled or wrapped or format

关于更细节的知识，本系列不会用到，姑且不细讲，以后有机会再共同探讨。

Example


read_dump dump.file 5000 x y z
read_dump dump.xyz 5 x y z box no format xyz
read_dump dump.xyz 10 x y z box no format molfile xyz "../plugins"
read_dump dump.dcd 0 x y z box yes format molfile dcd
read_dump dump.file 1000 x y z vx vy vz box yes format molfile lammpstrj /usr/local/lib/vmd/plugins/LINUXAMD64/plugins/molfile
read_dump dump.file 5000 x y vx vy trim yes
read_dump dump.file 5000 x y vx vy add yes box no timestep no
read_dump ../run7/dump.file.gz 10000 x y z box yes
read_dump dump.xyz 10 x y z box no format molfile xyz ../plugins
read_dump dump.dcd 0 x y z format molfile dcd
read_dump dump.file 1000 x y z vx vy vz format molfile lammpstrj /usr/local/lib/vmd/plugins/LINUXAMD64/plugins/molfile
read_dump dump.bp 5000 x y z vx vy vz format adios
read_dump dump.bp 5000 x y z vx vy vz format adios timeout 60.0