PyRosetta打分函数介绍

news2024/11/15 9:32:46

在 PyRosetta 中,蛋白质结构的能量是通过打分函数(ScoreFunction)来评估的,这些打分函数基于 Rosetta 的能量方程。Rosetta 的能量函数是一种加权的分项能量表达式,包括不同的能量项来描述蛋白质的构象、相互作用和能量。核心能量函数的形式如下:

在 PyRosetta 中,打分函数(ScoreFunction)是核心工具之一,用于计算蛋白质结构的能量。打分函数通过一系列能量项(如范德华力、氢键、溶剂效应等)对蛋白质构象进行评估,帮助优化蛋白质结构、模拟分子对接、设计新结构等。

常见的 PyRosetta 打分函数:

  1. get_fa_scorefxn() (Full-Atom ScoreFunction)

    • 用途:计算全原子蛋白质模型的精确能量,用于分子对接、蛋白质设计、能量优化等。
    • 场景:适用于全原子分辨率的任务,如预测蛋白质折叠、分子对接或蛋白质设计。
  2. score12

    • 用途:是 Rosetta 经典的全原子打分函数之一,也用于各种蛋白质建模任务。
    • 场景

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